首先軍統上海區制定了一個方案：以身著軍服的日本人為格殺對象，無論軍階高低，職務大小，無須申報，得手就當場干掉，執行地點以日占區及其勢力范圍之內為限。該方案于1940年上報戴笠并得到批準。

1939年4月，汪精衛在躲過軍統特工的刺殺后，從河內秘密回到上海，不斷地與日寇策劃籌備，加速了組織偽政權的步伐。日本特務機關也加緊在淪陷區建立特工組織，1939年3月，日本軍部代表土肥原賢二及日本大本營陸軍部軍務課長影佐禎昭網羅丁默邨、李士群在上海極斯菲爾路(今萬航渡路)76號建立了直屬日本大本營指揮的特務機關(后劃歸日本在上海的特務機關----“梅”)，9月，汪偽召開偽國民黨6屆1中全會后，該特工組織又劃歸汪偽政府，全稱“中國國民黨中央執行委員會特務委員會特工總部”。汪偽特工總部成立后，不斷分化、策反、偵破淪陷區的軍統特工組織，一些軍統特工人員或受汪偽“和平救國”宣傳所迷惑，或因被捕后意志不堅定等種種原因，投靠汪偽特工總部。如在鋤奸行動中屢立戰功的王天木、陳明楚、陳恭澍等。

特工的鋤奸刺殺行動不同于炮火連天的正面戰場上的拼死搏殺，很多都是面對面進行的，所用的手段也多為近距離槍擊，刀劈、斧剁等，場面血腥(如刺殺傅筱庵，1940年10月12日重慶《大公報》的報道，傅被砍三刀“一在眼部，一在下頦，一在頸部，尤以頸部傷勢最重，頭顱幾將割斷”)，更何況刺殺的對象有的是以前的同事、朋友，行動隊員承受著極大的心理壓力。而玩弄“以華制華”伎倆的日本人卻躲在幕后遙控指揮。淪陷區軍統特工人員紛紛要求在制裁漢奸的同時，誅殺日本人。首先軍統上海區制定了一個方案：以身著軍服的日本人為格殺對象，無論軍階高低，職務大小，無須申報，得手就當場干掉，執行地點以日占區及其勢力范圍之內為限。該方案于1940年上報戴笠并得到批準。

1940年9月底，懲戒日寇行動開始。

素有“九省通衢”美譽的武漢，自1938年10月淪陷以后，因其貫通東西南北優越的交通地理位置，一直是日寇重點控制地區之一。1940年底，軍統武漢區特工根據戴笠指示，把行動重點轉向對日寇的刺殺。武漢區軍統特工充分發揮自身的優勢，在選擇好目標后進行周密的準備計劃。1940年12月16日，行動二隊策劃對駐蔡甸日軍警備隊的襲擊，14日副隊長即派3名行動隊員潛伏在警備隊附近的昶記油坊，16日凌晨，偽裝成商人的隊員李崧蓀及隨行兩名隊員進入蔡甸街口后，將3名強行檢查的日寇哨兵擊斃，隨即會合潛伏隊員向日寇警備隊隊部投擲手榴彈，炸死日寇官兵8名，行動隊員全身而退。16日晚，行動1隊趙云卿率隊員何忠炳、雷玉卿潛入武昌八鋪街日本憲兵隊駐地，待日寇熄燈休息后，向寢室投擲手榴彈，日寇倉皇逃出時，遭到隱蔽于暗處的趙云卿掃射，共擊斃日寇8名，隊員全身撤出。1941年1月21日，漢口花樓街，行動2隊隊員用刀砍死日軍少佐田梅次郎。2月18日，漢口得勝街，該隊殺死3名在隨軍妓院“鶴鳴莊”尋歡作樂的日寇軍官。3月2日，該隊李化民等3人化裝成小販，混入漢口中山路新市場，向正在行進的日軍小隊投彈，斃敵17名。2月25日晚，行動1隊閻英才率5名隊員突襲漢口三星街日寇憲兵隊，斃敵7名。4月16日，該隊在漢陽顯正街擊斃日寇特務機關植樹巖藏中佐。1941年4月19日，該隊打入漢口王家墩機場的隊員王經國掩護隊員李青明進入機場，燒毀油庫一座，炸毀轟炸機2架。

組織遭受嚴重破壞的軍統上海區，自1940年9月到太平洋戰爭爆發前，仍行動50余次，擊斃擊傷日軍60人以上。軍統上海區第3行動大隊第4組組長李亮經過縝密跟蹤偵查，于1941年6月17日由副組長葉東山率李德昌、周振芳、俞森林、楊景文將公共租界警務處副總監赤木親之擊斃于愚園路。在日本軍人經常出入的場所，上海軍統特工進行了多次爆炸活動。

1939年8月11日，軍統廣州站發展了在駐廣州白云山日軍海軍陸戰隊第115聯隊近田部隊作廚役的李昌德，將準備好的毒藥摻入飯菜，使日寇官兵數十人中毒，19人斃命，李昌德還趁亂將硝酸倒入機槍槍管，隨后逃出敵營。1941年9月17日，軍統廣州站為紀念9.18事變10周年，在多個地點，對日寇軍事機關和偽組織機關進行爆破，撤離至海珠中路時，第3組組長江志強路遇日本憲兵隊，當日寇走近身邊時，江志強將剩余炸彈引爆，與5名日本憲兵同歸于盡。

開封淪陷后，潛伏的軍統特工根據戴笠的指示，于1940年5月7日，河南站行動1組與打入日寇內部的特工李憲斌里應外合，襲擊位于開封山貨店街的日本特務機關，擊斃日特機關長及川貞作、山本午、開封日本憲兵隊分隊長上村四郎，擊傷日本陸軍特務機關長萬田。12月19日，行動組在開封社下基79號，擊斃主持日本特務機關的日軍多田部隊參謀長兼偽河南綏署總顧問、陸軍大佐皆川雅雄。

1940年11月，軍統北平區行動組組長麻克，擊斃日本“興亞院”派遣到北平視察的特使高月保中佐、乘兼悅郎中佐。后麻克因房東出賣，被捕犧牲。

淪陷區軍統特工格殺日寇的行動，雖然沒有正面戰場那種轟轟烈烈，但他們在嚴酷的斗爭環境里，滿懷對中華民族的熱愛，對日本侵略者的仇恨，不顧個人安危，奮勇殺敵，他們用自己的勇氣和鮮血，書寫了中華民族抗戰史上光輝燦爛的一頁。