《辛丑條約》中規(guī)定，清政府向西方八國共賠款白銀4億5千萬兩，美國應(yīng)得到其中的3200多萬兩，折合美金2400多萬元。

1906年初美國伊利諾大學(xué)校長愛德蒙·詹姆士送呈總統(tǒng)西奧多·羅斯福一份備忘錄，要求美國政府加速吸引中國留學(xué)生到美國去。同年3月6日美國傳教士明恩溥到白宮進(jìn)謁羅斯福總統(tǒng)。他建議總統(tǒng)將中國清政府的庚子賠款退還一部分，專門開辦和津貼在中國的學(xué)校。1907年明恩溥發(fā)表《今日的中國和美國》一書，他在書中指出，應(yīng)該多讓一些中國知識分子去美國留學(xué)。

在明恩溥等人的推動、鼓吹下，羅斯福給國會提出了一個諮文，指出："我國宜實力幫助中國厲行教育，使此巨數(shù)之國民能以漸融洽于近世之境地。援助之法宜招導(dǎo)學(xué)生來美，入我國大學(xué)及其它高等學(xué)社，使修業(yè)成器，偉然成才，諒我國教育界必能體此美意，同力合德，贊助國家成斯盛舉。"

1908年5月25日，美國國會通過羅斯福的諮文。同年7月11日，美國駐華公使柔克義向中國政府正式聲明，將美國所得“庚子賠款”的半數(shù)退還給中國，作為資助留美學(xué)生之用。留下的那部分“實應(yīng)賠償”，內(nèi)容包括美國出兵中國的軍費賠償及美在華商人與傳教士的損失賠償。

當(dāng)時為什么美國人想用退賠的庚款辦學(xué)呢？美國伊里諾大學(xué)校長詹姆士在1906年給羅斯福的一份備忘錄中聲稱：“哪一個國家能夠做到教育這一代中國青年人，哪一個國家就能由于這方面所支付的努力，而在精神和商業(yè)上的影響取回最大的收獲。”“商業(yè)追隨精神上的支配，比追隨軍旗更為可靠。”因此他敦促美國政府采取措施通過吸引中國留學(xué)生來造就一批為美國從知識和精神上支配中國的新的領(lǐng)袖。

1908年10月28日，兩國政府草擬了派遣留美學(xué)生規(guī)程：自退款的第一年起，清政府在最初的4年內(nèi)，每年至少應(yīng)派留美學(xué)生100人。如果到第4年就派足了400人，則自第5年起，每年至少要派50人赴美，直到退款用完為止。被派遣的學(xué)生，必須是“身體強壯，性情純正，相貌完全，身家清白，恰當(dāng)年齡”，中文程度須能作文及有文學(xué)和歷史知識，英文程度能直接入美國大學(xué)和專門學(xué)校聽講，并規(guī)定他們之中，應(yīng)有80%學(xué)農(nóng)業(yè)、機械工程、礦業(yè)、物理、化學(xué)、鐵路工程、銀行等，其余20%學(xué)法律、政治、財經(jīng)、師范等。

同時，中美雙方還商定，在北京由清政府外務(wù)部負(fù)責(zé)建立一所留美訓(xùn)練學(xué)校。于是，1909年6月，北京設(shè)立了游美學(xué)務(wù)處，這就是清華大學(xué)的雛形。1909年8月，內(nèi)務(wù)府將皇室賜園---清華園，撥給學(xué)務(wù)處，作為游美肆業(yè)館的館址，學(xué)務(wù)處在史家胡同招考了第一批學(xué)生，從630名考生中，錄取了47人，于10月份赴美。這就是后來庚款留美學(xué)生的由來。

1910年8月又舉行了第二次招考。400多人應(yīng)考，最后錄取了70人。這第二批庚款留美學(xué)生中，后來出了一個大名鼎鼎的胡適，他當(dāng)年考了個第55名。同榜中還有后來的語言學(xué)家趙元任、氣象學(xué)家竺可楨等。

1911年初，利用庚款而專門為培養(yǎng)赴美留學(xué)生的清華留美預(yù)備學(xué)校正式成立。在此后十多年間，據(jù)統(tǒng)計，由清華派出的留美學(xué)生就達(dá)1000多人。1928年8月17日，清華學(xué)校改名為清華大學(xué)，羅家倫出任校長。那一年開始公開招考留美公費生。1933年，又開始公開招考第一批庚款留英學(xué)生。

美國的退款，產(chǎn)生了很大的國際影響。第一次世界大戰(zhàn)爆發(fā)后，北京政府于1917年8月對德奧宣戰(zhàn)，并停付庚款。大戰(zhàn)平息后，中國也涉足于戰(zhàn)勝國的地位，各國都表示愿與中國“友好”，以便用和平的辦法維護(hù)和擴張其在華利益，所以都緊步美國的后塵，陸續(xù)放棄或退回了庚子賠款余額。退款被廣泛地應(yīng)用到中國的教育文化事業(yè)和實業(yè)中。只有日本分文不退，用這筆錢財發(fā)展軍備，建立教育，遂速成為20世紀(jì)的強盛帝國。

1924年，美國國會通過決議，將其余的庚子賠款用于中國，成立“中國文教促進(jìn)基金會”（或稱“中國基金會”），掌管的金額為1254·5萬美金，北洋政府任命了由10名 中國人和5名美國人組成的托管董事會。其中的相當(dāng)部分金額以獎學(xué)金的方式提供給清華大學(xué)。由于這樣的一種特殊的經(jīng)費來源和運作模式，清華從創(chuàng)建伊始，在諸多方面就已經(jīng)具備了自己的一些特別的優(yōu)勢和辦學(xué)條件，也因此而有別于國內(nèi)的其他大學(xué)。這樣的環(huán)境也給了梅貽琦治校在客觀上奠定了一定的物質(zhì)基礎(chǔ)和提供了必要的辦學(xué)條件。國外的歷史學(xué)家評論道：“清華其成功的一大秘訣是，當(dāng)其他院校求助于軍閥政 權(quán)不穩(wěn)定的施舍時，清華的年度預(yù)算是有保障的。”（4）這種觀點雖暗含夸大美國所起的作用之意，但基本還是公允的。

在中國科學(xué)院院士中，“清華人”幾近三分之一。1949年掌管“清華基金”的杰出教育家梅貽琦先生到臺灣后，又利用這筆款項創(chuàng)辦了新竹清華大學(xué)。

由于清華的經(jīng)費來源較為充裕，使其辦學(xué)亦有相當(dāng)?shù)淖灾餍裕@些條件又對治校方面自然產(chǎn)生一些影響，促進(jìn)了清華在學(xué)校的管理制度方面和運行機制上逐漸地形成一套獨立的、具有清華自身特點的東西，并由此產(chǎn)生了一些特殊的體制和風(fēng)格，乃至后來清華校風(fēng)與學(xué)風(fēng)的逐步形成，都與此有千絲萬縷的內(nèi)在聯(lián)系。而這種特徵較明顯的反映出來的一個例證，即是20－30年代初期，清華大學(xué)出現(xiàn)的幾次大規(guī)模的學(xué)校風(fēng)潮。其中，清華校長多次易人，竟有十幾任之多，甚至出現(xiàn)清華幾年沒有校長，由校務(wù)會 議維持的尷尬局面。

美國用心良苦的教育計劃，成效卓然。考取庚子賠款（胡適是第二批）而留美的中國學(xué)生，在后來的幾十年間成了中國學(xué)術(shù)界最閃亮的明星，而他們的言傳身教，又深深地影響了后來者。

到了30年代，美國已超過日本，成為中國留學(xué)生最多的國家。而同時，美國人在中國建立了12所教會大學(xué)，這其中包括赫赫有名的燕京大學(xué)。教會醫(yī)院則出現(xiàn)了協(xié)和醫(yī)院，洛克菲勒基金會則資助了中國學(xué)者們的農(nóng)村調(diào)查與考古行動。