龐大的明朝皇族——鳳陽朱氏數十萬成員，大部分在第一場劫難中被農民軍屠殺了。另一部分又在抗清保國的戰爭中壯烈殉國了。除了這兩部分外，在這場空前浩劫中僥幸逃生的皇族成員，又開始了更加艱難的生活。

據歷史記載，在明清鼎革之際，有一部分皇族成員，如皇太子朱慈烺、崇禎三子定王朱慈炯、四子永王朱慈炤，秦王朱存樞、晉王朱求桂、代王朱傳(火+齊)，先被李自成農民軍俘虜至北京。清抹攻陷北京后，這部分被俘皇族在兵荒馬亂中失蹤，生死不如，下落不明，一直成了歷史疑案。

為了躲避滿清的迫害，一部分皇族成員，在國破家亡之后，紛紛隱姓埋名，或竄伏山林，或輾轉流徙，開始了艱難的逃亡生活。如出自寧藩的宗室八大山人，在明亡后，便自動放棄了朱姓，自號雪個，后來干脆出家當了和尚，只是把明朝滅亡的日期，偷偷地組成花押簽在他的畫里，以志不忘自己是大明子孫。

周藩分支安昌郡王朱肅渣，在安昌淪陷后，逃往浙東，投奔魯監國以海。舟山失敗，他戰死，其子安昌長子朱某年幼，被母妃攜帶逃出，后為躲避清廷迫害，來到杭州杭凈寺，出家拜豁堂和尚為師，做了和尚，后來到松江一個荒野破庵中偷生。母妃臨死時將王印交給兒子，庵中僧人走漏了消息，結果安昌王長子仍被官府抓捕處死，同庵僧人受牽連而死者數百人。

而在廣東梅縣地區也流傳著一個傳說，說是北京淪陷后下落不明的太子朱慈烺，其實與翰林院編修充東宮講讀的嘉應人李七淳一起潛回了李的家鄉梅縣。后為躲避清廷，太子也削發為僧，取法號“(大下面加羅)和尚”。并在梅州陰那半山中人跡罕到之處，建了一座廟，名叫“紫殿”，又叫“圣壽寺”，后便老死在此深山中。死后，他被當地人尊為“太子菩薩”。

《清稗類鈔·姓名類》記載，明亡后，“天潢貴胄，轉徙流亡，無不改姓自晦”。《罪惟錄·楚昭王楨傳》也記載，楚藩分支祁陽王朱某，在明末楚藩淪陷后逃到福建。后福建淪陷，他與一個叫嚴煒的書生一起“更姓名入瑤中自保”。因此，今瑤族中，也應有明皇族的血統。

《罪惟錄》還記載，有某支宗室出生的諸生，明亡后絕望出家，初在無錫太子庵做和尚，后人又在界燈寺做住持，法號個納，能詩會畫，在當時頗有名氣，但從不與人講起舊時故事。

還有一部分明朝宗室成員，則被迫投降了清朝，接受滿人的統治，以使家族免遭絕嗣斷代之劫。前期投降清朝的有潞王朱常(氵+芳)，其后裔不明。最后也是最大一批投降清朝的是逃到臺灣的那一批。當年國姓爺鄭成功父子收復臺灣后，優禮宗室，所以1661——1663年間，有大批宗室成員渡海來到臺灣。如1663年，遼藩長陽郡王之子寧靖王朱術桂保護魯監國朱以海妃陳氏及遺腹子朱弘桓東渡至臺灣。此間來臺灣避難的還有瀘溪郡王朱慈(火+著)、瀘溪郡府將軍朱慈某、奉新郡府將軍朱慈(火+廣)、奉南郡王朱和睦、益王朱怡鎬、舒成郡王朱慈(火+喜)、樂安郡王朱義浚、巴東郡王朱尊(氵+柬)。這些宗室皇子王孫們受到鄭氏父子禮遇，在臺灣留居幾十年。但到康熙二十二年(公元1683年)，清朝施瑯攻陷臺灣，鄭氏政權降清，逃到這里的明朝宗室大都被俘，被迫投降，接受滿清統治。據說當年施瑯來到臺灣，立即收繳這些皇族宗室的譜牒和印信。清王朝至此一統全國，大局穩固，便假示寬仁，沒有再殺害這批明朝宗室遺民，而是將他們強迫內遷大陸，安置于山東、河南等郡縣。這部分宗室后裔因此能夠傳遞下來。

在臺灣失陷時，寧靖王朱術桂不忍做亡國奴，上吊自殺殉國。他沒生子，以比他低一輩的益王朱怡鎬之子為嗣，取名朱儼珍，當年才七歲。據史書記載，這位朱儼珍被強遷回到大陸后，于1693年被清王朝安置在河南開封府杞縣，后裔遂居于此。

又據資料表明，寧藩的一部分宗室后裔，明亡后仍留居江西，直到今天，仍是江西朱氏中的重要一支。這支家族在清末民國時還續修了《江西八支朱氏宗譜》，至今仍保存在江西省博物館。另湖北沔陽一帶，今天也有明朝宗室后裔存在。

每當朝代鼎革時，新建的王朝總要鏟除前朝皇族。但沒有哪一個政權像滿清王朝一樣，因為自己是異族入侵，做賊心虛，對明朝宗室怕得要命，所以清初對明宗實行血腥的屠殺政策。這給鳳陽朱氏帶來了比明末農民起義更殘酷、更可怕的災難。直到康熙時期(公元1662--1722年)，情況才稍有變化。

康熙七年(公元1668年)，清圣祖愛新覺羅·玄燁才下了這樣一道圣旨：“詔故明宗室子孫眾多，有竄伏山林者，令悉歸田里；有改姓埋名者，姓氏皆復舊。”康熙二十三年(公元1684年)、三十八年(公元1699年)，康熙帝南巡時，又兩次到南京拜祭明開國皇帝朱元璋的葬的孝陵，并下令求訪明朝后裔，使奉守朱氏世祀。但因無法訪察，沒有結果。再到雍正二年(公元1724年)，清世宗胤禛正式訪查出明宗室后裔朱之璉，封為一等侯，入正白旗令世襲，以奉明孝陵的春秋祀事(這樣，明皇族后裔又有一支加入滿族)。至此，明宗室后裔才結束逃亡生活，恢復了普通平民的身份。