參加南京大屠殺的罪魁禍首之一是日軍中將柳川平助指揮的第十軍的第6師團，又稱熊本師團。熊本師團原隸屬日本關東軍，參加了918事變，南京戰役前剛剛被抽調到華東。熊本師團一直是日本侵略中國的先鋒隊，甲午海戰攻入威海衛的就是熊本師團。后又參加進攻徐州、武漢的戰斗。太平洋戰爭爆發后，1942年被編入百武晴吉的第17軍，調往所羅門群島北部的布干維爾島與美軍作戰，不到半年其主力即被美軍殲滅，余部困守于布因地區直至日本投降。

參加南京大屠殺的另一個罪魁禍首是第16師團，又稱京都師團，原隸屬日本關東軍，918事變參與者。1937年7月被調入華北戰線，11月調入凇滬、南京戰場，是攻入南京的主力之一。1941年太平洋戰爭爆發后被編入第14軍，參加進攻菲律賓的戰役，是攻入菲律賓首都馬尼拉的的主力。

后駐守萊特島。1944年12月被麥克阿瑟率領的美軍痛殲，全師團13778名士兵僅存活620人，這620人中包括著名的懺悔者東史郎。可以說，麥克阿瑟在二戰中為南京大屠殺中死難的中國人擔任了復仇者的角色。參加南京大屠殺的第三個罪魁禍首是第9師團，又稱金澤師團。原隸屬日本關東軍，是日俄戰爭獲勝主力。1935年東北義勇軍主力被撲滅后調回日本國內休整，1937年凇滬戰役爆發后被緊急抽調參戰，是攻擊南京光華門主力。參加徐州、武漢戰役后回國。1940年再次派駐中國東北，絞殺抗聯，防御蘇聯。1944年被緊急派往馬里亞納的塞班港與美軍作戰，幾乎全軍覆沒。余部經整編、補充又在沖繩與美軍激戰，在戰況正酣時，被調往臺灣，避免了被美軍全殲的下場。

參加南京大屠殺的第四個罪魁禍首是第13師團，又稱仙臺師團。參加過日俄戰爭，1937年從日本國內被派往上海作戰，是凇滬戰役、南京保衛戰的敵軍重要部隊。第13軍團后又參加徐州、武漢、豫湘桂等戰役，長期駐守華中地區，1945年在長江沿岸向中國投降。參與南京大屠殺的第四個罪魁禍首是第十八師團，又稱久留米師團在緬甸戰場上被中國駐印軍新編第一軍，在密支那戰役中被全殲（師團參謀長等十余將領被坦克碾死），中國軍隊的官兵們得知自己的對手是參加南京大屠殺的日軍部隊時，都高喊：“為南京報仇！”“為同胞報仇！”撲向日軍。新一軍第38師師長孫立人將軍曾經就日軍俘虜問題，對參謀長下達過下列命令：“這些狗雜種！你去審一下，凡是到過中國的，一律就地槍斃。今后都這樣辦。”