隨著漢語在回回民族中的普遍推廣與使用，自明代后期起，在南京、上海和廣州等地，相繼出現(xiàn)穆斯林學者的伊斯蘭教譯作和漢文著作。其中影響較大的就有王岱輿的《正教真詮》、《清真大學》、《希真正答》，張中的《歸真總義》、《四篇要道》，伍遵契的《歸真要道》(又稱《米勒沙德》)，馬伯良的《教款捷要》，劉智的《天方性理》、《天方典禮》、《天方至圣實錄》，金天柱的《清真釋疑》，馬注的《清真指南》等。其宗旨都是為了闡釋伊斯蘭教經(jīng)典，以擴大穆斯林文化的影響。不過這些著作，與國外的伊斯蘭教論著又有明顯的不同。因為在這些著作中，作者在闡述伊斯蘭教教義時，并不是單純從伊斯蘭教經(jīng)典中去尋求解答，而是試圖利用儒家思想去加以發(fā)揮。在他們看來，儒家學說與“天方教義”不僅義理相近，而且各有其精奧，可以互相補充。

例如王岱輿，從正統(tǒng)派伊斯蘭教神學出發(fā)，認為世界萬物都是真主創(chuàng)造的，從而建立起自己的“本體論”。但他又接受了宋代理學大師張載、程顥、程頤、朱熹關于理、氣、天命之性、氣質(zhì)之性以及天理人欲的一系列觀點，并將其移植到“認主獨一”的伊斯蘭教思想體系中。其所著《正教真詮》，上卷有“真道”、“人極”、“教道”、“辨異”諸篇;下卷有“人倫”、“慎修”、“民?！薄ⅰ爸鹘?、“生死”諸篇，俱闡明倫理，以定取舍。又如伍遵契《歸真要道》，通篇宣揚明心養(yǎng)性、克己復禮和復命歸真的出世思想。

劉智也是一位博極群書的大學者。他15歲后始矢志于學，曾歷覽儒家的經(jīng)、史、子、集，又讀“天方經(jīng)”、釋藏、道藏及“西洋”書137種，遂“會通諸家而折衷于天方之學”。“所至難言者……而卻能鉤深索隱，以窮其精奧，直使莫載莫破之理，盡昭著于不睹不聞之中;無聲無臭之妙，俱顯現(xiàn)于魚躍鳶飛之際”。

馬注是賽典赤·贍思丁的后裔，也是一位通曉儒、釋、道諸說的學者。所著《清真指南》內(nèi)容極豐富，“上窮造化，中盡修身，未言后世”，凡“天地之秘，鬼神之奧，性命之理，死生之說，罔不巨細畢備”。