王莽的主力已經(jīng)給消滅了，主要的地盤只剩下長(zhǎng)安和洛陽(yáng)兩個(gè)大城。弘農(nóng)(在今河南)郡長(zhǎng)官王憲干脆投降了漢軍，不少豪強(qiáng)大族也跟著王憲去打長(zhǎng)安。他們?cè)诔抢锍峭獾教幏呕稹Ｍ趺Т┲Y服，拿著一把短刀，坐在前殿，死守著六十萬(wàn)斤黃金和別的珍寶。

第二天，火燒到前殿來(lái)了。大臣們扶著王莽躲到太液池里的漸臺(tái)。太陽(yáng)下山時(shí)，起義軍打進(jìn)了漸臺(tái)，把王莽殺了。王憲找到了玉璽，穿上王莽穿過的龍袍，戴上王莽戴過的冠冕，做起皇帝來(lái)了。

劉玄派來(lái)的人收了玉璽，把王憲拿來(lái)辦罪。劉玄最不放心的是劉秀。他先想個(gè)法子叫他帶人到洛陽(yáng)去修宮殿，以備遷都;后來(lái)又支使他以大司馬的身份代表劉玄去安撫河北的各路人馬。劉秀到了河北，那里的算命先生王郎自封皇帝，被劉秀滅了。劉秀在河北吃了很多苦，有時(shí)連一口飯都吃不上。他聯(lián)合反王郎的武裝，又打敗了另一支銅馬起義軍，把自己的軍隊(duì)擴(kuò)充到幾十萬(wàn)人。

這時(shí)，全國(guó)各地起義軍和豪強(qiáng)武裝自封皇帝的不少。其中，最主要的皇帝有：漢軍的劉玄;赤眉軍的領(lǐng)袖樊崇立漢宗室的一個(gè)十五歲的放牛娃劉盆子為帝;還有在成都的公孫述。劉秀有兩個(gè)心腹;一個(gè)叫馮異，原是王莽手下的一名將軍，后歸附了劉秀，他在行軍休息時(shí)總是一個(gè)人坐在大樹下，所以人稱“大樹將軍”;另一個(gè)是劉秀念太學(xué)時(shí)的同學(xué)鄧禹。這兩個(gè)人都叫劉秀自立為皇帝，統(tǒng)一天下。于是，公元25年，三十一歲的劉秀登基了，就是東漢的漢光武皇帝。

漢光武派“大樹將軍”馮異去打洛陽(yáng)的漢軍;另分三萬(wàn)人馬給鄧禹去打赤眉軍。可是鄧禹帶了三萬(wàn)人馬卻不去打長(zhǎng)安。他先打上郡等三個(gè)郡，去弄牲口、糧草;讓長(zhǎng)安的劉玄和赤眉火拼后，再去消滅這兩支起義軍。劉秀平定了燕、趙就回過頭來(lái)攻打洛陽(yáng)。他打了幾個(gè)月也沒有攻下。

這時(shí)，赤眉軍打著漢天子劉盆子的旗號(hào)，來(lái)征伐劉玄，打進(jìn)了長(zhǎng)安城。劉玄帶著妻子和宮女們從北門逃出去了。赤眉軍傳令劉玄趕快投降。劉玄只得向劉盆子奉上了玉璽，劉盆子封他為長(zhǎng)沙王。劉玄完蛋后，劉秀就勸降了洛陽(yáng)的漢軍。從此，他就把洛陽(yáng)作為京都(洛陽(yáng)在長(zhǎng)安東邊，所以后漢也叫東漢)。

赤眉軍在長(zhǎng)安城里把糧食吃光了。樊崇只得帶著幾十萬(wàn)大軍向西流亡，不料碰到了暴風(fēng)雪，凍死了不少人馬。萬(wàn)不得已，他再折回長(zhǎng)安時(shí)，鄧禹的兵馬已經(jīng)進(jìn)了長(zhǎng)安。鄧禹立刻發(fā)兵去攻打，想不到打了個(gè)敗仗，連長(zhǎng)安也丟了。漢光武帝劉秀連忙派馮異帶著一隊(duì)兵馬去代替鄧禹，并囑咐馮異說(shuō)：“長(zhǎng)安一帶老百姓已經(jīng)窮到了極點(diǎn)，將軍這次去征伐，要是赤眉肯投降，就讓士兵都回家去種地，最要緊的是安定人心，不要隨便殺人。”

馮異帶著軍隊(duì)去了。漢光武帝又給鄧禹下詔書說(shuō)：“千萬(wàn)別死拼。赤眉沒有糧食，一定會(huì)到東邊來(lái)的。你趕快回來(lái)。”

馮異到了長(zhǎng)安，把人馬埋伏好，就向赤眉軍下戰(zhàn)書。赤眉軍一上陣就中了埋伏，拼死拼活打了一天，死傷了一大半。馮異讓一些士兵也在眉毛上涂上紅顏色，打扮成赤眉的士兵，混進(jìn)赤眉的隊(duì)伍。赤眉軍正進(jìn)退兩難，馮異叫將士們大叫大喊：“趕快投降！投降不殺！”

赤眉軍一下子軍心大亂，被解除了武裝。

剩下的十幾萬(wàn)赤眉軍由樊崇帶著，向東開走了。漢光武帝率領(lǐng)大軍布置好埋伏，等赤眉軍一過來(lái)，就把他們團(tuán)團(tuán)圍住。樊崇沒法走脫，派人向漢光武帝求和。漢光武帝下令讓他們投降，樊崇就帶著劉盆子去見漢光武帝，乖乖投降了。

漢光武帝吩咐趕緊做飯、做菜，讓十多萬(wàn)赤眉兵吃一頓好的。接著，漢光武帝把樊崇他們帶到了洛陽(yáng)，送他們田地房屋，給他們官做。但沒到幾個(gè)月工夫，就拿謀反的罪名把他們殺了。

推翻新朝的綠林、赤眉這兩支最大的農(nóng)民起義軍，到這時(shí)候，都給漢光武帝消滅了。