自《馬關(guān)條約》后，中華民族與帝國主義之間的矛盾愈演愈烈，不可調(diào)和。1900年，八國聯(lián)軍發(fā)動了侵略中國的戰(zhàn)爭，于8月16日攻陷北京，慈禧太后攜光緒于前一天倉皇逃走，北京再一次落入外國入侵者的手里。圓明園也就是在這一年再一次慘遭洗劫。

1894年，清政府在甲午戰(zhàn)爭中一敗涂地，與新興的日本帝國簽訂了1840年以來對中國政治、經(jīng)濟(jì)、文化、社會生活等方面侵占最為嚴(yán)重的《馬關(guān)條約》，中國半殖民地化的程度大大加深了。中外矛盾迅速上升為當(dāng)時中國社會的主要矛盾，在這種局勢下，19世紀(jì)的最后五年間，義和團(tuán)迅速發(fā)展，并于1900年控制了京津地區(qū)。義和團(tuán)打出“扶清滅洋”的口號，意在中國大地上驅(qū)逐外來勢力，恢復(fù)中國原有的社會秩序。在德國公使克林德被清軍擊斃后，各國以保護(hù)公使館為名，派兵進(jìn)入北京，以東江米巷（后來的東交民巷使館區(qū)）為中心，與義和團(tuán)展開了激烈的攻奪戰(zhàn)。為了解救在京被困的西方外交官與教會信眾、各國僑民，英、法、德、俄、奧、意、日、美八國組成聯(lián)軍，發(fā)動了侵略中國的戰(zhàn)爭。

拆園最烈者為八旗兵

1900年的入侵者比1860年的人數(shù)更多而且更為兇殘。他們又一次展開搶掠和縱火，范圍更廣，持續(xù)更久。搶掠的地點(diǎn)包括有錢人和滿洲貴族的家，掠奪者不僅僅是軍隊(duì)，外交人員與傳教士亦參與其中。

美國傳教士丁韙良在搶掠現(xiàn)場看到，那些掠奪者的爭搶場面只能用“暴動”來形容，許多中國俘虜遭到殘暴的虐待和無情的槍殺。當(dāng)時一位美國作家感覺“這些中國人遭受的對待就像羅馬暴君尼祿在位時期的基督徒”。具有諷刺意味的是，就在戰(zhàn)爭發(fā)動的一年前，這八國列強(qiáng)全都加入了1899年的海牙公約，明文禁止戰(zhàn)時搶奪和恣意殺戮。

這一時期，新建成的頤和園和殘破的圓明園也遭到了摧殘。八國聯(lián)軍入京后，董福祥率戰(zhàn)敗的甘軍北逃出京，德國馬步隊(duì)追擊董軍直至南口，此時董軍已逃至懷來，德軍追趕不及而返。德軍部隊(duì)一部分駐朗潤園，英軍駐頤和園，意軍駐玉泉山。當(dāng)冬天來臨時，盤踞朗潤園的德國侵略兵，竄到正覺寺拆走大殿的門窗當(dāng)柴燒，砍壞佛像的鼻子，搶走寺內(nèi)珍存的大量西藏進(jìn)貢的錦邊彩畫佛像及青銅梵文大鐘。與1860年的浩劫有著同樣的丑行，入侵者為了分贓而成立了一個獎金委員會，并在英國的使館舉行拍賣會。

但也有專家認(rèn)為，到目前為止，尚無史料證明八國聯(lián)軍曾經(jīng)進(jìn)入圓明園進(jìn)行劫掠，在這一時期真正讓圓明園遭受劫難的是當(dāng)時清政府駐守西郊的八旗兵、太監(jiān)以及地痞流氓。據(jù)王威所著《圓明園》一書記載：“城外的駐軍與惡霸們活動得更兇，他們乘機(jī)大肆洗劫西郊各園的陳設(shè)，圓明園也不例外。他們將殿座亭榭及宮門和銅獅等一齊拆下來出賣，連磚瓦、石料都不肯放過。”

外國軍隊(duì)撤離時，京城暫時處于無政府狀態(tài)，駐守西郊的散兵游勇、太監(jiān)以及惡霸蜂擁闖進(jìn)圓明園，再次劫掠院內(nèi)陳設(shè)，大肆拆毀園內(nèi)的殿堂、亭榭，盜運(yùn)園內(nèi)的磚瓦、木料等。其最甚者為本地土著的各旗營，曾經(jīng)調(diào)駐城內(nèi)，此時卻都逃出城來。他們手中操著斜五排快槍，回到家中化兵為匪，自由結(jié)合，聚眾大拆圓明園宮殿、砍伐樹木。只一個月時間，整個圓明園內(nèi)的樹木及原來殘存之建筑蕩然無存。圓明園的西路毀于精捷營，北路毀于河北黃營，長春園毀于白旗大小營，其拆園最烈者為廂白旗小營與精捷營的八大惡棍首領(lǐng)。

守園太監(jiān)與拆匪激烈槍戰(zhàn)

長春園中環(huán)形的“海岳開襟”原是建在湖中雙層漢白玉石園壇上的一座金碧輝煌、宏偉高大的建筑，由于船只被焚，無船可渡，在1860年英法聯(lián)軍之役幸免于難。光緒年間，慈禧還專門到此游幸，因此修葺一新，并由湖西岸上之“榴香渚”方亭至此添修長木板橋一道，橋側(cè)安裝紅色欄桿。由于八旗拆匪揚(yáng)言要拆此處，該處太監(jiān)首領(lǐng)楊四率領(lǐng)四名太監(jiān)，園戶頭目周德海也率領(lǐng)園戶十名，日夜共同駐守。精捷營正白、正黃兩旗頭目揚(yáng)言將于九月初七夜拆“海岳開襟”。于是楊四、周德海等人將木橋拆毀一段，堆積樹枝與沙袋，修成工事，又從熙春園請來六名槍手，幫助防守，其他太監(jiān)與園役也架上大抬桿槍埋伏在沙袋后面。當(dāng)天夜里，近百名旗民，攜帶斧鋸繩杠由西岸上木橋，發(fā)現(xiàn)橋被拆斷，八大匪首喊話，責(zé)令楊四、周德海搭上橋板，否則如攻上去難逃一死。周德海一聲令下，眾槍齊發(fā)，當(dāng)場擊斃10余人，落水六七人，拆匪被迫退回西岸逃走。

至10月初，“海岳開襟”仍十分完整。后來，守方意見不一，又恐天寒結(jié)冰，無法防守，更怕敵方拆匪的報復(fù)，于是，守方人員紛紛辭職回原籍。此消息被廂白旗小營知道，該旗匪頭目，常作綁票勒贖的勾當(dāng)，他們已從圓明園中掠到不少財物，現(xiàn)在知道周、楊二人撤出，便于10月14日率60名旗民，將“海岳開襟”全部占領(lǐng)，撬開大量陳設(shè)箱子，將珠寶奇珍一夜搶光。硬木桌椅一類的笨重之物，又搶運(yùn)了三晝夜。最后將殿宇柱子鋸斷，用馬車運(yùn)走可使用的木材，砍掉園內(nèi)巨大的松樹和柏樹來賣錢。事實(shí)上，這種肆意的破壞讓圓明園內(nèi)的殿堂樓閣完全消失，那些被偷來的木材，從柱子到窗框全都拿到附近的清河鎮(zhèn)，堆積成一座“小山”，等著變賣。即使從園內(nèi)拿走的小木片和樹枝都可以在市集上找到，并被人當(dāng)做燒火的木柴來使用。至此，一組水中樓閣建筑群，便只剩下廢墟。另外還有全部銅鑄品，也是在這時被洗劫的。

萬春園的西南角，有東廟和西廟，二廟相連。東廟為“敕建河神廟”，祭祀本園的河神，西廟為“惠濟(jì)祠”，祭祀運(yùn)河龍神。兩廟前各有兩根旗桿，周圍有黃柏林木數(shù)百株。這兩座廟與大片柏林，在1860年之役中免于火劫，保存相當(dāng)完整。事后，每年二月初九與八月初四春秋大祭，均由河工大臣與圓明園總管致祭。在這次庚子劫難中，旗民蜂擁而至準(zhǔn)備拆除發(fā)財，他們甚至為“爭拆”發(fā)生沖突，進(jìn)行了槍戰(zhàn)，雙方各死十余人。后經(jīng)中人調(diào)停，改為合作共同拆售，售出之價由雙方平分。至此二廟與大片柏林均夷為平地。

萬春園中的“莊嚴(yán)法界”，也是英法聯(lián)軍毀園時的幸存者，其位置在“鑒碧亭”的北岸，入內(nèi)正殿5間，東西配殿各3間，東邊還有“蔚藻堂”，為南向5間，建于太湖石的高臺上，也都在這次被毀。

清廷無力執(zhí)掌圓明園

圓明三園被英法聯(lián)軍和八國聯(lián)軍破壞洗劫之后，一直還是作為皇家的禁園，由老太監(jiān)守園看護(hù)。對圓明園一直念念不忘的慈禧太后，在她即將從西安返回北京的前夕，1901年8月28日在西安頒發(fā)了一道懿旨：命令正與各國公使談判的全權(quán)大臣奕匡，在議訂和約，將頤和園、圓明園一帶收回清廷后，要派得力官兵小心守護(hù)，“毋稍疏虞”。

但是，動亂后的巨額賠款進(jìn)一步加重了清廷的財務(wù)壓力。1904年，清朝政府正式下令裁減圓明園部分官員，撤銷圓明園的總管機(jī)構(gòu)，使圓明園陷入了無人管理的狀態(tài)。盡管圓明園到1909年時仍然有16718人之多，“但他們大部分是以前園戶的成員，包括婦女和孩童，而對圓明園來說，他們是破壞者而非保護(hù)者。

這一次動亂后，圓明園遭到了嚴(yán)重的破壞，園內(nèi)一些地方已變成蘆葦連片，麥垅相望，如同田野一般，一些橋涵被破壞已部分不能度跨。除園墻、萬春園宮門、正覺寺等極少處圓明園遺址原真性的景區(qū)外，其余皆已失去了1860年英法聯(lián)軍火燒罪行的真實(shí)物證。到1911年，清政府為把廢園管理起來，決定將它附屬于頤和園，由清廷總管內(nèi)務(wù)府大臣世續(xù)等進(jìn)行管理。