室町幕府末期，隨著葡萄牙人和西班牙人先后到達(dá)日本，天主教在日本迅速傳播。到十六世紀(jì)八十年代，東到美濃，西至薩摩，教堂之?dāng)?shù)達(dá)二百余座，教徒約十五萬人。十七世紀(jì)初，德川家康開創(chuàng)江戶幕府。面對(duì)日益強(qiáng)大的天主教勢力，家康感到了威脅，下令“禁教”。此時(shí)九州島上的島原藩由松倉重政任藩主，松倉重政對(duì)于天主教徒實(shí)行殘酷而血腥的鎮(zhèn)壓。1630年松倉重政死后，其子松倉勝家繼任藩主，更為殘暴。在島原藩的近鄰，天草島所屬的唐津藩，天主教徒同樣受到非人的待遇。

自寬永十一年(1634年)起，島原、天草地區(qū)連續(xù)發(fā)生天災(zāi)，民不聊生。在幕府殘暴的統(tǒng)治下，終于爆發(fā)了江戶時(shí)代最大的一次農(nóng)民起義“島原之亂”。在天草四郎的領(lǐng)導(dǎo)下，起義軍迅速占領(lǐng)島原半島南部的原城，于城上豎立起十字架，掛上畫有十字架和圣像的旗幟。據(jù)統(tǒng)計(jì)，參加起義的島原、天草農(nóng)民共三萬七千余人，其中有戰(zhàn)斗力的為一萬三千余人。

12月9日、12日，幕府先后接到島原、天草農(nóng)民起義的消息，急派板倉重昌為幕府專使，赴九州鎮(zhèn)壓起義軍。板倉到達(dá)九州后，對(duì)起義軍發(fā)動(dòng)兩次進(jìn)攻，均告失敗。因此，幕府再派松平信綱前往九州督戰(zhàn)。獲此消息后，板倉感到幕府對(duì)自己不信任。寬永十五年(1638年)元旦，在松平信綱到達(dá)九州之前，板倉對(duì)原城起義軍發(fā)動(dòng)了突擊進(jìn)攻。在原城義軍的奮力抗戰(zhàn)下，板倉軍隊(duì)大敗，損失三千九百余人，板倉重昌戰(zhàn)死。松平信綱到達(dá)九州后，以板倉的失敗為教訓(xùn)，改變戰(zhàn)術(shù)，圍而不攻，企圖等待城中糧盡，義軍自動(dòng)瓦解。與此同時(shí)，幕府居然乞求荷蘭人炮擊原城，仍不湊效，而這種乞求外援背叛民族的行為遭受義軍的唾罵與不齒。幕府想盡辦法，天主教的旗幟仍然飄揚(yáng)在原城城頭。

然而，由于圍城，糧食缺乏，義軍戰(zhàn)斗力下降。寬永十五年(1638年)2月28日，幕府軍發(fā)動(dòng)十余萬軍隊(duì)對(duì)義軍發(fā)起總攻擊，因饑餓力衰，義軍大敗，原城陷落。天草四郎及其屬下全部義軍壯烈戰(zhàn)死。島原、天草農(nóng)民起義宣告失敗。

一般人認(rèn)為，江戶幕府奉行“鎖國”政策，導(dǎo)致日本近代落后不振，一度遭到西方列強(qiáng)的侵略，然而實(shí)際上，日本的情況和中國明清兩代并不相同，并且幕府的“鎖國”是有一個(gè)啟動(dòng)過程的，并非始自德川家康。江戶幕府的所謂“鎖國”，其實(shí)鎖的是南蠻貿(mào)易。豐臣秀吉在世的時(shí)代，就曾經(jīng)下令嚴(yán)禁天主教傳教，勒令凡日本國人都不得信奉這種異國邪教，等到秀吉去世，德川家康為了加強(qiáng)對(duì)外貿(mào)易，一開始并沒有重申禁令，不僅如此，他還優(yōu)待新近航來日本的英國和荷蘭商人。家康曾經(jīng)任命英國航海長威廉·亞當(dāng)斯作為自己的通商顧問，賜予三浦半島二百五十石的俸祿，亞當(dāng)斯因此躋身幕府旗本之列，并且取了一個(gè)日本名字叫做三浦按針，按針在日語中有領(lǐng)港、領(lǐng)航之意。

在德川家康類似舉措的鼓勵(lì)下，各地諸侯也紛紛大力發(fā)展南蠻貿(mào)易，伊達(dá)政宗就曾派家臣支倉常長前往歐洲，謁見羅馬教皇和西班牙國王，要求通商。據(jù)說常長本人因此直接得到教皇的洗禮，被授予羅馬公民權(quán)。