就在明朝復(fù)興形勢一片大好之際，南明朝廷的內(nèi)訌又開始了。鄭彩想架空朱以海，進(jìn)而取得實(shí)際大權(quán)。順治五年(1648年)，鄭彩無緣無故擊殺大學(xué)士熊汝霖，義興侯鄭遵謙十分不滿，鄭彩又命人逼迫鄭遵謙投海而死。朱以海得知后大怒，指責(zé)鄭彩說：“殺忠臣以斷股肱，我活著還有什么用？”說罷就要跳河，左右侍臣和鄭彩趕忙勸阻，最終殺了鄭彩手下十余人了事。

接著，不甘心成為傀儡的朱以海任命兵部尚書錢肅樂接任大學(xué)士，負(fù)責(zé)朝政票擬，不料，鄭彩多次欺壓錢肅樂，導(dǎo)致錢肅樂嘔血而亡。清朝派精銳滿洲軍南下福建，配合浙閩總督陳錦轄下的漢軍反攻。此時(shí)，鄭彩的排斥異己使魯監(jiān)國軍隊(duì)?wèi)?zhàn)斗力大減，在泉州和漳州一帶活動的鄭成功也以尊奉死去的朱聿鍵為名，拒絕接受朱以海號令。這種情況下，先前攻取的福建建寧、福安、羅源、寧德、政安和浙江景寧、慶元、云和、松陽等州縣又被清軍奪去。

順治六年(1649年)正月，朱以海只好移駐福建和浙江兩省交界的沙埕，幾個(gè)月后，張名振攻取健跳所，將朱以海迎到健跳所居住。這段時(shí)間，權(quán)臣鄭彩同鄭成功發(fā)生火并，被鄭成功擊敗，不得已上表求救，朱以海對他斷送大明中興的大好機(jī)會極為痛恨，乘機(jī)收編鄭彩余部。

立足舟山“隆中對”中的第一步收復(fù)福建未能成功，張名振修改了計(jì)劃，他建議朱以海收取被黃斌卿割據(jù)的舟山群島，再連結(jié)日本、朝鮮等國，漸圖恢復(fù)。此刻，朱以海駐蹕于健跳所，健跳所只是浙江臨海縣一個(gè)瀕海的小地方，難以立足，朱以海和他的大臣們實(shí)際上經(jīng)常住在船上，以防清軍來襲。順治六年(1649年)九月，張名振派兵襲殺黃斌卿，管了黃斌卿軍。朱以海到達(dá)舟山后，下令禮葬黃斌卿，恩養(yǎng)他的家屬，對黃斌卿舊部加以安撫，并且給予賞賜。舟山群島局勢得到穩(wěn)定，朱以海奮戰(zhàn)數(shù)年，終于有了一個(gè)復(fù)興基地。

在舟山站穩(wěn)腳跟后，朱以海重新整頓朝綱，他派遣使者敦請?jiān)∥涑舨可袝鴱埧咸贸錾綋?dān)任大學(xué)士，又對各級官員進(jìn)行了合理調(diào)配朱以海在戰(zhàn)略上轉(zhuǎn)變?yōu)榻?jīng)略浙江，同寧波府四明山寨的王翊、王江、馮京第等義師遙相呼應(yīng)，預(yù)想清軍一旦勢弱，就反攻大陸。此外，他還一度遣使前往日本尋求援助。

寓居金門順治八年(1651年)八月，清朝總督陳錦等率兵攻舟山。九月初二城陷，朱以海又在張名振、張煌言陪同下，赴廈門依靠鄭成功。鄭成功原為隆武政權(quán)的堅(jiān)決支持者，不滿朱以海大敵當(dāng)前還與隆武帝自相殘殺，削弱了抗清的力量，但念朱以海是明朝宗室，還是以禮相待，安排他居住于金門。順治九年(1652年)，由于鄭成功與朱以海之間有所沖突，朱以海便自去監(jiān)國稱號，由舊臣王忠孝、沈佺期等人照顧;之間朱以海一度移居南澳，不久又回金門。順治十八年(1661年)，朱由榔在云南遇害后，張煌言一度上書朱以海，要求朱以海“爭取閩海勛鎮(zhèn)，速正大號，以求正統(tǒng)”，但是由于鄭成功與鄭經(jīng)的不支持而未成。鄭成功死后，朱以海一度無人供奉。康熙元年(1662年)十一月十三日，朱以海在金門被活活餓死，結(jié)束了他坎坷的一生。康熙六十年(1721年)，臺灣人朱一貴托稱為朱以海裔孫，起兵反清，建元永和，追封魯王謚號侍天制道恭和襄定獻(xiàn)文敬武明德肅仁成皇帝，廟號義宗。