關于李蓮英之死，野史語焉不詳，以“病故”，“及死去”言之。1908年10月，慈禧太后去世，據《李氏家譜》載：“百日孝滿，出宮養老。”李蓮英搬進北京棉花胡同家中，整日吃齋念佛，閉門不出。3年后，李蓮英去世。據李家后人之說，李蓮英是病死的，病因是痢疾不治，得病后三四天即歿。但是，清史檔案和墓志銘，則用了一個“殞”字，模棱兩可。直到近幾十年，才峰回路轉，引出大段公案。

1966年初夏，原北京“六一”學校的趙廣智等老師，在革命造反派的監督之下，挖開了原清朝恩濟莊太監墳地(恩濟莊太監墳地之名為雍正所賜，當年皇帝曾撥銀萬兩修建，據說該墳地所埋太監共有2700余人)中的李蓮英墓。令人吃驚的是，李蓮英棺槨里只有一顆骷髏頭，卻不見尸骨。只有頭骨而沒有尸身的李蓮英，不可能是病死的。唯一的原因，他可能死于“他殺”。

李蓮英究竟為何人所殺，概括起來有三種說法。一是為革命黨人所殺。蓋因他在慈禧太后和光緒皇帝的爭斗之中，支持太后，而打擊帝黨。但是，也有學者反對，認為李蓮英并沒有參與朝廷內的黨派之爭，他也不可能得罪革命黨人。關鍵之點，他臨死之時，早已出宮3年，對于政事沒有影響，殺他沒任何意義。

二是為江朝宗和小德張所殺。此說法，主要是顏儀民先生的觀點。他甚至在文章中，引用了江朝宗兒子提供的“細節”，說時任九門提督的江朝宗請李蓮英吃飯，然后派人殺其于北京后海。支持該觀點的人認為，江朝宗是袁世凱的親信，小德張則是李蓮英的后任。兩個人出于不同的目的殺了李蓮英。李蓮英曾得罪袁世凱，這是事實，因此袁有可能授意親信下手;而小德張則為了爭奪其遺產之事，而萌生殺人動機。但立即有人反對此說。

有學者考據說，江朝宗宣統二年正在陜西漢中鎮總兵任上，直到1912年才回北京擔任北洋政府北京衛戍司令。江朝宗遠在幾千里之外，并不在所謂的“九門提督”任上，怎么可能請李蓮英吃飯并設局殺之呢？同時，也有人認為，小德張同李蓮英，并沒有共過事，兩人沒有利害沖突，殺人動機不存在。

三是在去山東討債途中被悍匪所殺。這一觀點，也被無數專家質疑。以李蓮英的財富地位，他怎么可能親自出門討要債務呢？但是，支持這一觀點的人說，李蓮英曾有一個侄孫女，嫁到了山東省無棣縣。他曾去山東探望侄孫女，順便到泰山一游，走到山東和河北交界的地方被人殺死。當時跟隨的兩個侍從嚇得失魂落魄，只把李的頭顱用包袱兜回了北京。

從這些傳說和觀點中，大致可以理出下列頭緒：

一，李蓮英死于他殺，是事實，病死之說，僅僅是其家人說法，不足信。二，李蓮英死于仇敵。仇家可以是革命黨人，也可以是宮中同道，亦可以是袁世凱授意之人。其實，最有可能殺他的人，則是光緒皇帝的弟弟醇親王載灃，其時任監國攝政，權傾一時，他殺人的動機也是有的，因為有人說正是李蓮英下手毒死了光緒皇帝，報哥哥被殺之仇，順理成章。至于悍匪劫殺之說，則有點牽強。三，李蓮英被殺地點，并無確切之說。因此，極有可能是殺人者扔還了李蓮英的首級。李家之人，找不到尸體，只好將其腦袋殼下葬了。

李蓮英生前榮華富貴，死后也得以厚葬，但他的頭骨被挖出來后，曾被學生當足球踢，最后被扔進了學校茅房的糞坑……直到有一天晚上，那個親手挖開李蓮英墓的人，北京“六一”學校老師趙廣智先生拿了一個糞勺，把那顆頭顱撈了出來，埋到了一個山坡下，從此無人知曉。