軍戶的主要的義務(wù)，便是出一丁男赴衛(wèi)所當(dāng)兵，稱作正軍，其他的子弟稱作馀丁或軍馀，正軍赴衛(wèi)所，至少要有一名馀丁隨行，以助其生活，由于軍戶負(fù)擔(dān)沉重，故多給有田地，且正軍免全部差役，而在營(yíng)馀丁及原籍下的一丁亦可免差役，以保障其生活并供給正軍之生活。如影響所有民間秘密宗教的羅教創(chuàng)始人羅思孚，本是一名戍軍，後來找人頂替之後，才離開軍伍。

軍丁的分發(fā)地點(diǎn)，多以距離原籍地遙遠(yuǎn)且分散的方式，以防止逃兵，但長(zhǎng)途的跋涉加上水土不服，給役卒帶來不少痛苦。正軍服役于衛(wèi)所，必須帶妻同行，以安定生活并生兒育女，每一軍人有房屋、田地，每月有固定的月糧，但實(shí)際情形則常分配不足，行軍時(shí)則發(fā)給口糧，衣裝則須自備，武器則由國(guó)家以工匠生產(chǎn)。軍士在營(yíng)，分成守備和屯田二部分，比例不定，按時(shí)輪流，屯田固定上交糧食，以供給守備軍及官吏，其目標(biāo)在養(yǎng)兵而不耗國(guó)家財(cái)力，但明宣宗以後，衛(wèi)所官侵占軍屯田地、私役軍士耕種之事，已經(jīng)常發(fā)生， 這個(gè)目標(biāo)漸難以達(dá)到。

一般正軍身死，即以戶中壯丁補(bǔ)充，但由于軍人生活困苦，逃兵甚多，洪武初年即有逃兵，至洪武三年十一月，逃亡者計(jì)47986人，因此有“根補(bǔ)”、“勾補(bǔ)”等方法。根補(bǔ)即抓回逃軍，勾補(bǔ)則由其戶中以丁補(bǔ)，但此舉既擾民又?jǐn)_官，亦有軍官藉此貪污，迫害人民，使鄉(xiāng)里間痛苦不堪。而且逃兵有增無減。

正統(tǒng)三年(1438年)，逃亡官軍竟達(dá)1633664人 這時(shí)開始有募兵之舉。

正德十四年吏部尚書王瓊上疏：“天下都司衛(wèi)所每歲差去勾軍官旗不下一萬六七千名，計(jì)所勾之軍，百無一二到衛(wèi)。有自洪武、永樂年間差出，到今三十余年，在外娶妻生子，住成家業(yè)，通同軍戶，窩藏不回。”

嘉靖八年，桂萼公布天下兵籍，僅有兵士九十七萬。軍士的逃亡，除生活上的因素外，與其社會(huì)位的低落亦有關(guān)， 明初因需要武力，故較重視軍人，其後承平日久，武力不再重要，軍人地位就大為降低，加上以罪犯充軍，使的軍人的形象更為低下。嘉靖年間，有些衛(wèi)所逃亡軍士達(dá)到在籍軍士70%左右。 至16世紀(jì)初，一些衛(wèi)所的逃亡軍士已達(dá)其總數(shù)的80%，許多邊地駐軍只剩下一半。

嘉靖時(shí)期，邊患嚴(yán)重，急需兵力，朝廷改采募兵制。募兵不同于衛(wèi)所軍，不世襲，來去相對(duì)自由。但由于募兵制破壞了早期衛(wèi)守制“兵帥分離”的構(gòu)想，內(nèi)閣必須將兵權(quán)下放于將領(lǐng)，明朝無法完全掌控兵權(quán)，尤以戚繼光的“戚家軍”更為有名，中央集權(quán)逐漸轉(zhuǎn)變成為個(gè)別軍官所擁有的勢(shì)力。