乾隆十四年(1749年)八月，兩淮鹽政吉慶上奏，表示乾隆舉行木蘭秋A典禮，又西巡五臺山禮佛、東巡曲阜祭孔，但是江南豐饒之地卻未親自巡幸，以江南民眾十分盼望為由，懇請南巡。乾隆未給出明確回應只朱批“覽”，表示已看過此奏折了。市檔案局的賈麗琴介紹，當年九月，兩江總督黃廷桂、河道總督高斌、漕運總督瑚寶、副總河張師載、安徽巡撫衛哲治、江蘇巡撫雅爾哈善、兩淮鹽政吉慶聯名上奏，懇請乾隆巡幸江南。他們表示，經過乾隆的勵精圖治，現今已盛世顯現，社會穩定，人口稠密，具備南巡的條件。此前，康熙就曾六次南巡，乾隆其實對其祖父的南巡之舉是十分渴慕的。此折上奏后，乾隆朱批：“大學士九卿議奏”。當年十月，南巡之事最終敲定。

據史料記載，乾隆十六年(1751年)正月十三日，乾隆奉皇太后離京，開始第一次南巡江浙。經過直隸、山東到達江蘇，在徐州府宿遷縣葉家莊暫停小住。二月初八日，渡過黃河，巡查了天妃閘、高家堰，經過淮安、高郵到江都縣香阜寺;然后自瓜洲渡過長江，巡幸鎮江、無錫、蘇州。三月初一日，到達杭州，遍游西湖名勝，同時至紹興祭大禹廟。回京時，從南京繞道祭明太祖陵，之后又在揚州游玩，在高F寺短暫停留。隨即沿運河北上，從陸路到泰安。五月初四日，歷經四個多月，回到京城。

乾隆南巡聲勢浩大，花費頗多，不可能所有銀兩都由國庫支出。乾隆南巡的主要財政支柱是兩淮的鹽商，兩淮鹽運使司公署就設在揚州城內，八大商總也住在揚州城內。乾隆十四年十一月，兩淮鹽政吉慶上奏《奏為圣駕南巡兩淮商人程可正等公捐百萬銀兩事》，奏折中提到“江省幸蒙恩允南巡，萬姓歡騰，淮商倍切所需費用久愿公捐，其踴躍難形情狀”，由此就可見當時為迎接乾隆首次南巡，鹽商積極踴躍、拋金撒銀的巨大手筆。

賈麗琴說，乾隆南巡，揚州是“駐蹕之地”，為迎接圣駕，必然要對道路、橋梁、碼頭、行宮名勝甚至是附近上山道路進行修整。《清宮揚州御檔》中，江蘇巡撫雅爾哈善就有一道題為《奏為江都縣瓜洲渡江馬船大修所需工料請動支給辦事》的奏折。南巡路線中，乾隆從揚州游覽結束后，必然要從瓜洲過江至鎮江。而瓜洲渡江大馬船自乾隆九年小修，至此已經過了5年，船身已經腐朽，雅爾哈善這道奏折正是請旨希望從司庫存公銀內支取大修所需工料造價。

對于南巡事宜的開支報銷，乾隆做出了動用官項和淮商捐資分別報銷的諭旨。根據乾隆的指示，兩江總督黃廷桂、兩淮鹽政吉慶也擬定了相關規定，要求專款專用，如道路、橋梁、碼頭、營尖、茶棚等類動用藩庫銀兩，行宮、名勝及附近上山道路、鋪墊、陳設等類動支兩淮鹽運銀庫的商捐銀兩，各項支出分別登記造冊。乾隆南巡涉及地方較多，對于各地及官項、商捐項花費的平衡，考慮到地方官員需要辦理的事項較多，又從商捐項下撥銀十五萬兩，交與藩庫幫助地方官員辦理事務。具體為，撥銀五萬兩給江寧藩庫，十萬兩給蘇州藩庫，由他們根據各自實際情況酌情動用。專門撥給河庫兩萬兩，辦理相關事務。

從2004年起，市檔案館就將中國第一歷史檔案館所藏的揚州府區劃圖、城防圖、寺廟園林圖、清代揚州行宮圖等15幅精美圖志征集回揚，為宣傳揚州古代文化、維修復建歷史建筑和景點發揮了不可替代的作用。先后又有一批揚州圖志包括《江蘇淮陽高寶七邑水利圖》、《淮陽溝洫圩圍圖》、《江蘇淮陽興修水利圖》、《京城至揚州沿河地區圖》等9幅圖征集進館。揚州水利專家徐炳順解讀發現，清代揚州大興水利，規模很大，許多清代水利設施至今還在發揮著作用或沿用著原來的名稱，清代揚州河流的走向、水系與現在基本一致。令人嘖嘖稱奇的是，當年并沒有什么先進的測繪手段，宮廷畫師卻能畫出相當精確的河流、水系分布。而這與乾隆南巡是分不開的。

乾隆元年(1736年)旨令淮揚在京任職官員，據實陳奏治水意見，以備采擇。當時年已七十高齡的揚州府高郵州人孫C孫，上奏“淮揚水患”之事。他提出了事先預防要有“籌劃萬全”的意見。乾隆朱批：“總理事務王大臣速議具奏”。可見乾隆一開始就注重河工。“下河十歲九被澇”，“河臣束手無策”，乾隆效仿康熙皇帝治水的做法進行六次南巡，并說南巡之事“莫大于河工”。乾隆在南巡中，一面體察民情，一面思考治水方略。第一次(1751年)經過高郵時，他看到“堤岸高于屋，民居疑地窨”。感嘆到“嗟我水鄉民，生計惟罟霖”。經過車邏壩時，見到車邏壩泄水尤盛，想到淮水歸江，要增加東西灣入江口門，開挖太平河。

第二次南巡時他謀劃抽薪之計，就是要預先降低洪澤湖的水位。“百室求寧”是他的愿望，乾隆二十三年(1758年)定淮水入江為急辦工程，先后連續多年，使淮水入江工程達到盛期，所做的工程有加開董家溝、東西灣三合土滾水壩、開挖太平河、建壁虎二橋、建金灣新壩、降低各壩閘、加寬河道等等，終于使歸江口門達到107丈(342米)，比康熙時翻了將近一倍，使歸江河道具備了排泄淮水的價值，奠定了淮水由里下河歸海轉向歸江的局勢，無疑對減輕里下河水患起了重要作用。

乾隆二十七年(1762年)第三次南巡時，乾隆實施了他的所謂“抽薪之計”，就是修訂水情調度水則，減少淮水排向揚州的泄量，令河臣恪守此法，終于使里下河贏來20年左右的時間不被水淹。后來乾隆聽說淮揚運河，好久沒有挑浚，河床逐漸淤高，不僅有礙漕運船只航行，水大之年還致泛濫，遂傳喻兩江總督高晉、總河薩載，逐段查看測量，要他們一面組織開挖，一面上報，“不可有惜費之見，致有貽誤”。

乾隆南巡目的何在？徐炳順說，歸納起來主要有二：一治理長江水患和利用黃河水利，實地勘查，出主意，以利農田灌溉，同時他沿運河南下，查明漕運;二為了解農田谷物情況并察看民情。