1449年，足利義政成為室町幕府第8代將軍，他耽于酒色，不理政事，導(dǎo)致社會(huì)動(dòng)蕩，各地不斷發(fā)生德政暴動(dòng)，將軍權(quán)力逐漸衰落，幕府實(shí)權(quán)旁落重臣和實(shí)力強(qiáng)大的守護(hù)大名細(xì)川勝元、山名持豐(又名山名宗全)等手中。

足利義政早年無子，1464年以弟足利義視為繼嗣、以細(xì)川勝元為保護(hù)人。次年其妻日野富子生子足利義尚，以山名持豐為保護(hù)人。二者爭(zhēng)奪繼嗣地位的斗爭(zhēng)，使中央勢(shì)力發(fā)生分裂。在守護(hù)大名各領(lǐng)國(guó)內(nèi)，地方領(lǐng)主力量也不斷增大，并干預(yù)守護(hù)大名的繼承糾紛，因而守護(hù)大名的勢(shì)力也發(fā)生分裂。以細(xì)川勝元和山名持豐的對(duì)立為中心，中央與地方封建勢(shì)力的分裂日趨激化。

1467年1月18日，畠山政長(zhǎng)和畠山義就在京都發(fā)生武裝沖突，山名持豐助畠山義就獲勝。以此為導(dǎo)火線，細(xì)川勝元和山名持豐各自調(diào)集援軍進(jìn)入京都。細(xì)川方面有斯波義敏、畠山政長(zhǎng)、赤松政則、京極持清等，大本營(yíng)在將軍駐地幕府，稱東軍。山名方面有斯波義廉、畠山義就、一色義直、六角高賴等，大本營(yíng)在幕府以西的山名持豐邸，稱西軍。5月26日，兩軍開始大戰(zhàn)。最初東軍稍強(qiáng)。8月，大內(nèi)政弘率軍2萬東上京都，支援西軍，10月激戰(zhàn)于相國(guó)寺，未決勝負(fù)。此后京都地區(qū)的戰(zhàn)斗進(jìn)入膠著狀態(tài)，戰(zhàn)亂逐漸波及地方。戰(zhàn)爭(zhēng)中，東軍控制將軍足利義政、后土御門天皇和后花園上皇，西軍則控制義視和南朝的后龜山天皇之重孫，雙方均以自己為正統(tǒng)，稱對(duì)方為賊軍。

長(zhǎng)期戰(zhàn)亂極大地消耗了雙方的實(shí)力。地方武士則借機(jī)擴(kuò)大自己的領(lǐng)地，爭(zhēng)奪領(lǐng)國(guó)統(tǒng)治權(quán)，有的甚至企圖奪取守護(hù)大名的地位，在京都作戰(zhàn)的守護(hù)大名對(duì)此深感不安，因而出現(xiàn)厭戰(zhàn)情緒。

1472年，兩軍首腦開始和談。1473年，持豐和勝元相繼死去，和談加速進(jìn)行，次年4月一度達(dá)成和議。但因赤松政則、畠山義就和大內(nèi)政弘反對(duì)，未能實(shí)現(xiàn)。1477年9月，畠山義就由于領(lǐng)國(guó)不穩(wěn)率軍返回河內(nèi)。大內(nèi)政弘也在幕府重新承認(rèn)他對(duì)周防、長(zhǎng)門、豐前、筑前等領(lǐng)國(guó)的統(tǒng)治權(quán)后，于11月率軍退出京都，戰(zhàn)亂基本結(jié)束。應(yīng)仁之亂中，京都大半化為焦土，相國(guó)寺等古建筑與許多藝術(shù)珍品遭破壞，人民備嘗離亂之苦。戰(zhàn)亂后，幕府將軍、守護(hù)大名和莊園領(lǐng)主貴族的力量更加衰弱，日本歷史進(jìn)入新興的戰(zhàn)國(guó)大名互相混戰(zhàn)的戰(zhàn)國(guó)時(shí)代。