1938年12月初，長期戰斗在海南島的瓊崖紅軍游擊隊，改編為廣東省民眾抗日自衛團第十四區獨立隊。馮白駒、馬白山分任正副大隊長，下轄三個中隊，隊員300多人。1939年2月10日，日軍數千人在海口一線登陸，國民黨軍撤退，海口、榆林淪陷。是日，獨立隊派一中隊在敵東進必經之地潭口設伏，戰斗從早晨持續到黃昏。潭口阻擊戰，揭開了瓊崖抗戰的序幕。

1939年5月，獨立隊擴編為瓊崖人民抗日自衛團獨立總隊，隊伍擴大到千人，總隊長馮白駒。總隊在瓊山、文昌、定安一帶開展游擊戰爭，瓊(山)文(昌)抗日游擊根據地逐步建立。8月，總隊改稱廣東省瓊崖抗日游擊隊獨立第一總隊，總隊長仍為馮白駒。1939年10月21日，總隊三大隊和國民黨儋縣3個游擊中隊，以及那大鎮周圍8個鄉2000多名地方武裝，由馬白山任總指揮，圍攻駐瓊西那大鎮的日、偽軍，6日攻克那大。這次戰斗，擊斃日軍指揮官1名，斃傷日軍多名，俘偽軍中隊長以下官兵80余名。至年底，瓊崖總隊先后對日作戰70余次，擊斃日軍800余人，繳獲大批軍用物資。

1939年12月，中共瓊崖特委召開第八次擴大會議，會議提出積極創建游擊根據地的任務。1940年中共中央也多次對瓊崖工作做出指示，要求瓊崖立足自力更生，積極開展游擊戰爭，發展和擴大根據地，特別提出要重視對華僑和少數民族的統一戰線工作。

按照開辟新的根據地的指示，1940年2月，獨立總隊在澄邁、臨高、瓊山三縣交界處的美合地區建立新的抗日根據地。到1940年底，獨立總隊發展到2500余人，活動遍及瓊山、文昌、澄邁、臨高等11個縣，建立了瓊(山)文(昌)平原根據地、美合山區根據地和六連嶺等小塊游擊根據地。在1941年5月展開的對日作戰中，三次襲擊偽軍據點，斃敵30余人，拔除了設在瓊文腹地的日軍美德據點，鞏固了瓊(山)文(昌)根據地。

在開展軍事斗爭的同時，瓊崖特委積極開展根據地民主政權的建設工作。1940年10月海南成立了第一個抗日民主政權——文昌縣抗日民主政府。1941年5月后，先后建立了瓊山、瓊東等縣級政權。11月10日，瓊崖東北區抗日民主政府成立，馮白駒任主席。抗日民主政府不僅團結島內傾向抗日的各民族、各階層人士，還積極主動地爭取海外愛國僑胞的支持和援助，感召他們為抗戰服務，或從政參軍，從而建立起更廣泛的抗日民族統一戰線。

1942年5月底日軍對根據地進行全面掃蕩，分割“蠶食”反復“清剿”。國民黨頑固派也不斷制造摩擦，海南抗戰進入困難階段。總隊靈活運用游擊戰，充分依靠包括黎、苗少數民族、僑胞在內的人民力量，抗擊日軍5個警備隊6000余人和偽軍5000人的野蠻殘酷進攻。正如馮白駒事后回憶所說，“不是山藏人，而是人藏人”。共產黨領導的抗日武裝將日本侵略者陷入瓊崖人民戰爭的汪洋大海中。

1943年1月，總結了敵人大規模長時間的掃蕩特點，瓊崖特委及獨立總隊作出了“堅持內線，挺進外線”的決策。第1支隊向西挺進，在儒萬山建立了抗日根據地。第2支隊第1大隊和瓊山基干大隊擴大瓊東南抗日根據地。后又轉戰數月，逐漸恢復了瓊(山)文(昌)抗日根據地，開辟了萬寧、陵水和保亭廣大游擊區，創建并鞏固了綠現山、儒萬山抗日根據地，將各抗日游擊根據地連成一片。

1944年初，瓊崖特委成立黎苗民族工作委員會，3月，成立黎族人民抗日后備隊，領導白沙黎族人民斗爭。1944年秋瓊崖總隊改稱廣東省瓊崖抗日游擊隊獨立縱隊(簡稱瓊崖縱隊)，馮白駒任縱隊司令員兼政治委員。

1945年7、8月，根據地軍民對日、偽軍實施反攻，攻克感恩、儋縣等縣城，解放全島三分之二的土地，100多座城鎮，100多萬人口。根據地從最初的僅限于東北部的瓊(山)文(昌)區和澄邁地區，擴大到全島的16個縣境。瓊崖縱隊從當年改編時的300人發展到7700余人，在6年多的艱苦斗爭中，共作戰2000余次，擊斃日、偽軍3500余人，堅持到抗戰勝利，完成了保島衛民的歷史使命。