整風選賢

駱秉章在擔任湖南巡撫和四川總督時期，都大力整頓吏治。擔任湖南巡撫初始，他就彈劾行事魯莽的茶陵知州李光第、行為不檢的湖南揀發知州長惠等人，湖南官場風氣為之一新。在四川期間，駱秉章對不守軍紀、貪生怕死的將領給予嚴厲處罰，如參將尹士超不遵守命令，擅自行動，遭到處分;四川布政使祥奎收受賄賂，被駱秉章彈劾，革職查辦。駱秉章不但對轄區內的不良官吏嚴加治理、懲處，對其他省的問題官員同樣不留情面。甘肅提督陶茂林所轄部隊因軍餉遭到拖欠而嘩變，南下四川擾亂正常社會秩序。駱秉章十分氣憤，上書朝廷彈劾陶茂林。

駱秉章的整頓收到了積極的效果，他任職的湖南、四川兩地吏治清明，貪腐并非完全沒有，但較之其他地區大有改善。他不拘一格任用賢能，經他的舉薦，一批有才能、有抱負的官員得以快速升遷，如左宗棠、王鑫、胡林翼、劉蓉、蔣益澧、江忠源、蕭啟江、劉長佑等一大批精英人才，他們日后大多成為獨當一面的封疆大吏，在一定程度上緩解了清王朝的統治危機。

改善民生

駱秉章十分重視經濟發展，改善民生。駱秉章擔任湖南和四川地方大員時期，正是太平天國與清朝混戰期間。當時湖南水災頻發，造成糧食減產。為了充實政府的財政收入，不少地方政府要求農民繳納銀兩來代替糧食實物，這讓農民更加苦不堪言，只能拖欠糧食繳納，甚至引發暴動。

為了解決這一重要的民生問題，駱秉章核減錢漕，禁止貪官污吏和不法奸商從中牟利，設立專門稽查機構，選派廉潔士紳負責監督收繳漕糧，減輕地方政府和農民的壓力。那時，駱秉章還解決了湖南食鹽短缺難題。當時湖南70%的州縣都食用淮鹽，由于戰爭的破壞，官府又壟斷食鹽貿易，導致鹽十分貴。為了解民困，駱秉章在湖南增設鹽茶局，對民間鹽和茶葉的買賣加以管理，由官府疏通銷路，推動民間鹽茶貿易的發展。這不僅調動了民間自由貿易的積極性，解決了食鹽短缺、茶葉銷路不暢的問題，又通過征收鹽稅和茶稅，增加了政府收入，取得顯著的經濟效益。

穩定財政

駱秉章在四川時期，發現稅目繁多、稅費過重，于是命人詳細考察各地的稅收，防止貪官污吏私自增設稅種盤剝百姓。看到民眾因為連年遭遇戰亂和起義暴動而十分清貧，壓力巨大，駱秉章便奏請朝廷減輕四川賦稅。他對貧窮落后的城口、松潘、理番等23個州縣免于捐輸，而對田產豐厚的地主富農，則要求其多捐銀并給以封賞。

咸豐三年(1853年)，清政府為了解決財政緊張問題，大量印刷大數額紙幣，導致通貨膨脹，金融混亂。面對失控的局勢，駱秉章當機立斷，果斷終止執行朝廷錯誤的政策，堅決停止鑄造發行大錢，以八成制錢收繳大錢一千的比例回收已經發行的大錢，以此穩定了湖南的金融形勢。

廉潔奉公

駱秉章身為封疆大吏、湘軍統帥，為官領軍數十年，雖然軍功卓越，地位崇高，權傾一時，卻是一名兩袖清風、廉潔奉公的官員，加上他平日慷慨大方，樂善好施，經常接濟同僚和窮人，其清貧令人難以置信。在他死后，成都將軍崇實問駱之侄治喪情形。其侄拿出駱秉章所有的家當，僅箱笥五六具。里面除官服外，其余衣服全是舊衣，其中還有粗布縫制的。余有銀子八百兩，每封都有藩司印花，證明全是官俸銀。崇實大為感動，最后奉旨賞銀五千兩治喪，其侄方才有能力扶柩回鄉。這在晚清政壇極為罕見，左宗棠也被稱為清官，還留下了二萬五千兩存款，李鴻章的遺產更達到了四千萬兩白銀的天文數字，而駱秉章只有八百兩。

治蜀平亂

咸豐十年(1860年)，駱秉章打著“治蜀平亂”的旗號，帶著劉蓉和一支不足萬人的湘軍入川，接任四川總督。他到四川后與太平軍最為強悍的對手翼王石達開部進行了長達三年的決戰。同治二年(1863年)春，石達開主力在與湘軍激戰時被曾與之結盟的彝族土司出賣，遭受重創，在大渡河南岸被困了40多天，仍無法突圍，面臨末路的絕境，迫不得已致函回應駱秉章的招降政策，坦陳“愿一人而自刎，全三軍以投安”，希望“宥我將士，請免誅戮”。駱秉章接受石達開的請求，同意“投誠免死”。于是，石達開義無反顧地走向了湘軍營帳，但是當6000余名太平軍將士集體放下武器后，駱秉章卻變卦了，他下令將200多名太平軍將領和2000余名石達開的親信士卒全部處死，其余4000多人盡數遣散。