臺(tái)灣城是荷蘭殖民者在臺(tái)灣的統(tǒng)治中心，城堡堅(jiān)固，防御設(shè)施完整。城周長(zhǎng)200多丈，高3丈多，分3層，下層深入地下1丈多，“城垣用糖水調(diào)灰壘磚，堅(jiān)于石”。城四隅向外突出，置炮數(shù)十尊。荷軍炮火密集，射程遠(yuǎn)，封鎖了周?chē)織l通道。城內(nèi)荷軍尚有870人，憑借城堡繼續(xù)頑抗。但是赤嵌城被鄭軍占領(lǐng)之后，臺(tái)灣城已是一座孤城，城內(nèi)缺糧、缺水，荷軍處境十分困難;加之當(dāng)時(shí)南信風(fēng)季節(jié)剛剛開(kāi)始，要等待6個(gè)月進(jìn)入北信風(fēng)季節(jié)后，才能將臺(tái)灣的有關(guān)情況告知巴達(dá)維亞，然后再等6個(gè)月才能利用下一次南信風(fēng)季節(jié)取得巴達(dá)維亞的援助，防守更加困難。

鄭成功迫降赤嵌城后，為了牽制臺(tái)灣城荷軍，即派兵前往七鯤(魚(yú)+身)設(shè)伏。荷軍行至七鯤(魚(yú)+身)時(shí)，還沒(méi)來(lái)得及列陣對(duì)壘，即被鄭軍埋伏的藤牌軍沖垮，死傷過(guò)半，其余士卒狼狽退回臺(tái)灣城。鄭成功命令士兵立柵欄、設(shè)炮臺(tái)，加強(qiáng)對(duì)七鯤(魚(yú)+身)的防守，同時(shí)令楊英、何廷斌以粟6000石、糖3000石補(bǔ)給軍隊(duì)。

自四月初以來(lái)，雙方一直進(jìn)行著零星戰(zhàn)斗。鄭成功一方面積極準(zhǔn)備攻城，一方面于四月十二日和二十二日，兩次寫(xiě)信給揆一，令其投降。又調(diào)集28門(mén)大炮，于二十四日凌晨摧毀了臺(tái)灣城大部分胸墻。荷軍于城上集中槍炮還擊，并出城搶奪鄭軍大炮，被鄭軍弓箭手擊退。

鄭成功鑒于臺(tái)灣城城池堅(jiān)固，強(qiáng)攻一時(shí)難以得手，為了減少傷亡，進(jìn)一步做好準(zhǔn)備，決定采既“圍困俟其自降”的方針。他一方面派遣提督馬信率兵扎營(yíng)臺(tái)灣街圍困荷軍，一方面把各鎮(zhèn)兵力分駐各地屯墾。同時(shí)，鄭成功還到高山族人民聚居的四大社(新港、目加溜灣.肖垅、麻豆，均在今臺(tái)南縣)進(jìn)行巡視，受到當(dāng)?shù)厝嗣竦臒崃覛g迎。

五月二日，鄭軍第二梯隊(duì)6000人在黃安等將領(lǐng)的率領(lǐng)下，乘船20艘抵達(dá)臺(tái)灣。鄭軍的兵力得到加強(qiáng)，供給得到補(bǔ)充后，從五月五日開(kāi)始，在所有通向城堡的街道上都筑起防柵，并挖了一條很寬的壕溝，圍困荷軍。鄭成功又三次寫(xiě)信勸揆一投降。揆一仍幻想巴達(dá)維亞會(huì)派兵增援，拒絕投降。

五月二十八日，荷蘭殖民當(dāng)局得到荷軍在赤嵌城戰(zhàn)敗和臺(tái)灣城被圍的消息后，匆忙拼湊了700名士兵、10艘軍艦，由雅科布·考烏率領(lǐng)，經(jīng)過(guò)38天航行，于七月十八日到達(dá)臺(tái)灣海面。他們見(jiàn)鄭軍戰(zhàn)船陣容雄壯，躊躇不前，加之風(fēng)浪很大，在海上停留了將近一個(gè)月之后，才有5艘戰(zhàn)船在臺(tái)灣城附近海面碇泊。其中“厄克”號(hào)觸礁沉沒(méi)，船上士兵被鄭軍俘虜。鄭成功從俘虜口中得知荷蘭援軍兵力情況后，加緊進(jìn)行圍城和打援部署。

七月二十一日，駐臺(tái)灣荷軍當(dāng)局決定：用增援的艦船和士兵，把鄭軍逐出臺(tái)灣城市區(qū)，并擊毀停泊在赤嵌城附近航道上的鄭軍船只，以擺脫被圍困境。荷軍分水、陸兩路向鄭軍發(fā)起進(jìn)攻。海上，荷艦企圖迂回鄭軍側(cè)后，焚燒船只，反被鄭軍包圍。鄭水軍隱蔽岸邊，當(dāng)敵艦闖入埋伏圈后，立即萬(wàn)炮齊發(fā)。經(jīng)過(guò)一小時(shí)激戰(zhàn)，擊毀荷艦兩艘，俘獲小艇三艘，使荷蘭援軍損失了一個(gè)艇長(zhǎng)，一個(gè)尉官，一個(gè)護(hù)旗軍曹和128名士兵，另有一些人負(fù)傷。荷軍其余艦船逃往巴達(dá)維亞。陸上，荷軍的進(jìn)攻同樣遭到失敗。此后，荷軍再也不敢輕易與鄭軍交戰(zhàn)。

臺(tái)灣城的荷軍被圍數(shù)月，軍糧得不到補(bǔ)給，因而士氣低落，不愿再戰(zhàn)。十月，揆一為了挽救行將滅亡的命運(yùn)，企圖與清軍勾結(jié)，夾擊鄭成功軍。揆一的使者到福建后，清軍要求荷蘭人先派戰(zhàn)艦幫助他們攻打廈門(mén)，然后再解荷軍之圍，揆一無(wú)可奈何，只好派雅科布·考烏率領(lǐng)漂泊在海上的3艘戰(zhàn)艦、2只小艇前去攻襲廈門(mén)。考烏心存畏懼，中途轉(zhuǎn)舵駛往暹羅(今泰國(guó))，以后又逃回巴達(dá)維亞。于是，荷軍勾結(jié)清軍夾擊鄭軍的企圖完全落空了，士氣更加低落，不少士兵力求活命，陸續(xù)向鄭軍投降。

鄭成功從俘虜中了解到荷軍的上述情況后，決定把對(duì)荷軍的封鎖戰(zhàn)術(shù)轉(zhuǎn)為進(jìn)攻，在對(duì)方從巴達(dá)維亞和中國(guó)大陸獲得救兵之前，向熱蘭遮城堡的荷軍發(fā)起猛烈攻擊。為此，鄭軍增建了三座炮臺(tái)，挖了許多壕溝，以遏制荷軍的炮臺(tái)。

1662年農(nóng)歷一月二十五日清晨，鄭成功下令炮轟烏特利支圓堡。在兩個(gè)小時(shí)內(nèi)，鄭軍發(fā)射炮彈2500發(fā)，在該堡南部打開(kāi)了一個(gè)缺口，當(dāng)天即占領(lǐng)了該堡。鄭軍居高臨下，立即利用此堡改建炮臺(tái)，向臺(tái)灣城猛烈轟擊。荷軍團(tuán)守孤城，岌岌可危，揆一在城上督戰(zhàn)，看到城防已被突破，手足無(wú)措。在這種情況下，鄭成功派通事李仲入城勸降。李仲對(duì)揆一說(shuō)：“此地非爾所有，乃前太師練兵之所。今藩主前來(lái)，是復(fù)其故土。此處離爾國(guó)遙遠(yuǎn)，安能久乎？藩主動(dòng)柔遠(yuǎn)之念，不忍加害，開(kāi)爾一面：凡倉(cāng)庫(kù)不許擅用;其余爾等珍寶珠銀私積，悉聽(tīng)載歸。如若執(zhí)迷不悟，明日環(huán)山海，悉有油薪磺柴積壘齊攻。船毀城破，悔之莫及。”荷蘭殖民評(píng)議會(huì)召開(kāi)緊急會(huì)議，討論形勢(shì)及對(duì)策。臺(tái)灣城被圍已近9個(gè)月，荷軍死傷1600余人，能參加戰(zhàn)斗的士兵僅剩600百余人，且已彈盡糧絕，疾疫流行，形勢(shì)已完全絕望。評(píng)議會(huì)認(rèn)為：“如果繼續(xù)戰(zhàn)斗下去，可怕的命運(yùn)將降臨到每一個(gè)人頭上，而這樣堅(jiān)持，對(duì)公司也沒(méi)有什么好處。”揆一走投無(wú)路，只得同意由評(píng)議會(huì)出面同鄭成功談判。經(jīng)過(guò)會(huì)談，揆一“愿罷兵約降，請(qǐng)乞歸國(guó)”。

1662年2月6日(順治十八年十二月十八日，即南明永歷十五年)，荷蘭駐臺(tái)灣長(zhǎng)官揆一簽字投降。荷軍交出了所有城堡、武器、物資，包括傷病員在內(nèi)的約900名荷蘭軍民，最后由揆一率領(lǐng)，乘船撤離臺(tái)灣。

至此，荷蘭侵略者在臺(tái)灣38年的殖民統(tǒng)治宣告結(jié)束，寶島臺(tái)灣又回到祖國(guó)的懷抱。

東印度公司離臺(tái)

1662年2月1日(永歷十五年十二月十三日)，揆一在投降協(xié)議書(shū)上簽字。

條約重點(diǎn)為：

雙方停止一切敵對(duì)行動(dòng)，并忘記仇恨。 荷方將城堡、大炮、軍用物資、商品和現(xiàn)金交給國(guó)姓爺。 荷蘭人可攜帶一切返回巴達(dá)維亞必須使用的食物、工具等物品。 荷蘭士兵得以揚(yáng)旗、鳴炮、荷槍、擊鼓、列隊(duì)上船。 國(guó)姓爺應(yīng)釋放所有荷蘭俘虜。 東印度公司應(yīng)釋放所有中國(guó)人俘虜。 2月9日(永歷十五年十二月二十一日)，2000名荷蘭人登上8艘荷蘭船艦，等候出航。《熱蘭遮城日志》記錄至這一天為止。

1662年2月17日，揆一率領(lǐng)盧斯杜南號(hào)、唐堡號(hào)、安克文號(hào)、梅頓號(hào)、泰伯特號(hào)、納爾登號(hào)、白鷺號(hào)和羅南號(hào)啟程，結(jié)束了荷蘭在臺(tái)灣38年的統(tǒng)治。[10]