陳永華父名陳鼎。陳鼎明朝天啟七年1627中舉人;1644年中進士。甲申之變后回鄉躬耕，永歷二年(1648)，鄭成功攻克同安，授陳鼎為教諭。西元1634年(崇禎七年)，陳永華出生。后來，清軍攻陷同安，陳鼎在明倫堂自縊。當時陳永華十五六歲，為博士弟子員。清軍入城后，陳永華出逃。當時鄭成功占據廈門，圖謀恢復明朝江山，于是延攬天下士子。兵部侍郎王忠孝推薦陳永華，鄭成功與他談論時事，后并且高興地說：“復甫，你是當今的臥龍先生。”后授予參軍，并以賓禮相待。但據考證，陳永華此人平時不善言談，只有在部分政見等政治方面的談論才能發揮。

永歷十二年(1658年)，鄭成功與諸將討論北征之事，很多人都認為不行，只有陳永華力排眾議，認為可行。鄭成功很高興，于是派他留守廈門，并輔佐世子鄭經。鄭成功對鄭經說：“陳先生是當今名士，我留下他輔佐你，你應當以老師之禮待他。”1662年，鄭成功攻克臺灣，授予咨議參軍。1662年5月，鄭成功病死臺灣，其子鄭經繼位。鄭經很是倚重他，軍國大事必詢問他。

永歷十八年(1664年)，金門、廈門丟失，陳永華隨鄭經回到臺灣。第二年，晉升勇衛，并加監軍御史之職。1665年，陳永華向鄭經提出了“建圣廟，立學校”的建議，認為這刻不容緩。但是，鄭經的回答卻是“荒服新創，不但地方局促，而且人民稀少，姑暫待之將來”，認為此事為之過早。陳永華引經據典，力陳教育之重要。他認為，臺灣沃野千里，遠濱海外，民風淳樸，如果可以舉薦有才能的人來輔佐政事，，經過一段時間的教養生息，便可以趕上中原地區。所以，應當擇地建立圣廟，設立學校“以收人才，庶國有賢士，邦本自固，而世運日昌矣”。鄭經被說服，同意設立學校，發展臺灣文教事業，并授命陳永華負責有關事宜。

陳永華于是創建了一套自上而下較為完整的教育體系：全臺設立“國子監”，作為臺灣最高學府，各府、州、縣分別設立“府學”、“州學”、“縣學”。此外，還要求高山族同胞居住區的各社也要設立“小學”，由此方便高山族子弟入學受教育。同時，為了減輕高山族同胞的負擔，陳永華鼓勵他們送子入學，特地規定，凡是高山族子弟“就鄉塾讀書者，蠲其徭役”。把教育與選拔人才相結合，而且大力推行大陸的科舉制度。在此之外，規定臺灣境內兒童必須“八歲入小學，課以經史文章”。他還推行三年兩試，“照科、歲例開試儒童以提高教育水平。他還推行了舉薦人才的制度，州試有名送府，府試有名送院，院試取中，便可以準充入太學，仍按月月課。然后，三年取中試者，補六官內都事，擢用升轉”，成為官員。

不久之后，陳永華在承天府寧南坊擇地開始建造圣廟學院。1666年 春正月，圣廟建成，旁建明倫堂。三月，又建學院，陳永華親任主持，聘請禮官葉亨為國子助教。由于在學校初建，中原文化。永歷二十年，他又主持修建了臺灣第一所孔廟，大力發展教育事業。永歷二十八年，由于發生了三藩事件，清廷因為無暇東進，鄭經會師伐清，克臧監國，永華以東寧總制使留守臺灣輔佐。幾年之后，清廷處理完內陸叛亂之后，開始著手處理臺灣事務，加之鄭經在軍事上不利，從大陸撤退，陳永華自慚護駕西征無效，十分心憂，終加上感染流行病，不久即病逝，與夫人合葬天興州赤山堡大潭山，即今臺南縣柳營陳永華鄉果毅后，后來清朝把他的骸骨遷葬回泉州，現存的僅是空冢。在他死后，臺灣鄭氏朝廷給他謚號“文正”。