蔣經(jīng)國上臺(tái)之后，面臨的就是臺(tái)灣情報(bào)系統(tǒng)已經(jīng)存在的兩股勢(shì)力：其一是臺(tái)灣原先最大的情報(bào)單位——保安處，它是沿襲日占時(shí)期駐軍司令部“特務(wù)機(jī)關(guān)”和抗戰(zhàn)時(shí)期的“戰(zhàn)區(qū)第二處”的編制而設(shè)立的;其二是以大陸過來的“中統(tǒng)”和“軍統(tǒng)”系統(tǒng)為班底的保密局，這兩股勢(shì)力的頭子分別為：彭孟緝和毛人鳳。

蔣介石和蔣經(jīng)國都明白，要整合臺(tái)灣的情報(bào)系統(tǒng)，必須先搬掉這兩塊石頭，為了能讓蔣經(jīng)國盡快上位，蔣介石首先親自出手勸退了中統(tǒng)的陳立夫，其后授意蔣經(jīng)國多次在公開場合宣稱：“軍統(tǒng)、中統(tǒng)兩大特工組織合為一家，嚴(yán)加整肅，統(tǒng)一運(yùn)籌。”

看到蔣經(jīng)國親自出馬，彭孟緝不敢托大了，一方面，彭孟緝只是一個(gè)“臺(tái)灣省保安中將司令”，當(dāng)時(shí)臺(tái)灣島“將星如云”，上將、中將一抓一大把，所以毫不起眼;另一方面，彭孟緝一直供職于軍隊(duì)，在情報(bào)系統(tǒng)沒有什么家底，當(dāng)初，蔣介石也是希望對(duì)毛人鳳有所制約才將他安插進(jìn)情報(bào)系統(tǒng)的，現(xiàn)在有個(gè)更大的官壓陣，他當(dāng)然就要把位子讓出來，所以，彭孟緝是完全按“太子”眼色行事，不敢有半點(diǎn)出軌。

但是毛人鳳卻沉不住氣了，誰愿意在春夏辛苦耕耘后，到秋天任他人摘取自己的勞動(dòng)果實(shí)？也許是到了一定年紀(jì)，自詡也算是“功臣”了，毛人鳳一反常態(tài)，自恃有蔣介石做靠山，居然在國民黨的中常委會(huì)上聲稱：“情報(bào)工作是很專業(yè)的東西，不能讓外行來領(lǐng)導(dǎo)內(nèi)行，戴老板生前就說過，軍統(tǒng)是10萬人的大家庭，要管理好可不容易啊！”這些話當(dāng)然傳到了蔣經(jīng)國的耳中。

但是蔣經(jīng)國并不急于反攻，此時(shí)他信心滿滿，正在編織自己的大好前程，在他看來，毛人鳳再鬧騰，也只是一只秋后的螞蚱，得意不了幾天，有老爸蔣介石撐腰，將來保密局總歸是自己的囊中之物，可是很快他就發(fā)現(xiàn)，毛人鳳對(duì)他不僅只是口頭的不滿，更是處心積慮地在挖陷阱，想要讓他身敗名裂。

毛人鳳暗中收集了蔣經(jīng)國的親信毛邦初在美國受賄貪污的消息，報(bào)到蔣介石的案頭上，蔣介石雖然沒有如毛人鳳所期待的那樣真的查辦，但還是把蔣經(jīng)國給結(jié)結(jié)實(shí)實(shí)地教訓(xùn)了一通，弄得蔣經(jīng)國好長一段時(shí)間抬不起頭來。

這件事激起了蔣經(jīng)國的斗志，他決心要給毛人鳳點(diǎn)厲害看看，這時(shí)，毛人鳳的宿敵，國民黨情報(bào)老手鄭介民向蔣經(jīng)國獻(xiàn)了一計(jì)：開辦訓(xùn)練班，召訓(xùn)新生及復(fù)訓(xùn)保密、內(nèi)調(diào)兩局現(xiàn)有干部;在此基礎(chǔ)上，將兩局人員混編，以打破兩局長期以來的半敵對(duì)狀態(tài)，建立現(xiàn)代諜報(bào)體制，結(jié)束私人割據(jù)的局面。

這是對(duì)諜報(bào)系統(tǒng)的根本改革，也是對(duì)毛氏的“獨(dú)立王國”的根本動(dòng)搖，非同小可，蔣經(jīng)國不敢擅自拍板，必須蔣介石點(diǎn)頭，而要蔣介石點(diǎn)頭，并不是一件容易的事。

蔣經(jīng)國還是不露聲色，采取挖墻腳的辦法，來了個(gè)釜底抽薪，他將保密局二處處長葉翔之拉攏過來，委以重任，這樣一來，保密局內(nèi)的眾骨干也紛紛“跳槽”，眾叛親離后，毛人鳳就只剩個(gè)光桿局長，但毛人鳳也不是省油的燈，他得知蔣經(jīng)國的行動(dòng)后，一不做二不休，以蔣介石提倡的“整肅紀(jì)律”為由，將葉翔之收受賄賂170根金條的罪證搜齊后，準(zhǔn)備親自呈報(bào)給蔣介石。

葉翔之慌了神，哭哭啼啼地找到蔣經(jīng)國，蔣經(jīng)國一驚，忙安慰道：“葉處長不用擔(dān)心，總統(tǒng)那里我去說，這樣吧，你來我這里，擔(dān)任大陸工作處處長。”旋即，他親自趕往蔣介石處，稱：“保密局有個(gè)高級(jí)特工葉翔之，由于家庭生活困難，收了一點(diǎn)禮，毛人鳳便要嚴(yán)辦他，我覺得此人是個(gè)人才，過去在大陸完成了許多重要任務(wù)，又是初犯，且已經(jīng)退了賄禮，能不能網(wǎng)開一面，讓他戴罪立功？”

蔣介石本來就想栽培兒子，今見蔣經(jīng)國親自說項(xiàng)，更認(rèn)定葉翔之可以重用，當(dāng)即便同意蔣經(jīng)國的請(qǐng)求，不曾料到，蔣經(jīng)國手握尚方寶劍前腳剛走，毛人鳳隨后便把葉翔之的材料送來了。

不料蔣介石看完材料后卻大為生氣：“你們到底怎么搞的？葉翔之明明是一個(gè)好官員，為什么非要整他？”

毛人鳳哪敢置辯，灰溜溜地走了，他再一次領(lǐng)教了蔣經(jīng)國的厲害，終于明白他自己是斗不過蔣經(jīng)國的，他有點(diǎn)絕望了。

心灰意冷的毛人鳳突然想到了宋美齡，自從“打虎”事件后，宋美齡和蔣經(jīng)國因?yàn)闄?quán)力之爭，已漸生齟齬，她知道蔣經(jīng)國上臺(tái)，對(duì)宋家人十分不利，而毛人鳳的特務(wù)系統(tǒng)好歹是一個(gè)獨(dú)立存在的勢(shì)力，有他存在，多少可以牽制蔣經(jīng)國的行動(dòng)，所以宋美齡答應(yīng)了毛人鳳的請(qǐng)求，替他在蔣介石面前說了好話，經(jīng)過宋美齡的調(diào)解，蔣經(jīng)國總算收回了要搞垮保密局的打算，然而，他和毛人鳳之間的關(guān)系卻一直十分緊張。

1954年，蔣介石再次改革情報(bào)系統(tǒng)，一方面設(shè)立以鄭介民為局長的“國家安全局”，撤掉“總統(tǒng)府機(jī)要室資料組”，該局直屬于蔣經(jīng)國任副秘書長的“國防安全會(huì)議”，由于主席和秘書長都是兼職，蔣經(jīng)國成為“國家安全局”的實(shí)際領(lǐng)導(dǎo)者;另一方面以原保密局為班底分別設(shè)立仿照美國“中央情報(bào)局”(CIA)模式的“國防部情報(bào)局”和仿照美國“聯(lián)邦調(diào)查局”(FBI)模式的“司法行政部調(diào)查局”。

此外，像憲兵部隊(duì)、大陸工作會(huì)、海外工作會(huì)、駐外武官處等情報(bào)機(jī)構(gòu)均定期向“總政治部”及“國家安全會(huì)議”報(bào)告，接受督導(dǎo)，至此，蔣經(jīng)國成為全島超過5萬特工人員的“共主”，蔣經(jīng)國掌握的情報(bào)系統(tǒng)，嚴(yán)格執(zhí)行蔣介石“保密防諜”的旨意，延續(xù)了1949年5月以來的“非常戒嚴(yán)”氣氛，甚至有過之而無不及。