早在1904年蔡元培在上海參與暗殺團工作時，與陳獨秀就有過一面之雅，記得這位獨力支撐著《安徽俗話報》的年輕人，但對他近年的活動，則不甚了了。蔡元培在國外也沒有看過《新青年》，聽了人們的鄭重推介后，找來《新青年》雜志翻閱，頗有共鳴，決定請陳獨秀擔任北大文科學長。當時陳獨秀就在北京。

由于亞東的經營狀況一直未有起色，汪孟鄒日坐愁城，連陳獨秀這個書生，也不得不下海蹚渾水了。他的北京之行，主要是為了促成亞東圖書館與群益書社的合并。合并后成立一個規模較大的書局，庶可與其他大出版商一爭長短。其實也是為《新青年》開辟一條活路，亞東、群益一天不告別“茍延”之局，《新青年》就一天不能擺脫“殘喘”之苦。陳獨秀與汪孟鄒一起，仆仆風塵，到北京為書局招股。

其時陳獨秀住在前門西河沿中西旅館。北大校長任命發表的當天，蔡元培冒著嚴寒到旅館登門拜訪。“這很像‘三顧茅廬’哩！”與陳獨秀同住的汪孟鄒說，“蔡先生差不多天天要來看仲甫。有時來得很早，我們還沒有起來。他招呼茶房，不要叫醒，只要拿凳子給他坐在房門口等候。”

請陳獨秀當文科學長，本來不是蔡元培的意思，是別人推薦的結果，究竟陳獨秀在教育上有什么主張，令蔡元培覺得非他不可呢？

1915年，陳獨秀針對當時中國教育的弊病，曾公開宣示他的四大教育方針：一、現實主義(注重現實生活);二、唯民主義(民為邦本的民權主義);三、職業主義(從事實際的社會生產活動);四、獸性主義(體魄與意志的鍛煉)。

在就任北大文科學長之后，陳獨秀也曾與友人就教育方針交換過意見，他說：“吾國今日教育界之現象，上焉者為盲目的國粹主義，下焉者科舉之變相耳，此先生所謂偽教育也。現代西洋之真教育，乃自動的而非他動的;乃啟發的而非灌輸的;乃實用的而非虛文的;乃社會的而非私人的;乃直視的而非幻想的;乃世俗的而非神圣的;乃全身的而非單獨腦部的;乃推理的而非記憶的;乃科學的而非歷史的。東洋式之偽教育，胥反乎此，欲求競進，烏可得哉！”

這與蔡元培在民元鼓吹的“五育并舉”(軍國民主義教育、實利主義教育、公民道德教育、世界觀教育及美感教育)，不謀而合，蔡氏本來就愛惜人才，既已當面，焉忍錯過？于是便三顧、四顧茅廬，要請陳獨秀出山了。

但陳獨秀覺得自己既無學位，又無大學教學經驗，對教書興趣也不大，還是想回上海辦《新青年》，他再三推辭，并薦胡適以代。

蔡元培說：“你把《新青年》雜志搬到北京來辦吧。”同時也非常歡迎胡適回國，北大的哲學、文學教授，俱乏上選，亟盼胡適能回來挑大梁。陳獨秀沒辦法再推了，只好答應，約定以三個月為期，如勝任繼續干下去，如不勝任就回上海。

蔡元培大喜，立即以北京大學名義，致函教育部，請派陳獨秀為北京大學文科學長，隨函附陳獨秀履歷一紙。這份冠冕堂皇的履歷，稱陳獨秀“日本東京日本大學畢業，曾任蕪湖安徽公學教務長、安徽高等學校校長”，實乃全屬虛構。蔡元培為了讓教育部順利批準，不惜替陳獨秀偽造履歷。

后來有人批評蔡元培這樣做“違背現代文明社會程序正義優先的原則”，卻忘記了蔡元培是個安那其主義者，痛恨國家制度，組織過暗殺團、御侮會，殺人放火都敢做敢當。他的校長辦公室里，不僅有文房四寶，而且陳列著炸彈，區區造個假履歷算得了什么。

北大學生羅章龍回憶：“陳先生擔任北大文科學長，是蔡先生出長北大后發出的第一號校長室通知的。消息傳出，全校震動。青年學生無不熱烈歡迎，奔走相告，而教師中的遺老遺少則竊竊私議，嘖有煩言。”按羅氏說法，仿佛陳獨秀在北大學生中，是一顆萬眾期待的明星，其實，那時的北大，從上面幾位親歷者的描述可知，簡直是一個污水潭。“竊竊私議，嘖有煩言”有之，“無不熱烈歡迎”則未必。

蔡元培親自出來回答那些質疑：“仲甫先生精通訓詁音韻，學有專長，過去連太炎先生也把他視為畏友。”陳獨秀在清末民初曾發表過《說文引申義考》、《字義類例》、《荀子韻表及考釋》、《連語類編》等著述。這才把質疑者的嘴巴給堵住了。