康熙在三次親征當中，不計“萬乘之尊”，與士兵們同甘苦、共患難的精神，“日惟一餐，恒飲濁水，甘受勞苦”，使清軍士兵們非常感動，這也是三次征戰清軍都能獲勝的原因之一。清朝時，蒙古分為漠西、漠南和漠北三部分。準噶爾是漠西蒙古的一支，自從噶爾丹統治準噶爾部以后，由于他有想要建立一個統一的蒙古國的野心，所以先后兼并了漠西及漠北。漠北蒙古有數十萬人逃到漠南，請求清朝政府保護。康熙便派遣使者與噶爾丹交涉，但噶爾丹不但不退兵，反而大舉進攻漠南。

噶爾丹生于1645年，是蒙古準噶爾部首領巴圖爾渾臺吉的第七個兒子。噶爾丹從小就被送去學習當喇嘛，但他喜好舞槍弄棒，卻不喜歡念經。長大后，他在達賴喇嘛的支持下，回到準噶爾部落，消滅了政敵，從此，噶爾丹還俗，成為準噶爾部首領。

他執政之后，對四周發動多次戰爭，尤其對東部的喀爾喀蒙古及西邊的新疆，更是屢次掠奪其居民、牲畜，侵占其牧地。喀爾喀蒙古因此多次向清朝求救，康熙曾派大臣與噶爾丹談判，但噶爾丹都不予理睬。

清朝在此時無法出兵，因為國內先后有吳三桂等的三藩之亂、南蒙古察哈爾部落的紛爭，對西北噶爾丹一事只好采取忍讓政策。噶爾丹看清朝如此軟弱，氣焰更加囂張。他不但殺害了康熙派去的使臣馬迪等人，還要求康熙把女兒嫁給他為妻;甚至提出康熙“君南方”，而由他“長北方”-成立蒙古汗國的想法。

康熙的隱忍作風，到噶爾丹于1688年再犯喀爾喀時，終于有了轉變。喀爾喀因噶爾丹入侵而向清朝求救，此時，清朝國內的政局已經穩固，各地叛亂已平，康熙于是召集群臣，決定御駕親征。

第一次親征

康熙二十九年(1690年)，康熙下詔親征。他兵分兩路：左路出古北口，由撫遠大將軍福全率領;右路出喜峰口，由安北大將軍常寧率領，康熙親自率兵在后督軍。剛開始時并不是很順利。噶爾丹屯兵于樹叢中，前有河流阻擋，后有樹林掩蔽。噶爾丹設“駝城”，把上萬只駱駝，綁住其腳躺在地上，駝背上加上箱子，形成一個長長的“駝城”。噶爾丹軍就在那箱垛中放射槍箭，以阻止清軍進攻。在這種前有駝城、后有伏兵的情況下，清都統佟國綱率兵前進時，中鳥槍陣亡。后來，清軍改變戰略，以火炮火槍猛攻駝城的其中一段，駝城終于被打開了缺口。清步兵、騎兵齊沖殺過去，福全又令士兵繞到山后，夾擊敵軍，敵軍被打得落花流水，狼狽而逃。

八月一日，清軍與噶爾丹再戰，清軍使用強大的炮兵，加上噶爾丹部眾染天花，死傷甚多。噶爾丹為了逃命，立刻派達賴喇嘛的使臣濟隆前來乞降。濟隆來往于噶爾丹和清軍之間，假談判之名，行緩兵之實，讓噶爾丹有時間逃脫。康熙知其詭計，遂命令“速進兵，毋墮賊計”(快進軍追擊！別中了賊人的詭計！)，果然，噶爾丹不等回覆，就已經連夜北逃。

清軍本可乘勝追擊敵軍，但狡詐的噶爾丹為了使康熙見信并停止追擊，假意跪于威靈佛前，發誓：“永不犯中華皇帝屬下喀爾喀以及眾民”、“佛在此，敢不自服乎？圣上即佛也，乞終寵宥我！”康熙知道噶爾丹發了重誓，就暫時停止追擊，給他一次改過自新的機會，他寫了赦諭給噶爾丹：“今爾以誓書來請罪求和…不得擅犯我屬下部落喀爾喀一人一畜，…爾倘有窘迫，奏聞于朕，朕必如前撫養，斷不念爾舊愆。”盡管如此，康熙對噶爾丹的野心還是很清楚的，他對臣下說：“此虜不足信也”，“噶爾丹乃奸窮莫測之人，因今力薄難支，故爾遠伏，倘彼勢少張，又復生事悖亂，彰彰明志。”也就是說噶爾丹的叛亂乃其天性，不會更改。

果然，噶爾丹回到漠北，表面上對清朝表示臣服，實際上卻在暗中招兵買馬。康熙三十三年(1694年)，康熙約見噶爾丹，打算訂立盟約，遭到噶爾丹拒絕。噶爾丹不但不來，連派去的使臣也被殺害。同時，噶爾丹還派人到漠南造謠煽動叛亂。康熙帝知噶爾丹毫無悔改之意，便出一計，密令科爾沁土謝圖親王等人，假裝投降噶爾丹，承諾作為夾攻清軍時的內應，以此誘噶爾丹出兵。康熙三十四年，噶爾丹果然親率三萬騎兵出征，結果被清軍一舉殲滅。

第二次親征

康熙三十五年，康熙帝再次帥八旗勁旅出征。兵分三路，康熙帝自率中路軍，往瀚海以北前進，三路軍約期夾攻。途中有傳言沙俄要助噶爾丹出兵，許多大臣驚慌，建議康熙停止進軍，大學士伊桑阿等力主回師。惟撫遠大將軍費揚古力主御敵。康熙決定獨排眾議，堅持進擊噶爾丹，并警告大臣們：“不奮勇前往逡巡退后，朕必誅之。”又說：“朕祭告天地宗廟出征，不見賊而返，何以對天下？且大軍退，則賊盡銳往西路，西路軍不其殆乎？”

康熙一方面“手繪陣圖，指示方略”，另一方面派遣使者去告訴噶爾丹，說康熙帝已經御駕親征的消息。噶爾丹聞訊不敢置信，登山遙望，果然有御營黃幄龍纛，知道確實是康熙親征，且軍容整齊浩大，頓時喪膽，當下拔營遁逃。隔天，清軍趕到克魯倫河時，對岸已不見噶爾丹蹤跡。康熙親率追趕三天，也沒追上，于是只好通知西路軍大將費揚古，要他們在途中截擊噶爾丹。噶爾丹帶兵逃奔五天五夜，到了昭莫多，與清西路軍費揚古相遇，遭埋伏，兵敗。昭莫多一戰，噶爾丹幾乎全軍覆沒，被殲萬余人，最后噶爾丹只得“引數騎逃去”，此后便一撅不振。六月，康熙駕還京師。

第三次親征

由于噶爾丹暴虐好戰，所以很多部眾都背叛他。以致其到處流竄，無安身之處。康熙三十六年，康熙決定第三次親征，給予殘存的噶爾丹勢力徹底結束。噶爾丹殘部一聽清康熙皇帝再度親征，紛紛自動前去投降，甚至還領路追捕噶爾丹。噶爾丹在眾叛親離的情況下，只好選擇服毒自殺，結束其好斗喜戰的一生。清朝與噶爾丹之間的戰爭，持續了八年，終于宣告結束。

康熙在三次親征當中，不計“萬乘之尊”，與士兵們同甘苦、共患難的精神，“日惟一餐，恒飲濁水，甘受勞苦”，使清軍士兵們非常感動，這也是三次征戰清軍都能獲勝的原因之一。康熙明智的決策，加上英勇有膽識，統帥大軍三次出塞，消滅了邊境的侵擾，使清朝國土的鞏固有了良好的基礎。康熙不僅膽識、遠見、氣魄，無人能出其右，甚至在平定噶爾丹以后，對準噶爾部仍采取寬大、仁愛的政策，在歷代帝王中，其胸襟無人能比。同時也由于康熙對準噶爾部的種種仁愛措施，使準噶爾部對清朝保持密切且穩定的關系。