公元前2世紀、張騫出使西域，西漢王朝始設西域都護管轄。塔什庫爾干地區屬于交通要道，“絲綢之路”的咽喉。塔吉克族先民在東西方文化交流中受到熏陶，并發展自己。公元2-3世紀，在塔什庫爾干一帶出現了朅盤陀國，朅盤陀人是中國塔吉克族的遠祖。3-4世紀，他們已發展了灌溉農業，過半農半牧生活。朅盤陀國有12座城堡和10多所寺院。以小乘佛教為國教。唐朝時，屬安西都護府管轄。開元(713-741)中，在此設“蔥嶺守捉”戌所。公元8世紀，朅盤陀國消亡。公元9-16世紀，塔什庫爾干地區先后受吐蕃、喀拉汗王朝、西遼、蒙古元朝和察合臺汗國的管轄。特別是從10世紀開始傳入喀拉汗王朝境內的伊斯蘭教，對塔吉克人的影響強烈，以致后來成為全民族信仰的宗教。明朝后期，在色勒庫爾的中心地帶已有一批塔吉克族小村落。從17世紀后期到19世紀，帕米爾西部和南部的什克南、瓦罕等地的許多塔吉克人遷入色勒為爾，逐漸成為中國的塔吉克族。17世紀中葉，清朝統一全國，對塔什庫爾干，沿用元朝的名稱“色勒庫爾”，建置色勒庫爾回莊，歸喀什噶爾參贊大臣管轄。

清代的建置，大大加強了塔吉克族地區同南疆維吾爾族地區經濟與文化的密切聯系。

塔吉克族的祖先大概曾經歷過以女性為中心的母權制時代。《大唐西域記·朅盤陀國》在記述其建國傳說中稱，其始祖母與太陽神相會而孕，生下其王。從塔吉克始祖的傳說來看，其先民曾實行過母權制。即漢公主為王期間，是以女性為王并以女世襲的。

自漢公主去世之后，其子襲位。自此朅盤陀國實行的是以男性為中心的父權世襲制，這是塔吉克族先民早期社會的一次重大的變革。由于傳統勢力的影響，實行這一變革無疑是十分困難的，僅靠個人的力量是不可能的，還必須借助神的力量。

而當時他們所崇奉的最高神可能是太陽神，為了取得本國人們的支持和擁護，為了使本國人們承認自己的王位和鞏固以男子為中心的父權制。朅盤陀王便宣稱自己是太陽神的兒子，與一般的凡人不同。其后裔也編造種種神話，說他出生神異，有許多凡人所沒有的特殊本領。自朅盤陀王襲位后，一直是實行王族男性世襲制。

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明代和清初，由于許多柯爾克孜族在塔吉克族地區色勒庫爾草原上放牧，因而把色勒庫爾的塔吉克族作為西布魯特(清代對柯爾克孜族的稱呼)19部之一。乾隆年間，清政府平定準噶爾和南疆大、小和卓叛亂之后，在新疆實行軍府制度，設將軍府(駐伊犁)統轄新疆，由參贊大臣負責新疆南部的軍事和行政。在各城設辦事大臣或領隊大臣。

此后，把塔吉克人聚居的色勒庫爾作為一個回莊--色勒庫爾回莊。回莊以北仍為柯爾克孜色勒庫爾部落的游牧地。色勒庫爾回莊受葉爾羌辦事大臣管轄，并實行伯克制。由于色勒庫爾是邊防重地，所以設立的伯克品級較高，為五品阿奇木伯克。阿奇木伯克是地方首席長官，管理地方民政;另設六品的伊什罕伯克和商伯克各一名，七品的阿爾巴布伯克等五名，輔助阿奇木伯克，分管稅收、司法等事宜(《新疆識略》卷三)。

頭幾任伯克都是色以提沙利的后代，由清政府任命。十九世紀初以后，由葉爾羌辦事大臣另行委派本民族其他上層人士擔任這一職務。

1884年新疆建省以后，各地都廢除了伯克制度，一些地位較高的伯克改充“頭目”，大多數伯克改任鄉約和各級衙門的官吏等職務。由于色勒庫爾屬邊遠地區，為保障邊疆穩定，清政府繼續在其地實行伯克制度，仍舊留用正副阿奇木伯克二人。

盛世才統治時期取消了上述所有各級伯克，設立區、鄉、村三級行政機構。

1949年以后建立塔吉克族自治縣，實現民族區域自治。