宮廷的斗爭并沒有因為明光宗的病逝而結束，紅丸案的余波尚未蕩平，宮中接著有發生了另一樁離奇的大案——移宮案。要弄明白移宮案的前前后后，還要從光宗的寵妃李選侍說起。李選侍本來是鄭貴妃宮里的一名侍女，后來在鄭貴妃的訓練之下，成為一名出色的美女。

鄭貴妃為了討好光宗，便將李選侍連同其她七位美女一同送給了光宗朱常洛。希望有朝一日這些美女獲得光宗得寵愛，自己也好利用這些女人從中牟利。李選侍入宮之后，很快討得了朱常洛的歡心。在宮里的地位迅速上升，很快爬到了僅次于皇后的位子，并且替光宗撫養日后的皇太子朱由校，地位由此更加特殊，幾乎掌握了后宮的實權。而且她還同鄭貴妃保持著密切的聯系，李選侍極力的想通過的鄭貴妃的力量將自己扶上皇后寶座，鄭貴妃則想利用李選侍在皇帝面前說話方便的機會，幫她事先作皇太后的夢想。

后來光宗病重，這兩件事就拖了下來。但他打算封李選侍為皇貴妃，并當著大臣的面，告訴皇長子熹宗朱由校要視李選侍如親生母親，視為太皇后。可是，還沒等皇帝的話說完，李選侍便掀開帷幄，叫皇長子朱由校進去。朱由校進去后，對父皇朱常洛說了一句：“要封皇后！”眾大臣聽后全都變得瞠目結舌。朱常洛也面色一變，一言不發。

他知道這一定是自己寵愛的李選侍在幕后指使，這個李選侍心計深沉，決不會甘心久居人下，她在宮中一向以敢作敢為、大膽果斷著稱。所以，盡管李選侍一再要求皇帝立她為皇后，但是光宗始終沒有答應，他怕李選侍一旦被冊封為皇后，她便可以通過自己撫養的朱由校，間接地控制朝政。所以他只封她為皇貴妃，說什么也不同意封她為皇后。

泰昌元年(1620)九月初一，朱常洛在宮中暴斃。李選侍卻仍住在皇帝、皇后的寢宮乾清宮，絲毫不想搬出乾清宮。按照明代的制度，外廷有皇極殿，內宮有乾清宮，都是屬于皇帝、皇后專用的。而李選侍是想借年僅十五歲的光宗長子朱由校掌握朝政，坐鎮乾清宮，進而統馭后宮。

朝中大臣們見此狀況，都猜到了她的心思，于是都在心里暗暗擔憂。給事中楊漣對大臣周嘉謨、李汝華說，“宗社事大，李選侍非可托少主者，急宜請見嗣王，呼萬歲以定危疑……移住慈慶為是。”兩人聽了，均深有同感，便一起去見輔臣方從哲。群臣商量過后，又一起奔向皇宮，楊漣率先奔進后宮，太監們執棍攔阻。楊漣怒斥說，“皇帝召我等至此，今晏駕，嗣主幼少，汝等阻門不容入臨，意欲何為？”太監們一時不知所措，只得讓開，諸臣這才進入。眾位大臣見了光宗朱常洛的靈位，都痛哭了一番，然后就請求拜見皇長子朱由校。李選侍將朱由校留在暖閣，不讓他出來。宮里耿直的老太監王安哄騙李選侍，這才把朱由校抱持而出，眾人連忙叩頭，齊呼萬歲。朱由校立在那里，不知道是怎么回事，嘴里只是說：“不敢當！不敢當！”群臣奏請進詣文華殿。然后，朱由校登上一頂小轎。大臣劉一璟、周嘉謨、張維賢、楊漣抬轎，倉卒前行。走了幾步，轎夫方到。這時，內侍李進忠三次奔來，傳李選侍的命令，召皇長子回宮，并喝斥諸臣說，“汝輩挾之何往？”楊漣怒叱李進忠，擁著皇長子登輿。

進了文華殿，朱由校西向坐定，群臣行大禮拜見，并請朱由校即日登基。朱由校不同意，只答應初六日登基。大臣進奏說，“今乾清宮未凈，殿下暫居此。”吏部尚書周嘉謨也說，“今日殿下之身，是社稷神人托重之身，不可輕易。即詣乾清宮哭臨，須臣等到乃發。”朱由校見到形勢如此，也知道事態嚴重，就點頭同意。楊漣這時對隨行的太監們說，外事緩急有諸位大臣，調護圣躬卻在諸內臣，責任重大。朱由校畢竟還只是個十六歲的小皇帝，也沒有什么主意，他不想封李選侍，但又下不了決心。朱由校身邊寵幸的太監王安，這時躬身跪倒說道：“皇上，可不能再這樣下去，陛下可立即下詔逼迫李娘娘搬出乾清宮。”朱由校聽了，陷入沉思。太監王安答應群臣一定盡職盡責規勸皇上，眾人這才退去。可是最后，大臣們合議，還是得即日正位，讓內官進奏，朱由校還是不允。眾人便在殿中坐等。這時吏部尚書周嘉謨又聯合眾臣合疏進奏，請求李選侍移出乾清宮，遷往別宮。御使左光斗明白指出，殿下今已十六歲，內有忠直老成的內官輔佐，外有朝中重臣輔佐，哪里乏人，還須李選侍像照顧嬰兒一般貼身相隨？因此，伏請即早決斷，如果李選侍借撫養之名而行專制之實，那武則天之禍就不會太遠了！左光斗用武則天來比喻李選侍，一則不希望出現后宮專權的情形出現，二是擔心朱由校血氣未定，把持不住，墜入當初唐高宗納父親后妃武則天的事情中。這確實一番肺腑忠言！

朱由校聽了，覺得甚是有理，便發布上諭，說移宮已有圣旨，冊封貴妃一事，尊卑難稱，著禮部再議。給事中暴謙貞卻毫不保留地坦白說;皇長子即將登上大寶，上有百靈呵護，下有群工擁戴，何用此婦人女子！而且李選侍并非忠誠愛國，萬一封典得行，專權用事，恐怕難以抑制。好在宮中忙亂，沒人理會，這一番話并未引出宮廷風波。

不料，李選侍那邊卻正聽取心腹李進忠的主意，邀朱由校和她同宮，還忿然宣言，要逮捕楊漣、左光斗。

這時，楊漣在宮門遇見李進忠，詢問李選侍何日離宮？李進忠搖手說，“李娘娘甚怒，今母子一宮，正欲究左御使武氏之說！”楊漣怒叱說，“誤矣，幸遇我。皇長子今非昨比，選侍移宮，異日封號自在。且皇長子年長矣，若屬得無慎乎？”李進忠被逼問得默然無語。

科道官員惠世揚、張潑從東宮門出來，聽了這件事也大驚失色，說今日選侍垂簾，下旨逮捕光斗。楊漣立即駁斥說，沒有這事！宮禁一時人心惶惶。誰也弄不清楚是如何變局，皇帝是親近李選侍對付朝臣還是傾向于朝臣疏遠李選侍，大臣們一個個孤疑滿腹。

過了幾天日子，李選侍還是住在乾清宮，逍遙自在，根本沒有移宮之意。楊漣便直言上奏，說先帝過世，人心惶危，都說選侍假借保護之名，陰圖專權之實，伏請殿下暫居慈慶宮，拔別宮先遷出選侍，然后再奉駕還宮。祖宗宗社最重，宮幃恩寵為輕。如今登基已在明日，哪有天子偏處東宮之處！這移宮一事，臣等進言在今日，殿下也當實行在今日。隨后，楊漣又去拜見方從哲。方從哲起初認為這件事不用太著急，晚兩天也沒什么關系。楊漣卻說，太子明天就要登基了，難道登基為天子后還要回到東宮的住處嗎？選侍今天不愿離開乾清宮，難道以后就會主動離開了嗎？方從哲最終被楊漣說服，兩人統一了意見后，又去請求太子頒下嚴令。

于是，朱由校登基在即時下令，命李選侍移出乾清宮，移住仁壽殿。他還下令收捕李選侍身邊的幾個親信太監，理由是他們涉嫌偷盜大內庫藏。如此情形下，勢單力孤的李選侍還是敵不過皇帝的一紙命令，移宮已成定局。這時群臣們倒反過來勸皇帝，看在昔日光宗的舊寵之上，遵照光宗的囑托，善待李選侍母女。小皇帝雖然對李選侍往日咄咄逼人的態度十分不滿，但還是接受了群臣的意見。

最終，在外廷大臣的嚴詞逼迫和宮中太監王安的恐嚇之下，李選侍終于無奈的決定移宮。九月初五日，她抱著皇八女，徒步從乾清宮走向宮中宮妃養老處—— 仁壽殿噦鸞宮。于是，這件震動宮闈的明朝三大疑案之一的“移宮案”終于落下了帷幕。李選侍以失敗而告終，熹宗朱由校進駐乾清宮，登上寶座。

李選侍封后的要求沒有實現，做皇太后控制朝政的愿望也落了空。她賴在乾清宮不走是否是受到了鄭貴妃得幕后主使，這個后人亦無從得知。但是其意圖很明顯，就是要通過控制皇太子朱由校來操縱整個朝政，據許熙重《憲章外史續編》記載，朱由校即位后說，李選侍命太監李進忠傳話：“每日章奏，必先奏看過，方與朕覽，即要垂簾聽政處分。”可見，她是有垂簾聽政的野心的，后人還推測，她之所以賴在乾清宮不走，就是要同鄭貴妃“邀封太后及太皇太后，同處分政事”。如果她的目的實現了，也許明朝就要先出一個“慈禧太后”了。