納西族系古羌人后裔，自西北河湟地區南遷，與土著融合而形成。

西周時期納西族先民在在今陜西、甘肅一帶建立犬戎國，立都于靜寧縣(今威戎鎮)，據文獻記載納西先民為西北最古老的游牧民族。早在炎黃時期，犬戎國就是炎黃部落的勁敵。《后漢書》就有記載：“昔高辛氏有犬戎之寇，帝患其侵暴，而征伐不。”高辛氏就是黃帝的曾孫，堯帝的父親。

秦漢至魏晉，納西族已遷徙至大渡河、雅礱江流域，以游牧、畜牧為主。

東漢時期納西先民在四川境內建立——白狼國，其屬地包括今天四川雅礱江以西的白玉縣等地區，與雅礱江東邊的牦牛國相鄰。據《后漢書·西南夷列傳》，白狼國曾是一個興盛繁榮的國度，并和中原的大漢王朝保持著良好的關系，到東漢明帝時，“白狼等百余國，戶百三十余萬，口六百萬以上，舉種奉貢。”

唐代，部分納西族先民沿雅礱江南下，抵達麗江。隨后揮師南下，在洱海東部建立了第一個政權——越析詔。史稱越析詔“地最廣、兵最強，素為南詔忌”。越析詔為時不長被南詔所滅，納西族先民南下步伐由此止。

此后，納西族先民退回金沙江中游流域;500多年間，在唐朝、南詔、吐蕃三大強勢的夾縫間苦苦周旋，艱難生存。這種特殊的生存環境鑄就了納西族深沉堅韌、靈活機動的民族性格。同時，納西族的文化受到這三大文化圈的潤澤，以東巴文化為代表的民族文化由此濫觴。

宋代，納西族先民的政治環境有了改善：北部的吐蕃王朝分崩離析;南詔也陷入了混亂;東邊的宋王朝則窮于應付北方游牧民族，無力經略西南。“故自南詔以后，麼些之境，大理不能有，吐蕃不能至，宋亦棄其地，成甌脫之疆，經三百五十年之久。”納西族由此獲得了一個難得的獨立發展時機。在社會經濟生產獲得充分發展的同時(農耕文明已取代半耕半牧的生產狀態)，政治上分散的麼些部落漸趨統一;東巴文化體系逐漸宏大完善。

清代以后，木府勢力漸趨衰微。原因是西藏又一次納入中央王朝轄治的版圖，使麗江失去了“西南藩籬”的政治區位優勢，且木氏土司把持的莊園領主經濟漸已成為阻礙生產力發展的消極因素。1723年麗江實行改土歸流，木氏土司此后一蹶不振，受益的是麗江經濟，麗江的地主經濟得到迅速發展。手工業也漸趨繁盛，麗江古城的格局最終形成。殉情現象由此大量蔓延，麗江被外人稱為“殉情之都”。

鴉片戰爭以后，納西族地區也進入了社會動蕩時期，此間以麗江人俗稱“亂世十八年”尤為慘烈。清咸豐、同治年間，大理杜文秀起義涉及麗江，進行了長達18年拉鋸戰，麗江損失慘重。張星源先生的《麗江史略》有載：“道光年間(1821—1850年)戶口下6405戶，男婦大小3128276個光緒朝戶口15152、男女大小46456個，較之道光朝減戶口五分之四，人丁八分之一，咸同回漢殲殺之殘酷可知也。”

辛亥革命時納西族人民積極響應，宣布脫離清政府統治，并參加了護國運動等反帝批封建運動;抗日戰爭中納西族為國捐軀者達400多人，因當時大陸交通線被日軍切斷，后期緬甸失陷，中國的陸路交通線只余昆明——大理——麗江——拉薩——尼泊爾——印度這一條。麗江成為重要中轉站，麗江的商業、文化、教育由此盛極一時。

1949年7月1日，麗江和平解放。1961年成立麗江納西族自治縣。1996年，麗江發生7級大地震，死傷3200多人，經濟損失達45億元。

1997年12月麗江古城被聯合國教科文組織評為“世界文化遺產”;2003年6月，“三江并流”被評為“世界自然遺產”同年9月，納西族東巴古籍被入選“世界記憶遺產名錄。”2003年7月1日，麗江撤地改市，原麗江納西族自治縣分成玉龍納西族自治縣和古城區。

納西族主要聚居于云南省古城區、玉龍納西族自治縣，其余分布在維西、中甸(今香格里拉)、寧蒗、德欽和四川鹽邊、鹽源、木里及西藏的芝康等縣。

據史學家考證，納西族原是中國西北古羌人的一個支系，大約在公元三世紀遷徙到麗江地區定居下來。人口27.8萬多人(1990年第4次人口普查)。