在二次革命爆發(fā)后，陳炯明于7月18日宣布廣東獨(dú)立;8月2日，孫中山便帶著胡漢民等人乘德國(guó)輪船“約克”號(hào)離開上海，準(zhǔn)備前往廣東領(lǐng)導(dǎo)革命，但等孫中山一行人于8月3日抵達(dá)福建馬尾的時(shí)候，廣東形勢(shì)突變，陳炯明手下的將領(lǐng)發(fā)動(dòng)兵變，局勢(shì)已經(jīng)失去控制。在這種情況下，在香港的張繼、馬君武請(qǐng)日本駐港總領(lǐng)事致電福州領(lǐng)事館，讓福州領(lǐng)事告知孫中山廣東已無(wú)可為，讓他們采取應(yīng)變措施。

日本駐福州領(lǐng)事找到孫中山后，將廣東的變故詳細(xì)告知，孫中山便表示愿意前往日本，但日本領(lǐng)事稱日本政府對(duì)中國(guó)時(shí)局采取中立政策，是否接納孫中山避難尚不得知，于是他勸告孫中山前往臺(tái)灣暫避。孫中山聽(tīng)后，便于次日赴基隆。就當(dāng)時(shí)的而言，日本軍部是同意孫中山來(lái)日本的，但外交上卻反對(duì)接納，這使得孫中山感到左右為難。這時(shí)，黃興突然從香港直接前往日本神戶，并希望孫中山能與之會(huì)合。在這種情況下，孫中山便在給日本友人發(fā)電報(bào)后，也乘船前往神戶。在孫中山航行期間，日本政界元老犬養(yǎng)毅和黑龍會(huì)領(lǐng)袖頭山滿向政界反復(fù)交涉，終于妥善得將孫中山安全接到神戶的一個(gè)別墅保護(hù)起來(lái)。當(dāng)時(shí)宋嘉樹(即宋慶齡之父)也在神戶的東方大旅館，隨即為孫中山展開對(duì)外聯(lián)絡(luò)。數(shù)日后，胡漢民和廖仲愷也來(lái)到神戶與孫中山會(huì)合。

8月16日，孫中山、胡漢民等人離開神戶前往東京，到后便住在頭山滿宅邸的隔壁——東京赤坂區(qū)靈南坂町27番地海妻豬男彥宅，直到一年后才搬到豐多摩郡千馱谷町大字原宿109番地。頭山滿是日本黑龍會(huì)的創(chuàng)始人，其人一生充滿傳奇色彩，他既支持日本對(duì)華侵略，又支持孫中山等人的革命活動(dòng)，這次孫中山等人遭難，他認(rèn)為是“窮鳥入懷，獵夫不殺”，孫中山也由此在東京呆了近3年的時(shí)間。

在日本定居后，黃興也趕到東京與孫中山會(huì)和，兩人重逢之時(shí)，相對(duì)無(wú)語(yǔ)，其心情之沉重，可想而知。在總結(jié)“二次革命”失敗原因時(shí)，這二位領(lǐng)袖產(chǎn)生了分歧并發(fā)生爭(zhēng)吵，孫中山認(rèn)為“二次革命”的失敗原因是黨內(nèi)組織渙散，黨人不聽(tīng)指揮，缺乏嚴(yán)格的紀(jì)律，以至錯(cuò)失良機(jī)。因此，孫中山認(rèn)為，這次革命完全是敗于自己而不是袁世凱。

黃興對(duì)此不以為然，他認(rèn)為“二次革命”是一場(chǎng)迫不得已的革命，完全是袁世凱一手造成的，而革命失敗的主要原因是敵我雙方力量過(guò)于懸殊。由此，黃興不同意孫中山立刻發(fā)動(dòng)第三次革命的主張，而是提出要積蓄力量，以圖再舉。孫中山對(duì)黃興的消極態(tài)度很不滿意，隨后便在東京著手改組政黨的工作。孫中山認(rèn)為，革命之所以遭受慘痛失敗，原因還在于黨內(nèi)“革命成功、革命黨銷”的思潮，加上同盟會(huì)被改組為國(guó)民黨后，魚龍混雜，泥沙俱下，黨內(nèi)紀(jì)律全無(wú)，幾如一盤散沙;要想打敗袁世凱，就必須將這個(gè)形同虛設(shè)的國(guó)民黨痛加改造，所謂之“毀黨造黨”，即將原國(guó)民黨重新改造成一個(gè)新黨，這就是歷史上所稱的“中華革命黨”。

事實(shí)上，中華革命黨還是倚靠當(dāng)年同盟會(huì)的老底子，至于宋教仁組建國(guó)民黨時(shí)期合并而來(lái)的那些政治力量，當(dāng)時(shí)已經(jīng)名存實(shí)亡，也就干脆剝離出去。另外，孫中山在建黨時(shí)提出，革命程序應(yīng)分為“軍政、訓(xùn)政、憲政”三個(gè)階段，這是孫中山首次提出這一成熟理論，這也為后來(lái)國(guó)民黨的施政提供了理論支持。中華革命黨最為人詬病的是孫中山說(shuō)提倡的準(zhǔn)極權(quán)體制，那就是黨內(nèi)要無(wú)條件擁護(hù)黨魁(就是孫中山自己了)，黨中所有的高級(jí)干部不由選舉產(chǎn)生，而是由黨魁直接指派;黨員也分成三個(gè)級(jí)別，即“首義黨員、協(xié)助黨員和普通黨員”;所有的黨員必須立下誓約，并加蓋指模(即按手印)，聲明“犧牲自己，服從孫先生，再舉革命”，并立誓如下：“一、實(shí)行宗旨;二、服從命令;三、盡忠職務(wù);四、嚴(yán)守秘密;五、誓同生死”。誓約的最后還加了一句，“如有貳心，甘受極刑”(這就有點(diǎn)過(guò)分了，搞得跟黑幫入會(huì)一樣)。

對(duì)于這個(gè)誓約和儀式，很多老同志都表示不理解也不贊成，但孫中山認(rèn)為革命失敗就是因?yàn)槿狈o(jì)律導(dǎo)致，因而對(duì)此毫不相讓，絕不妥協(xié)。孫中山說(shuō)，“第一、革命必須有唯一(崇高偉大)之領(lǐng)袖，然后才能提挈得起，如身使臂，臂使指，成為強(qiáng)有力之團(tuán)體人格;第二、革命黨不能群龍無(wú)首，或互爭(zhēng)雄長(zhǎng)，必須在唯一領(lǐng)袖之下絕對(duì)服從;第三、孫先生代表是我，我是推翻專制，建立共和，首倡而實(shí)行者。如離開我而講共和，講民主，則是南轅而北其轍。忠心革命同志不應(yīng)作‘服從個(gè)人’看法，一有此想，便是錯(cuò)誤。我為貫徹革命目的，必須要求同志服從我(老實(shí)說(shuō)，你們的見(jiàn)識(shí)有限，所以應(yīng)該盲從我);第四、再舉革命，非我不行。同志要再舉革命，非服從我不行，這絕無(wú)退讓之余地”。

至于按手印一事，孫中山同樣認(rèn)為是天經(jīng)地義，不容有絲毫的更改。據(jù)當(dāng)時(shí)在一旁觀禮的革命老同志居正回憶說(shuō)：“總理意志強(qiáng)毅，態(tài)度堅(jiān)決，南山可移，此案不動(dòng)”。事實(shí)上，即便是孫中山自己，也要宣誓立約，以示莊重(不過(guò)免了手印一節(jié))。孫中山這樣赤裸裸的搞個(gè)人獨(dú)裁，不免令同盟會(huì)的一些元老級(jí)人物感到寒心。中華革命黨在1914年7月成立后，除了陳其美、戴季陶、張人杰、蔣介石、鄧鏗、林森等人按手印宣誓入黨外，其他有影響力的革命黨人如黃興、李烈鈞、柏文蔚、吳稚暉、蔡元培、鈕永建等人都紛紛拒絕參加。就連跟隨孫中山多年的汪精衛(wèi)，也對(duì)此不以為然。他們?cè)诘弥w手印一節(jié)后，或聞風(fēng)遠(yuǎn)逸，或罷工杯葛，最終使得中華革命黨并沒(méi)有在歷史上發(fā)揮什么重大作用，除了開過(guò)一次成立大會(huì)，外加若干次失敗的小行動(dòng)外，也就在“二次革命”后的民國(guó)政局中被基本邊緣化了。