16世紀后期至17世紀初，錫伯族被滿洲統治者征服，編入了八旗蒙古和八旗滿洲。在100多年中，錫伯族人民從自己長期聚居的地區分散到許多地區，被迫進行了四次大遷徙：第一次是康熙三十一年（1692年），脫離了科爾沁蒙古，被編入滿洲八旗；第二次是康熙三十八年至四十一年（1669年—1702年），錫伯族部分入盛京（今沈陽）；第三次是乾隆二十九年（1764年），有1016人被征調到新疆戍邊，攜同隨軍家屬2千多人。從此，錫伯族分居東北、西北兩地。青年人充當“披甲”，服役當差，閑散附丁和家屬則從事農副業生產。第四次是乾隆三十四年（1779年），派1000名錫伯士兵駐守云南要塞。八旗制度使錫伯族處于清朝的直接統治之下，經濟生活和社會組織都發生了急劇變化，由原來流動性較大的漁獵經濟轉向穩定的農業經濟。

錫伯族勤勞勇敢，為開發和保衛祖國的邊疆作出了貢獻。移居新疆的錫伯族人民對于伊犁、塔城和博爾塔拉地區的農田水利發展起了很大作用。乾隆三十二年（1767），新疆錫伯族被編為八個牛錄（旗），于伊犁河流域屯田駐守。嘉慶七年（1802），在錫伯營總管圖爾根支持下，經過艱苦奮戰，從察布查爾山口引水，自崖上開鑿大渠，終于引來伊犁河水灌溉良田，故取名為“察布查爾渠”，意為“糧倉”。錫伯族人民先后定居在大渠南北。其后，又與八旗兵一起，先后在伊犁、博爾塔拉、塔城等地開鑿一些水渠，開墾了10余萬畝良田，并使當地一些兄弟民族學到許多農業生產知識和技術。

19世紀20年代，英殖民主義走狗張格爾披著宗教外衣，在南疆煽動叛亂。錫伯營官兵800余人應征隨同清軍出師討伐，在追殲殘敵的喀爾鐵蓋山戰斗中，生擒張格爾。接著，他們在反抗伊犁地區“蘇丹汗國”，抗擊沙皇對伊犁的殖民統治的斗爭中，英勇不屈。1876年，當清軍收復新疆時，他們在總管喀爾莽的帶領下，積極配合，為收復南疆和伊犁作出了貢獻。

1911年辛亥革命爆發后，居住于新疆的錫伯族人民和當地兄弟民族一起積極響應，但斗爭果實被封建軍閥楊增新、金樹仁、盛世才所篡奪，錫伯族人民又處于他們的統治之下。1944年，國民黨繼續了盛世才的殘酷統治。同年9月，伊犁、塔城、阿勒泰三區革命爆發，察布查爾錫伯族組成錫伯獨立騎兵連，塔城、霍城的錫伯族建立武裝隊伍，與其他兄弟民族一起參加這一革命，進行了反對國民黨統治的斗爭。

1931年“九·一八”事變后，居住在東北地區的錫伯族和漢、滿等族人民一起投入抗日斗爭。遼寧省沈陽大五家子一帶的錫伯族積極參加了抗日聯軍，多次狙擊遼河平原的敵人。在這一時期有不少錫伯族青年參加中國共產黨。在中國共產黨的領導下，隨著解放戰爭的節節勝利，東北和新疆的錫伯族人民先后在1946年和1949年獲得解放。

中華人民共和國成立后，錫伯族進入民族平等、團結互助的新時代，政治上享有了和各族平等的權利。1954年實現了民族區域自治，在新疆原寧西縣成立了察布查爾錫伯自治縣，進行了一系列社會改革，走上了社會主義道路。