順治的生母，就是有名的莊妃，也就是后來的孝莊太后。她13歲嫁給皇太極，后來住在永福宮，被封為莊妃，所以稱她為永福宮莊妃，孝莊是中國歷史上有名的賢后，一生培養、輔佐順治、康熙兩代君主，是清初杰出的女政治家。

皇太極登極為天聰汗時，她才14歲。夫君死得太早，剛滿30周歲就守寡，是她的不幸;但她的大幸卻是兒子做了皇帝，自己則做了皇太后。莊妃本身不是皇后，兒子也不是皇長子，卻一口吞下兩枚幸福之果——兒子做皇帝和自己當太后。

在當時，一個30歲的寡婦帶一個6歲的兒皇帝實在是不容易，孝莊深知，同攝政王多爾袞搞好關系才是自己最為穩固的靠山。關于孝莊后和多爾袞的關系，歷來有種種傳聞和猜測，最有名的是“太后下嫁”的公案。

民國初年出版的《清朝野史大觀》卷一，有三條專記太后下嫁一事。民國八年署名“古稀老人”編寫的《多爾袞軼事》則更記得如同親聞目睹，說“當時朝廷情勢，危于累卵”，“太后時尚年少，美冠后宮，性尤機警，……故寧犧牲一身，以成大業”。而多爾袞本來就好色成性，此時更以陳奏機密為由，出入宮禁。至今仍有人認為所謂“太后下嫁”確有其事，并提出種種理由，但是還沒有一條鐵證。

認為太后下嫁確有其事提出的理由大致有以下幾條：

第一，莊妃下嫁為保全兒子的皇位。這點前面已經講過，順治繼位是多種政治勢力復雜斗爭和相互妥協的結果。

第二，兄死弟可娶其嫂是滿洲習俗。滿洲確實有這樣的習俗，但有這樣的習俗并不能證明多爾袞就一定娶了他的嫂子。

第三，稱多爾袞為“皇父攝政王”。這是尊稱，如同光緒稱慈禧為“皇阿瑪”一樣。如果說，稱多爾袞“皇父攝政王”就說明太后下嫁的話，那么叫慈禧“皇阿瑪”，恐怕要得出慈禧變性的結論來了。

第四，蔣良騏所輯《東華錄》里記載多爾袞“親到皇宮內院”云云，極有可能是指孝莊與多爾袞相戀的事實。相戀的事可能有，也可能無，但相戀不同于下嫁。

第五，孝莊死后埋在清東陵的昭西陵(在皇太極昭陵西面)。孝莊和康熙都做了解釋：太皇太后不愿意驚動太宗的亡靈，而愿意同兒孫在一起。

第六，有人說見過《太后下嫁詔》。歷史不能憑某人一說，這根本沒有任何證據。

第七，惟一比較直接的證據是明末張煌言(蒼水)的一首七言絕句《建夷宮詞》：“上壽觴為合巹尊，慈寧宮里爛盈門。春官昨進新儀注，大禮恭逢太后婚。”我們做一個分析吧。它的標題叫《建夷宮詞》，“建”是建州，“夷”就是夷狄，明顯地帶有民族偏見。這個時候，張蒼水在江南，南明勢力和清朝是對立的，所以出在敵人之口，記在異國之文，不能成為歷史的證據。而且詩詞也不能直接作為歷史的證據，因為詩可以夸張，可以比附。

可以說，至今還沒有見到一條關于“太后下嫁”的史證。特別是當時作為清朝屬國朝鮮的《李朝實錄》沒有“太后下嫁”頒詔告諭的記載，而像這樣的大事，如果有，照例是應當詔諭屬國的。

不管下嫁與否，孝莊太后出于母子命運和大清江山的考慮，盡量籠絡多爾袞，倒是不用懷疑的。

這樣一對相依為命的母子，按理說應當母慈子孝、關系融洽。但事實似乎并非如此。

關于順治皇帝和母后的關系，《清史稿·后妃傳》僅有四句話的記載第一句是“世祖即位，尊為皇太后”，這是例行公事;

第二句是“贈太后父寨桑和碩忠親王，母賢妃”，這也是例行公事;

第三句記載：“太后萬壽，上制詩三十首以獻”，這仍是例行公事;

第四句記載：“上承太后訓，撰《內則衍義》，并為序以進。”

僅僅以上四句話、60個字而已。而同一篇傳記，記載康熙同他祖母關系的則有715個字。從中透露出順治同母后的關系并不太協調。可能有的沖突是：

第一，順治小時候貪玩，母后管教過嚴，這是家庭中的常理。

第二，順治的皇后是母后和叔父多爾袞給指定的。小皇后出身蒙古科爾沁貴族，從小嬌生慣養，順治不喜歡。雖然勉強成了親，但婚后經常發生口角。順治不顧母后和大臣的反對，強行廢掉了皇后。直到順治病危的時候，被廢的小皇后想要見他一面都不行。后來再立一個皇后，順治還是不喜歡。在皇后問題上母子有矛盾。

第三，順治喜歡董鄂妃，愛得死去活來。太后干涉，母子又發生矛盾。矛盾最激烈的就是第四個，順治放著皇帝不做，要出宮做和尚，母后當然堅決反對。第五，母后同多爾袞有著說不清道不明的關系，也讓小皇帝心里不愉快。總之，母子之間的關系并不是太好。