有明一代，張居正是最杰出的改革家。他“勇于任事，以天下為己任”。從1573年出任內閣首輔開始，便掀起了一場以整頓吏治、推行一條鞭法、鞏固邊防等為主要內容的改革浪潮，從而使本已衰頹的明王朝統治一度出現了中興的景象。1582年，張居正病逝。萬歷皇帝下詔罷朝數日，賜謚文忠公，蔭一子為尚寶司丞。并派錦衣衛護送靈柩至故鄉江陵，可謂備極哀榮！

然而令人不解的是，就在張居正死后不過兩年，局勢卻發生了急劇逆轉。還是這個萬歷皇帝，竟指斥張居正：“罔上負恩，謀國不忠。”下旨追奪官秩，查抄家產，甚至要“斫棺戮尸”。而政治上的倒行逆施則更為嚴重。凡是張居正生前所舉薦重用的人，統統被罷斥削籍;凡是以前被罷斥的官員，又大都起用復官。張居正十年嘔心瀝血推行的改革，至此基本上被一筆勾銷。

為什么會出現這樣的悲劇呢？

這是由多方面造成的，先說內因：

首先，從大的方面講，作為皇帝，當然要獨斷專權，但自萬歷登基，他的頭上便有三座大山壓著：首輔張居正，掌印太監馮保，生母李太后。注意，這三個人是個三腳架，相互支撐。明朝后期的皇帝多在內廷，所以太監馮保(萬歷稱其為“大伴”)和神宗處的時間較長，也經常在神宗面前替張居正說好話，而神宗要做錯什么事，馮保就會到李太后那兒去告狀。而李太后對神宗管教極嚴，而且據說在神宗大婚前，李太后是和神宗住在一起的。而外廷則由張居正支撐。由于內廷和外廷都被這個“三腳架”控制，所以萬歷自然感到壓力很大。即使他年紀尚小的時候還可以忍受，但隨著年齡的增長，身為一國之君的萬歷卻受著三個人的壓制，自然不免對這三個人懷恨在心。所以，張居正一死，馮保接著倒臺，而沒有內相和外相的支持，李太后此時也拿神宗沒辦法了，所以萬歷便翻了身。(還有一說，是張居正死前得的重病，起因是火氣太旺，而神宗為了讓張居正早死，便賜給增加火氣的藥物。從這一方面講，可以說神宗是先除掉張居正，接著除掉馮保，太后那座大山自然也就坍塌了。)

另一方面，張居正是萬歷的帝師，一方面出于對“學生”的負責，另一方面要在其他大臣面前立威，張居正會苛責萬歷，有時甚至是“怒吼”。這樣一來，一種叛逆的心情便滋生了，而且愈演愈烈，最終變為抱負。再一個方面，雖不十分可靠，但也未必不可信，就是萬歷的生母李太后和張居正很“曖昧”，只是由于彼此的身份才沒有結合。這個可以通過一個例子來說明。神宗十八歲時，曾經醉酒調戲宮女。馮保向太后告狀，太后憤怒之余，差點廢掉神宗帝位。此時眾人皆苦苦哀求，李太后不許。只有張居正一求情才生效。在一個，李太后在神宗面前總說凡事要聽先生的，而且對張居正頗為關心。若此種說法成立，那神宗自然是殺張居正方能后快。

下面再說一下外因：

首先，張居正的身份不正。按照實際身份，張居正是大學士，而大學士在明朝自始至終是五品官。而且大學士一開始只是皇帝的顧問，沒有預聞政事的權利，只是后來皇帝漸漸慵懶而且不能處事，所以大學士權利才重起來。這是一點。另一點，內閣的閣臣一般是某部尚書兼大學士，這樣才能稱其為宰臣，上朝出班是在其他尚書的前面。(明朝的政治制度，部(六部)院(都察院)長官是最高行政官員。而如果僅僅是大學士的話，他必須走在其他尚書后面。而張居正以大學士之身號令朝廷，其他人自然不滿。所以當時人多說：你只是皇帝的顧問，并非朝廷的行政長官，我們憑什么聽你的。

同時，張居正為了鞏固自己的權利地位，必須任用服從自己的人。這也必定引起士大夫的不滿。多以張居正一死，彈劾他的奏章滿天飛。

其次，歷史上著名的改革必然觸動統治階級權貴們的利益，張居正的改革也不例外。這也為他死后遭到的清算埋下了伏筆。

再次，可以說張居正十年的改革，是和馮保的支持分不開的。但和太監合作，終為當時的清流所不恥。有這么多的理由，萬歷自然要收拾張居正。