羽柴秀吉當(dāng)時正包圍清水宗治所在的備中高松城，與毛利軍對戰(zhàn)。由于陰錯陽差，光秀派去毛利軍的信使跑錯陣營，使得秀吉在天正10年(1582年)6月3日即接到了信長的噩耗，匆忙與毛利求和。6日，在看到毛利撤軍后也率軍折回，12日進(jìn)抵?jǐn)z津。在那里與當(dāng)?shù)匚鋵⒅写ㄇ逍?、高山右近、池田恒興等人會合，并與在界的織田信孝、丹羽長秀等會師進(jìn)軍京都。13日在山崎戰(zhàn)役中擊敗光秀。秀吉在極短的時間內(nèi)從中國地方撤回被稱為“中國大返還”。

當(dāng)時丹羽長秀與織田信孝率領(lǐng)四國平定聯(lián)軍準(zhǔn)備攻打長宗我部家。知道信長遇害的消息后，長秀和信孝決定先殺害信長侄子津田信澄。理由是信澄的父親織田信行曾經(jīng)多次背叛信長，最后遭信長謀殺，且信澄娶仇人光秀之女為妻。之后聯(lián)軍前去與羽柴秀吉軍會合在山崎戰(zhàn)役中擊敗光秀。

光秀在6月3日，4日期間費(fèi)力勸降諸方勢力，尤其是女婿細(xì)川忠興加入，但震攝于當(dāng)時信長存活的市井傳說(織田信長對背叛者的處置十分慘烈)，以及對光秀背叛行為的不齒，多數(shù)部將選擇按兵不動，少數(shù)支持者聽到秀吉軍回師的消息即撤軍回師。6月5日光秀進(jìn)入安土城。7日，朝廷派敕使拜訪明智光秀，任命其為京都守護(hù)。9日正準(zhǔn)備前往京都時接到了秀吉回師的消息后出兵山崎。由于兵單勢微，加上多數(shù)部將選擇支持打出討逆叛徒口號的秀吉軍，經(jīng)過數(shù)日戰(zhàn)事后光秀13日兵敗天王山，當(dāng)日深夜，在小栗棲被落武者狩刺殺。

當(dāng)時柴田勝家與佐佐成政一起，正在進(jìn)攻上杉家的越中國魚津城。面對上杉軍的抵抗，無法撤退，天正十年(1582年)6月27日，羽柴秀吉便在清洲大會上力壓柴田勝家，取得一匡天下的主動權(quán)。次年3月，羽柴秀吉便在“賤岳之戰(zhàn)”中擊破柴田勝家，攻陷北莊城。柴田勝家無奈切腹自殺，其妻阿市也隨著北莊城的大火而逝。

信長死于本能寺的消息傳出后，圍繞政權(quán)落入誰手的問題便在各大名之間展開了激烈斗爭。本能寺之變時德川家康正在界市(又稱“堺港”)，因急取近道需經(jīng)伊勢返回三河，期間由服部半藏正成、茶屋四郎次郎等護(hù)送。期間忍者首領(lǐng)服部半藏發(fā)揮了巨大的作用，在其忠心護(hù)衛(wèi)下經(jīng)過長途跋涉的家康終于平安回到三河，免遭危難，為其日后統(tǒng)一日本建立德川幕府奠定了基礎(chǔ)。