鄭成功收復臺灣后，以臺灣作為東都，將荷蘭殖民者修筑的赤嵌樓改名為承天府，改熱蘭遮城堡為安平鎮，北部設天興縣，南部設萬年縣，并在澎湖島設安撫司，戍以重兵，完成一府二縣一安撫司的行政規劃。很快，鄭成功在整個臺灣建立了同祖國大陸一樣的郡縣制度，建立了行政機構。鄭成功以臺灣為明王朝的復興基地，并未僭越稱帝，僅停留于“藩主”的地位。荷蘭統治即將結束時，臺灣的人口包括土著居民與移民共約10萬有余，其中移民據推測有2萬余人。鄭成功的大軍及其家屬約3萬，可以說是內地向臺灣的最集中的一次集體移民。

鄭成功沒有閑情欣賞“喬木倚山望流泉”，相反由于人口激增，軍隊面臨缺糧無米下鍋的窘境，為此，一向治軍嚴厲的鄭成功處死玩忽職守的管糧官員，以維持軍心。另一方面設法在本島解決缺糧的燃眉之急。鄭成功將荷蘭東印度公司所有的“王田”沒收，移作新政權所有的“官田”。此外，對承天府與安平鎮以及天興縣與萬年縣的文武官員，除了配給建官舍及兵舍所需之用地外，并按家屬的多寡準許其取得必要的土地，稱為“私田”或“文武官田”。至于駐在各地的部隊，在不侵犯少數民族與移民所有土地的條件下，準予開墾土地，稱之為“營盤田”(屯田)。因而以南部為中心的農地開墾迅速擴大起來，糧食生產也因此而激增。這些農地開發與土地制度，因開啟臺灣的土地私有制度而引人注目。土地的私有制在當時的中國代表著先進的生產關系。

當時，臺灣的少數民族在荷蘭殖民者奴役下，生活十分貧困，生產極端落后。鄭成功在那里推廣了大陸先進的農業生產技術，從此，少數民族也同大陸漢民一樣，使用牛耕和鐵犁種田。1662年6月，鄭成功病中第二次派人去金、廈，命令當地將官殺死鄭經等家人，眾將為難，最終再次抗命。此前世子鄭經無行，種下亂倫的淫果。據清人《閩海紀要》記載：他又外感風寒，病勢日重，但他仍強振余威，登上將臺，手持望遠鏡，遠望澎湖，是否有船只到來。文武百官入謁時，他依舊端坐床上，談論國事。因此，許多官員不知其病。及至他病危時，都督洪秉誠調藥送至床前，他將藥投地，嘆曰：自國家飄零以來，枕戈泣血，十有七年，進退無據，罪案日增，今又屏跡遐荒，遽捐人世，忠孝兩虧，死不瞑目，天乎天乎！何使孤臣至于此極也！吾有何面目見先帝于地下。復頓足捶胸，雙手抓面，大呼而逝。

就這樣，鄭成功反清復明的壯志未酬，結束了充滿波折的生涯，享年38歲。他的死因有多種說法，最可信也是最籠統的說法是：鄭成功在短短的3個月之內經歷了許多讓其氣塞胸膛、怒不可遏的大事：供奉的旗號和精神支柱——南明永歷帝在云南被吳三桂殺害;降清的父親、叔叔及幾位弟弟等族人被清廷斬殺，祖墳被掘;鄭經無行，眾將抗命……這些負面因素引爆他易怒的個性，加重了他因水土不服所致的病情，最終急怒攻心，含恨而逝。需要特別指出的一個細節，鄭成功收復臺灣后，曾派人出使呂宋(今馬尼拉)，致函西班牙總督，要求其承認大肆屠殺華人的過錯，并要求對方納貢、通行貿易。信函中的言詞很強硬，理解成戰爭檄文也不為過。

此前西班牙總督恐懼當地華僑與鄭成功里應外合，開始故伎重演，對華僑進行大規模殺戮。從逃回來的華僑處得知此事之后，鄭成功大怒，決定出兵馬尼拉，替華僑清算這數十年來西班牙欠下的三筆血債，但還沒出兵，便聞知兒子鄭經的糗事，他自己也未料到，盛怒和瘧疾的夾擊，會讓他一病而歿，壯志難酬。鄭成功的不幸去世，使臺灣失去了最具威懾力的庇護和最穩定的人心基礎，也使在呂宋翹首以待的華僑悲痛萬分：倘若國姓爺再活上20年，不，哪怕15年，反清復明的事業一定會出現新的格局呀！再不濟，也能劍指呂宋，救華僑于西班牙統治的水火之中。

鄭成功少年得志又國恨家仇聚一身，難免治軍嚴苛、剛愎果敢。一方面成就了他這一民族大英難，但負面的離心力又讓他含怒早逝，遺憾地放下他遠遠未竟的政治抱負，套用那句古詩：出師半捷身先死，更使英雄淚沾衫。英雄已逝，英名長留。因贊許鄭成功趕走荷蘭人及開拓臺灣的功績，移民崇奉他為“開山王”。