明代司法機構分為中央三法司和地方司。三法司為刑部、大理寺和都察院。刑部是國家最高審判機關，有點像現在的最高法院;大理寺掌復核，也有部分最高法院的功能;都察院是監察機關，兼理刑名，有點像現在的最高檢察院。地方司則包括依照行省設置的提刑按察使，府縣兩級的知府、知縣等。

但在國家法定的以三法司為首的司法機構之外，明代還存在由皇帝直接支配和操縱(有時實權也落于宦官之手，但名義上仍是皇帝管控)的秘密警察系統，從偵查、拘捕到審訊及執行，做足全套。所謂“緝訪于羅織之門，鍛煉于詔獄之手，裁決于內降之旨”，法律失去自己的位置，司法受到極大扭曲。這套系統，歷史學家一般稱作“廠衛”，主要功能是偵查官員和民眾的言行，不經正式司法機構之手，也無須遵循嚴格司法程序，可將嫌疑人直接下獄刑訊并處罰。

廠衛之酷，貫穿有明一代，即使在以寬厚著稱的孝宗朝，也未能取締。廠衛之反法制本質，《明史·刑法志》論曰：“刑法有創之自明，不衷古制者，廷杖、東西廠、錦衣衛、鎮撫司獄是已。是數者，殺人至慘，而不麗于法。踵而行之，至末造而極。舉朝野命，一聽之武夫、宦豎之手，良可嘆也”。有遺民在明朝覆亡后，發出“明不亡于流寇而亡于廠衛”之嘆，泣血錐心，實不夸大。廠衛之機構，包括錦衣衛和東廠、西廠(明憲宗時汪直創建，后被廢)及內行廠(明武宗時增設，只短期存在)。廠衛機構總部設于京師，在地方也有諸多分支機構。

錦衣衛俗稱“緹騎”，最多達到十五六萬人。其由朱元璋創立，除傳統儀仗、警衛職責外，還兼管刑獄，名喚“詔獄”，專門偵查“不軌妖言”，可不經司法機關，直接逮捕拷訊有危害皇權統治嫌疑的人員，其刑罰決定三法司也無權更改。廠則是由司禮太監主管的秘密警察系統，只有東廠一直持續到明朝覆亡，此處姑且專敘東廠。東廠役長、番役均自錦衣衛中挑選，輪流外出偵查，一是聽記刑部、大理寺、都察院和北鎮撫司審案，一是打聽官員情況及各種民情。偵查結果通常會寫成報告，直接送交皇帝。東廠同樣有獨立的逮捕、審訊和判決權，除非有圣旨，司法機構甚至內閣都不能過問。

廠衛的秘密警察性質，可由其職權充分體現。首先是秘密拘捕權。明代官府抓人，需要“符”(逮捕者的身份證明)以及逮捕證明，但廠衛無須“符”，只憑“駕帖”(逮捕證)就可千里之外跨省追捕。到明中期以后，廠衛甚至無須“駕帖”即可任意逮人。其次是秘密審判權，廠衛均可自設法庭，秘密審訊。再次是秘密關押權，一下詔獄、廠獄，即如墮十八層地獄，少有生機。若冤死獄中，也無從投訴。最后是獨立處罰乃至處決權，旁人無法過問。廠衛之酷烈，于成化朝的汪直、正德朝的劉瑾、天啟朝的魏忠賢三個時期最甚，又以魏忠賢時期最為黑暗和漫長。

天啟年間，魏忠賢以司禮秉筆太監兼掌東廠，是實際上獨裁最高權力的“九千歲”。其時秘密警察多如牛虱，不論百姓或官員，莫不置于嚴密監視之下。有平民與朋友在密室喝酒，大罵魏忠賢，立被東廠番役捕去，凌遲處死。當然，廠衛監控更多的還是官員、士人中的持不同政見者，而且一人犯忌，親朋好友皆受株連，隨時有送命可能。魏大中被逮，有司不通知其家屬所系何地，大中的兒子只能偷偷跑到京師，想刺探父親的消息，還得“變姓名匿旅舍，晝伏夜出。”楊漣被捕下獄，他的一個朋友蘇繼歐，已經削籍回鄉，且為人低調隱忍，本不至于招殺身之禍，但為同里閹黨恐嚇，竟自己上吊而死。周順昌被下詔獄，朱祖文進京訪周的朋友，戰戰兢兢如新娶之婦，和人接洽，只在蕭寺古廟之中，信件常折成指頭大小，藏于鞋襪，或糊之壁間。秘密警察的恐怖，將有良心而未附閹黨的知識分子個個逼成潛伏的“余則成”。

魏忠賢的秘密警察統治，可謂網羅森嚴，為達到“未雨綢繆”、“一網打盡”的目的，他和廠衛中人擬了不少黑名單，以防范、監視名單中人，隨時將之構陷、逮捕、刑訊、處罰。當時最著名的黑名單，是魏忠賢的干將王紹徽擬進的《東林點將錄》和崔呈秀的《同志錄》，此外魏應嘉、邵輔忠、盧承欽、岳和聲、阮大鋮等人也都擬有名單。后來魏的劊子手許顯純逮人，就以上述名單為基礎，錢謙益回憶說，“顯純操刀，每出片紙，姓名累累如保牒?！?

在魏忠賢掌權時期，大獄屢興，前后誅殺朝臣名士不下百人(《先撥志始》記：每死一公，許顯純就剔其喉骨，以小盒封盛，交給魏忠賢以示信)，無辜平民則以千計，基本上都是依靠廠衛之秘密警察系統。其獄之酷，《明史》諸傳及明末野史有詳盡記述，太過殘忍，暫不征引。只摘方苞記史可法獄中見左光斗之《左忠毅公逸事》一段，可見一斑：“左公……席地倚墻而坐，面額焦爛不可辨，左膝以下筋骨盡脫矣。史前跪抱公膝而嗚咽。公辨其聲，而目不可開，乃奮臂以指撥眥，目光如炬……(史可法)后常流涕述其事以語人，曰：“吾師肺肝，皆鐵石所鑄造也。”

左光斗之肺肝雖鐵石鑄造，終未能熬過黑獄，慘死其中。與他一同下獄的清流名士，也多遭酷刑致死。至今讀這段歷史，猶覺胸中耿耿，如有陰冷劍戟攪動活人生肉。后來崇禎帝即位，魏忠賢倒臺，此前的黑暗詔獄部分得到昭雪。但秘密警察統治并未結束，因為崇禎帝自己又搞起來，不但加強廠衛偵緝，還弄許多經濟特務和軍事特務。秘密警察的勢焰較魏忠賢時代一點也不減弱，特務們對官員可玩弄于股掌，有次竟將京師附近各縣縣官一起免職，對老百姓更是生殺予奪，常因搶掠不成，將平民肆意逮虐。這幫秘密警察一到甲申明亡，又帶頭投降，期盼在新統治者手中“再建新功”。不過李自成沒待見他們，不是打殺，就是趕走。淪落民間的過去的秘密警察們，被民眾追逐喊打，只得“哀號奔走，青腫流血”，衣服被扯得稀爛，隨身的錢也被搶得精光。

其實秘密警察頭子，還真沒幾個有好下場。前面說的魏忠賢，只落個自殺下場;再早的劉瑾，則遭凌遲處死;而西廠的締造者汪直，最終被放逐南京御馬監，廢棄而死?！笆甲髻刚?，其無后乎？”有明一代，廠衛領袖基本都是宦官，這句格言，不但印證了他們的生前，也落實了他們的身后。