普寧清真寺始建于清乾隆二十七年(1762年)，乾隆二十八年(1763年)竣工，與中南海的寶月樓(今新華門)隔街相望。由于是乾隆皇帝降旨御批、動(dòng)用國(guó)庫(kù)內(nèi)帑并由專人督工建造的“敕建”項(xiàng)目，可以想象當(dāng)年這座清真寺的規(guī)模和奢華。

當(dāng)時(shí)附近的維吾爾族和回族同胞均在此清真寺禮拜，曾經(jīng)的盛況，正像如今保存在歷代帝王廟中，乾隆皇帝親筆撰文的那方滿漢蒙回四體碑文中所記述的一樣。清代在求同存異、尊重習(xí)俗、包容信仰方面的胸襟，在碑記中表達(dá)得淋漓盡致。

整座清真寺占地二十多畝，寺內(nèi)蒼松翠柏，建筑恢弘，風(fēng)格獨(dú)特，別具一格。非對(duì)稱的布局建筑采用磚石結(jié)構(gòu)，正方形綠琉璃瓦頂?shù)拇蟮钭鞒瘱|，四周各建有角亭一座，形成拱衛(wèi)之勢(shì)。重檐攢頂環(huán)廊的設(shè)置呈現(xiàn)出阿拉伯的建筑風(fēng)格，碧色瓦頂與朱色盲柱相映壯麗，極盡輝煌。寺的拱券形正門位于寺北臨街，高大的穹頂與邦克樓融為一體，成為寺中最具濃郁民族特色的建筑，穩(wěn)重中不失飄逸，清雅中不失綺麗，充分體現(xiàn)出中國(guó)西域建筑與傳統(tǒng)建筑相融合的瑰麗特征。

券門之上四柱單檐九脊頂?shù)乃谋谲幊情w高高聳立，玲瓏秀美，振翅欲飛，它就是拜前喚禮用的“邦克樓”，亦稱喚禮樓。每當(dāng)深夜登樓呼喚禮拜之時(shí)，悠揚(yáng)的喚禮聲俯掠中南海水面，遠(yuǎn)播數(shù)里，成為當(dāng)時(shí)的“京城第一門樓”。

這個(gè)清真寺的建立和乾隆皇帝有著極大的關(guān)系。乾隆二十年(1755年)五月，清廷派兵平定新疆阿睦爾撒納的叛亂，解救了大和卓與小和卓?jī)扇恕？蛇@兩個(gè)人竟以怨報(bào)德，組織叛亂活動(dòng)。

新疆和卓家族分為阿帕克和卓與額賴瑪特和卓，香妃一家所屬的額賴瑪特和卓擁護(hù)朝廷，反對(duì)分裂，遭到大小和卓的欺辱。乾隆二十二年，清廷再次進(jìn)兵新疆平定大小和卓的叛亂，香妃的叔、兄積極配合清軍，乾隆二十四年叛亂被平息。乾隆二十五年(1760年)，香妃的胞兄、五叔、六叔和其他五位首領(lǐng)等應(yīng)召入京，被封官晉爵，史稱“八爵進(jìn)京”。

乾隆皇帝十分重視這支由八位維族首領(lǐng)和回教領(lǐng)袖帶領(lǐng)的少數(shù)民族部眾，將其編入八旗并下詔封居，安置在寶月樓南側(cè)今東安福胡同一帶，史稱“回回營(yíng)”，又稱紅帽子回回。隨叔、兄奉旨進(jìn)京的香妃被召入宮，乾隆皇帝將她冊(cè)封為和貴人。顯然，這是乾隆皇帝統(tǒng)一新疆后，實(shí)行因俗而治的政治聯(lián)姻，以便達(dá)到長(zhǎng)久穩(wěn)固邊陲的目的。此后，乾隆皇帝又下旨在回回營(yíng)中興建普寧清真寺，供營(yíng)中回人禮拜之用。

民間傳說這座清真寺為“香妃寺”。說乾隆皇帝建寶月樓，是為讓香妃登樓與隔街對(duì)面邦克樓內(nèi)的父母謀面，互訴衷腸，以解香妃思鄉(xiāng)之苦，故民俗稱寶月樓(新華門)為“望家樓”。而香妃的父母思女來京，不能入宮，藉登邦克樓與寶月樓中的香妃隔街相望，了卻相思之情。查史溯源，寺雖不稱“香妃寺”，但回回營(yíng)、寶月樓確與香妃有關(guān)。寶月樓雖建于香妃入宮前兩年，但香妃進(jìn)京后，鑒于特殊的宗教信仰、生活習(xí)俗，她沒有被安排住進(jìn)皇宮，而是住在寶月樓。

香妃在京生活了二十八個(gè)春秋，乾隆下江南、巡泰山等，香妃都曾親自隨駕。在她香消玉殞三年后，年已八旬的乾隆于寶月樓前仍感慨萬千、暗自神傷：“卅載畫圖朝夕似，新正吟詠夕今同。”這也就難怪民間會(huì)演繹出那么一段美麗的傳說來。

民間圍繞著香妃產(chǎn)生的故事盛傳不衰。在乾隆所有的妃子中，只有容妃一人來自新疆，無論從清宮檔案還是官家文書都記載證明了這一點(diǎn)。二人都是維吾爾族，封號(hào)都是妃，家鄉(xiāng)籍貫、民族信仰都一樣。容妃的五叔、六叔、哥哥的名字亦是相同。由此看來，香妃和容妃皆是一人。在民間傳說中體生異香的香妃，即是容妃無疑。

民國(guó)初年，袁世凱任大總統(tǒng)時(shí)，把中南海作為他的總統(tǒng)府，將原本不與外邊相通的寶月樓改建為總統(tǒng)府的大門，以“新中華民國(guó)”之意取名為“新華門”。同時(shí)在門內(nèi)修建影壁，并將端王府一對(duì)石獅移于門前。從此，新華門取代西苑門，成為中南海的正門。而新華門對(duì)面的清真普寧寺，袁世凱遂以不宜直對(duì)政府為名，下令強(qiáng)行將寺門、禮拜殿等建筑拆除，修筑了一溜兒灰色花磚墻，用以遮擋路南的民居。