1916年3月，宋慶齡和孫中山自日本返回上海。自此以后將近10年中，孫中山繼續(xù)領(lǐng)導(dǎo)革命，其間數(shù)度蟄居上海，著書立說，或開赴廣州，主持政務(wù)，夫婦常在一起。宋慶齡與孫中山在一起工作，她“輝煌的頭腦，充實了她丈夫的頭腦，完全了他更偉大的人格。”當(dāng)他們回國后，孫中山南下廣州任大元帥，領(lǐng)導(dǎo)第一次護(hù)法運動。由于受到軍閥和政客的排擠，憤而辭去大元帥職務(wù)。這時孫中山困居上海，一籌莫展，極度苦悶，好似陷入絕望境地。宋慶齡對孫中山在生活上悉心照料，在精神上鼓勵孫中山振作起來。

宋慶齡深知孫中山愛好讀書，隨時幫助他收集有價值的書和報刊雜志，協(xié)助孫中山查閱資料，著書立說。從1918—1919年間，孫中山閉門謝客，撰寫文稿，決心改變現(xiàn)狀。這期間的著作，都包含著宋慶齡的心血。她還幫助孫中山起草許多電函稿，作英文翻譯，勤勤懇懇地盡到秘書的職責(zé)。她還加緊學(xué)習(xí)德文、俄文，為和蘇聯(lián)聯(lián)系做準(zhǔn)備。孫中山和宋慶齡對列寧十分欽佩。這期間，宋慶齡多次幫助孫中山與蘇聯(lián)聯(lián)系。1918年，孫中山與列寧開始往來電函。1922年，列寧和孫中山之間第一次建立了直接聯(lián)系。宋慶齡說：“在通信往來當(dāng)中，這兩位偉大的革命戰(zhàn)士在爭取人類自由和進(jìn)步的斗爭中攜起了手來。”

歷史事實證明，孫中山和宋慶齡結(jié)合在一起，的確“能夠成就他們分居時所不能成就的事業(yè)”。1920年11月25日，宋慶齡隨同孫中山離開上海重返廣州，恢復(fù)軍政府工作。二人臨時住在新亞酒店，后移至粵秀樓。1921年4月，孫中山在廣州召開非常會議，決定成立中華民國正式政府，總統(tǒng)府設(shè)在越秀山南麓。1921年5月5日孫中山就任臨時大總統(tǒng)。10月24日，孫中山抵達(dá)桂林，計劃集師北伐，宋慶齡在后面積極配合孫中山的軍事行動，發(fā)動婦女組織“出征軍人慰勞會”。同時，宋慶齡動員各界人士，募集到巨額慰問經(jīng)費，組織慰勞隊到前線慰問出征的戰(zhàn)士，隨后由人護(hù)送到桂林。

在桂林，孫中山和宋慶齡會見了列寧派來的代表馬林。正在北伐軍順利進(jìn)軍的時候，孫中山親自培植起來的部屬陳炯明在后方密謀反叛。1922年5月18日其部將率重兵乘虛潛入廣州，廣州氣氛非常緊張，粵秀樓近處駐滿陳炯明部隊。為扭轉(zhuǎn)局勢，宋慶齡與孫中山不得不迅速趕回廣州，了解到陳部確有謀反跡象。6月12日，孫中山在廣州舉行記者招待會，希望陳炯明所部退回東江原防。然陳叛跡日著，數(shù)名要員、華僑被殺，事態(tài)十分嚴(yán)重。 15日晚，陳炯明部隊已經(jīng)開始包圍總統(tǒng)府。孫中山得知陳叛變的確切消息時，十分傷心，“悲憤得欲以身殉職”。

6月16日凌晨兩點，孫中山得到秘密報告，陳炯明部隊將攻擊粵秀樓，情勢危急。宋慶齡正在酣夢中，忽被孫中山叫醒，要她隨他一塊撤離險地。宋慶齡顧全大局，臨危不懼，認(rèn)為若同孫中山一同行動，易被判軍發(fā)現(xiàn)。因此，堅持留下來掩護(hù)孫中山秘密撤離，并深情地看著孫中山說：“中國可以沒有我，不可沒有你！”衛(wèi)士們都勸宋慶齡趕緊撤離，但阻擋不住她的決心。孫中山不得已才答應(yīng)先行。但是令50名衛(wèi)隊全留守府中，自己只身逃出。孫中山兩次避過叛軍耳目，終于到達(dá)黃埔永豐艦上，按事先約定，鳴炮三響，以示安全抵達(dá)永豐艦。震撼夜空的三聲炮響傳到粵秀樓，宋慶齡和衛(wèi)隊人員才松了一口氣。

在孫中山走后半小時，忽然炮聲四起，叛軍開始向粵秀樓發(fā)起進(jìn)攻。叛軍占據(jù)山地，居高臨下，左右夾擊，還瘋狂地喊著：“打死孫文！打死孫文！”由于四周漆黑，看不到敵兵，小衛(wèi)隊暫未還擊。黎明時，衛(wèi)隊開始用來福槍和機(jī)關(guān)槍與叛軍對射。奮勇抗擊，擊退叛軍三十余次的進(jìn)攻。叛軍又用炮猛轟粵秀樓，洗澡房被炮彈擊毀。但衛(wèi)隊仍英勇作戰(zhàn)，毫不畏懼。8時許，子彈快打完了。由于孫中山已安抵永豐艦，此時留在山上也沒有意義了，宋慶齡決定下山。于是兩名衛(wèi)士和姚隊長他們四人，循著天橋往前爬行。流彈在空中飛鳴，有一二回正從宋慶齡的鬢部穿過。當(dāng)他們剛剛穿過天橋，天橋就被叛軍炸塌。姚隊長中彈倒下。兩位衛(wèi)士把他抬入總統(tǒng)府后院進(jìn)行包扎。當(dāng)他們來到總統(tǒng)府時，周圍盡是炮火，宋慶齡剛走出總統(tǒng)府房間，房屋頂就被炸塌。自晨8時到下午4時，宋慶齡他們無異藏身于炮火連天的地獄里。

下午4時，廣州衛(wèi)戍區(qū)司令魏邦平派副官到總統(tǒng)府來講條件。衛(wèi)兵提出的條件第一就是保證宋慶齡的安全，但那個副官說他不能擔(dān)保宋慶齡的安全。這時，兩層鐵門被打開，叛軍一哄而入。在一片混亂中，宋慶齡沖出大門，并急中生智，把手中包裹里的東西撒在地上。她利用叛軍們搶錢物之機(jī)從人群中逃出。宋慶齡此時身懷有孕，行動不便。逃出大門后，宋慶齡憑著機(jī)智勇敢，多次躲過叛軍，艱難地走到沙面一位友人處休息，后又乘電船到達(dá)嶺南大學(xué)(中山大學(xué)校址)校長鐘榮光家里。由于過度緊張和勞累，宋慶齡在鐘榮光家里流了產(chǎn)，這是“一生惟一的一次妊娠”。

以后，宋慶齡安全轉(zhuǎn)到黃埔島，登上永豐艦。宋慶齡后來說“我終于在艦上見到了孫中山，真如死別重逢。”經(jīng)過這次驚心動魄的槍林彈雨的洗禮，宋慶齡的革命意志更加緊強(qiáng)，所以后來她身陷逆境時，總是臨危不懼，威武不屈。宋慶齡在這件事中表現(xiàn)出的臨難應(yīng)變和大義凜然及幾年來輔助孫中山南征北戰(zhàn)的功績，受到了革命黨人及廣大官兵的衷心愛戴，國民黨中一些原來對宋慶齡與孫中山結(jié)婚不滿的黨員，也開始對宋慶齡刮目相看。

陳炯明叛變，宋慶齡廣州蒙難，因驚恐疲憊交迫而導(dǎo)致流產(chǎn)，以至于終身未生，這對于一個女性來說，不但在健康方面受到嚴(yán)重的損害，精神上所蒙受的創(chuàng)痛，尤為嚴(yán)重。但宋慶齡畢竟是一代偉人，她具有博大的胸懷和真誠的愛心。在以后的革命生涯中，她心中裝著成千上萬的兒童，長期致力于婦女兒童福利事業(yè)，疼愛孩子，為全中國的兒童獻(xiàn)出了她那博大的母愛。蔣介石次子蔣緯國辭世之后，他生前對哥哥蔣經(jīng)國身世的質(zhì)疑隨即引爆，引起軒然大波。不過，已開放的蔣介石日記記載，蔣夫人宋美齡婚后曾經(jīng)懷孕卻小產(chǎn)，等于間接證實蔣緯國養(yǎng)母姚治誠所言“蔣介石已無生育能力”的說法是不確的。

據(jù)臺灣《聯(lián)合報》報道，蔣緯國是戴季陶之子，卻由蔣介石養(yǎng)大且視為親生。他自覺一生受到哥哥的壓制，內(nèi)心里有一事不吐不快，是養(yǎng)育她的姚治誠曾告訴他，“父親”在幼年時陰囊曾不小心被暖爐燙傷，母親王太夫人為他抹豬油療傷，卻因此在雪地里被狗咬了，以致沒有生育能力;因此，蔣經(jīng)國不是蔣介石的親生兒子。但蔣介石日記里記載，一九二七年十二月他與宋美齡結(jié)婚后，一九二八年宋美齡懷孕，他極為欣喜;然而卻意外因刺客行刺而流產(chǎn)。美國斯坦福大學(xué)研究員郭岱君說，日記記載那年八月，一個星期內(nèi)有人兩度買通蔣介石住處樓下的衛(wèi)兵上樓行刺，第一次是二十四日午夜，刺客買通衛(wèi)兵后走到樓下卻驚醒了宋美齡，蔣在二十五日的日記記載“妻病小產(chǎn)”;二十七日深夜換成兩名被買通的衛(wèi)兵侵入臥室準(zhǔn)備開槍行刺，卻因蔣一個翻身而驚走。蔣事后查明主謀者為誰，以后宋美齡也就未再生育。

日記上對宋美齡小產(chǎn)的記載，不僅證實姚治誠對蔣緯國所言不確，也破解了以英文撰寫的《陳潔如回憶錄》所稱，蔣介石為何無法生育是因他年輕時罹患梅毒，因此造成不育的說法。日記里顯示，蔣介石年輕時曾有段與情欲掙扎的歲月。不過，代表蔣家預(yù)讀日記的美國斯坦福大學(xué)胡佛研究院客座研究員潘邦正說：“他和蔣夫人結(jié)婚后，整個人就改變了，成為非常虔誠的基督徒。”

潘邦正也指出，蔣經(jīng)國年輕時到蘇聯(lián)留學(xué)被留置十二年，這段期間在日記可看出蔣介石非常喜歡緯國，但以后蔣夫人要求蔣介石解釋蔣緯國的身世時，蔣卻基于對戴的義氣而不答，蔣夫人憤而滯港不歸。