1991年12月11日，歐共體馬斯特里赫特首腦會(huì)議通過(guò)了建立“歐洲經(jīng)濟(jì)貨幣聯(lián)盟”和“歐洲政治聯(lián)盟”的《歐洲聯(lián)盟條約》(通稱《馬斯特里赫特條約》，簡(jiǎn)稱“馬約”)。1992年2月7日，《馬斯特里赫特條約》簽訂，設(shè)立理事會(huì)、委員會(huì)、議會(huì)，逐步由區(qū)域性經(jīng)濟(jì)共同開發(fā)轉(zhuǎn)型為區(qū)域政經(jīng)整合的發(fā)展。1993年11月1日，《馬斯特里赫特條約》正式生效，歐洲聯(lián)盟正式成立，歐洲三大共同體納入歐洲聯(lián)盟，這標(biāo)志著歐共體從經(jīng)濟(jì)實(shí)體向經(jīng)濟(jì)政治實(shí)體過(guò)渡，同時(shí)發(fā)展共同外交及安全政策，并加強(qiáng)司法及內(nèi)政事務(wù)上的合作。1994年的歐洲議會(huì)選舉，執(zhí)委會(huì)提議雅克·桑特?fù)?dān)任執(zhí)委會(huì)主席，但其實(shí)他被視為第二選擇。議會(huì)勉強(qiáng)批準(zhǔn)桑特的任命案，但他所領(lǐng)導(dǎo)的執(zhí)委會(huì)則獲得強(qiáng)力的支持(416票贊成、103票反對(duì))。

1994年3月30日，奧地利、瑞典、芬蘭和挪威的入盟協(xié)商完成。各國(guó)舉行公民投票，除了挪威以外，其他各國(guó)均通過(guò)加入歐盟的提案。然而，挪威與冰島、列支敦士登等歐洲自由貿(mào)易聯(lián)盟成員國(guó)在1994年1月1日加入歐洲經(jīng)濟(jì)區(qū)。瑞士曾計(jì)劃加入歐洲經(jīng)濟(jì)區(qū)，但遭到公民投票否決。隔年，《申根公約》正式生效，到1996年年底已擴(kuò)展到近乎全歐盟會(huì)員國(guó)。1994年1月1日，歐洲經(jīng)濟(jì)暨貨幣聯(lián)盟(Economicand Monetary Union of the EuropeanUnion)進(jìn)入第二階段，成立歐洲貨幣管理局，1998年一月歐洲中央銀行成立，1999年歐元開始運(yùn)作，2002年1月1日，硬幣與紙幣開始流通，完全代替舊有貨幣。

1994年12月9日至10日，歐洲聯(lián)盟12國(guó)和即將加入歐盟的奧地利、瑞典和芬蘭的領(lǐng)導(dǎo)人在德國(guó)埃森就改進(jìn)歐盟機(jī)制，促進(jìn)經(jīng)濟(jì)增長(zhǎng)和歐盟向東歐擴(kuò)大問(wèn)題達(dá)成一致。

1995年1月1日，瑞典、芬蘭、奧地利正式加入歐盟，歐盟成員國(guó)擴(kuò)大到15個(gè)。

1996年12月14日，歐盟都柏林首腦會(huì)議通過(guò)了《穩(wěn)定和增長(zhǎng)公約》、《歐元的法律地位》和《新的貨幣匯率機(jī)制》的歐元運(yùn)行機(jī)制文件。

1997年6月17日，歐盟首腦會(huì)議通過(guò)了對(duì)《馬約》修改和補(bǔ)充的《阿姆斯特丹條約》，同年10月2日，歐盟外長(zhǎng)簽署了該條約。

1998年3月12日，歐盟15國(guó)與申請(qǐng)加入歐盟的中、東歐11個(gè)國(guó)家的領(lǐng)導(dǎo)人在倫敦正式啟動(dòng)了名為“歐洲會(huì)議”的首腦定期磋商機(jī)制。

1999年1月1日，歐盟正式啟動(dòng)歐元。5月1日，《阿姆斯特丹條約》正式生效。12月11日，歐姆赫爾辛基首腦會(huì)議通過(guò)了《千年宣言》，決定正式接受土耳其為入盟候選人并決定在2003年前成立歐盟快速反應(yīng)部隊(duì)。

巴爾干地區(qū)的沖突給予歐盟發(fā)展共同外交與安全政策強(qiáng)大的動(dòng)力。歐盟在沖突之初未能及時(shí)反應(yīng)，而聯(lián)合國(guó)維和部隊(duì)無(wú)法阻止歐洲在二戰(zhàn)之后最大傷亡、發(fā)生于波斯尼亞和赫塞哥維納的斯雷布雷尼察屠殺。最后北大西洋公約組織介入戰(zhàn)爭(zhēng)，迫使雙方坐上談判桌。1999年3月24日，科索沃的局勢(shì)使得歐盟發(fā)表共同外交和安全政策聲明，并迫使北約介入科索沃與塞爾維亞之間的沖突。相較于波斯尼亞沖突，這次歐盟更為積極，之前的失敗使得歐盟希望在外交事務(wù)上更有效力。歐盟早期的外交經(jīng)驗(yàn)顯1999年5月1日生效的《阿姆斯特丹條約》，以及1997年西歐聯(lián)盟領(lǐng)導(dǎo)人所發(fā)表，關(guān)于歐盟及北約兩組織所扮演的角色的宣言。之后，《尼斯條約》加強(qiáng)了高級(jí)代表(High Representative)與外交政策的合作。

1999年3月，爆發(fā)預(yù)算危機(jī)。議會(huì)拒絕批準(zhǔn)執(zhí)委會(huì)所提出的預(yù)算案，理由是執(zhí)委會(huì)財(cái)政管理不當(dāng)、欺騙及裙帶關(guān)系。議會(huì)成立調(diào)查委員會(huì)，調(diào)查結(jié)果在1999年3月15日發(fā)表，內(nèi)容大力抨擊執(zhí)委會(huì)。原來(lái)唯一表態(tài)支持的主流政黨歐洲社會(huì)黨決定不再支持，并與議會(huì)準(zhǔn)備罷免執(zhí)委會(huì)。在報(bào)告出爐的當(dāng)天傍晚，歐盟執(zhí)委會(huì)宣布總辭。該危機(jī)嚴(yán)重?fù)p害了歐盟執(zhí)委會(huì)面對(duì)全球危機(jī)的立場(chǎng)，而歐洲理事會(huì)也逐漸不信任執(zhí)委會(huì)。歐洲懷疑主義在后德洛爾時(shí)代更加根深蒂固，理事會(huì)與議會(huì)也在之后幾年不斷質(zhì)疑執(zhí)委會(huì)的立場(chǎng)。很快地，繼任的執(zhí)委會(huì)成立反欺詐部門OLAF。

1999年議會(huì)選舉，歐洲人民黨擠下社會(huì)黨成為第一大黨，羅馬諾·普羅迪所率領(lǐng)的新任執(zhí)委會(huì)成立反欺詐部門OLAF。在《阿姆斯特丹條約》賦予的新權(quán)力下，部分人士稱普羅迪為“歐洲第一任首相”。1999年6月4日，哈維爾·索拉納被任命為歐盟理事會(huì)秘書長(zhǎng)兼共同外交與安全政策高級(jí)代表，它也被部分人視為歐洲第一任外交部長(zhǎng)。《尼斯條約》在2001年2月26日簽訂，隔年2月1日正式生效，開始起草歐盟憲法。《尼斯條約》在2004年擴(kuò)張之前完成了最后的準(zhǔn)備階段。

2000年2月15日，歐盟開始與羅馬尼亞、斯洛伐克、拉脫維亞、立陶宛、保加利亞和馬耳他第二批6個(gè)入盟候選國(guó)正式舉行入盟談判。

2001年1月1日，希臘正式成為歐元區(qū)第12個(gè)成員國(guó)。

2002年1月1日，歐元正式流通。3月1日，歐元成為歐元區(qū)國(guó)家唯一法定貨幣。