三藩之亂后，僅在臺灣、澎湖還有殘存的反清勢力，即為依舊奉明朝正朔的鄭氏政權。此時鄭成功之子鄭經承襲延平郡王的爵位，他積極參與三藩之亂，曾一度占領福建、廣東的一些地區，失敗后退守臺灣、澎湖，并丟失了根據地金門、廈門。

清朝曾與鄭經進行過9次和談，但均未成功。鄭經的首要目標是保持臺灣的獨立地位，因此他不斷宣稱臺灣不是中國領土，但他又面臨著清朝嚴重的軍事威脅，因此做出妥協，欲向清朝臣服，但要依據清朝的藩屬國朝鮮的例子，不剃發，不登岸，不易衣冠，仍由鄭氏世代統治臺灣。在康熙六年(1667年)的和談中，鄭經聲稱臺灣“非屬(中國)版圖之中”;在康熙八年(1669年)的和談中，鄭經又強調臺灣“于版圖疆域之外，別立乾坤”，又說臺灣“遠在海外，與版圖渺不相涉”。康熙帝曾一度做出重大讓步，允許鄭氏封藩，世守臺灣。鄭經卻仍然強調：“茍能照朝鮮事例，不削發，稱臣納貢，尊事大之意，則可矣”，這一點觸及了康熙帝的底線，他答復：“若鄭經留戀臺灣，不思拋棄，亦可任從其便。至于比朝鮮不剃發，愿進貢投誠之說，不便允從。朝鮮系從未所有之外國，鄭經乃中國之人”，談判因此最終破裂。

臺灣鄭氏集團的存在令清政府如芒刺在背，在一時無法消滅鄭氏的情況下，清朝實行了長達幾十年的禁海令。順治十三年(1656年)六月，順治帝敕諭浙江、福建、廣東、江南、山東、天津地方官：“海逆鄭成功等竄伏海隅，至今尚未剿滅，必有奸人暗通線索，貪圖厚利，貿易往來，資以糧物。若不立法嚴禁，海氛何由廓清？自今以后，各該督撫鎮，著申飭沿海一帶文武各官，嚴禁商民船只私自出海，有將一切糧食貨物等項與逆賊貿易者，或地方官察出，或被人告發，即將貿易之人，不論官民，俱行奏聞正法，貨物入官，本犯家產盡給告發之人”，此即清朝的“禁海令”，目的是為了封鎖鄭成功集團，而不是為了斷絕中外貿易。禁海令實行五年后，效果并不明顯，鄭成功集團仍然可以從沿海地區獲得各種物資，于是清政府采納了原鄭成功的部下、降將黃梧的建議，實行了更為嚴厲的“遷海令”，將江蘇、浙江、福建、廣東、山東、直隸(今河北)六省的沿海居民遷離海邊30至50里，“寸板不許入海”，界外房屋村舍一律拆毀焚燒，制造出寬達幾十里的無人區作為隔離帶，“至是上自遼東下至廣東皆遷徙，筑短墻，立界碑，撥兵戍守，出界者死”。“禁海令”與“遷海令”給沿海居民帶來了深重的災難，背井離鄉，家庭破產，原來繁榮的沿海地區變成了無人區，經濟損失更是難以估量，沿海的漁業、鹽業、海運貿易等完全廢棄。對清朝來說，臺灣問題一天不解決，海禁一天不能開放，沿海地區一天不能恢復，太平盛世無從談起。

康熙二十年，平定三藩之亂后，清朝政權終于統一、穩定，解決臺灣才有可能，而正在此時，臺灣鄭氏集團發生了嚴重的內訌。鄭經去世，鄭氏集團的實力派人物馮錫范、劉國軒聯合發動政變，殺死掌握軍政大權鄭經的長子鄭克臧，而立他年僅12歲的弟弟鄭克爽，實際權力掌握到了馮、劉二人手中，他們借機迫害異己勢力，鄭氏集團內部矛盾激化，人心渙散。在和談過程中，清朝并沒有放松招降，再加上經濟封鎖，鄭經的部下紛紛投降清朝，前后達20多萬人，嚴重削弱了鄭氏集團的實力。

在平定三藩過程中，清朝恢復福建水師建制，并訓練成了一支勁旅。康熙十九年，福建水師與陸軍聯合夾擊，將東南沿海地區的鄭氏集團軍隊全部驅逐。福建水師在收復東南沿海地區的作戰中顯示出來的實力和作用，增強了清朝統治者實施海上軍事行動和武力統一臺灣的信心。此后，清政府改變了以往放棄沿海、守衛內陸的消極防御方針，將水師部隊分別部署在金門、廈門、銅山、海壇(今福建龍海縣)，隨時準備對臺灣鄭氏集團采取軍事行動。