明朝末年，李自成等多支農(nóng)民起義隊(duì)伍揭竿而起，攻城略地，漸成汪洋之勢(shì)，黑暗腐朽的明王朝搖搖欲墜。崇禎十年(1637年)。李自成的一支隊(duì)伍進(jìn)攻四川，后沿白龍江，由洮州西人番地，轉(zhuǎn)戰(zhàn)千里。在河州西川與洪承疇所部大戰(zhàn)，義軍受挫，折回洮州，攻羊撤關(guān)，并過今臨潭羊沙鄉(xiāng)，東進(jìn)岷州、西和、禮縣山中。后轉(zhuǎn)戰(zhàn)甘、寧、陜、進(jìn)而直取北京，建立了大順朝。

吳三桂引清兵入關(guān)后，清軍殘酷鎮(zhèn)壓了陜、甘地區(qū)的起義軍，重新恢復(fù)了封建統(tǒng)治。清圣祖康熙七年(1668年)，改鞏昌布政使司為甘肅布政使司，徙治蘭州。蘭州府領(lǐng)河州、今夏河縣拉卜楞以北、大夏河以西屬河州。乾隆二十七年(1762)設(shè)循化撫番廳，轄口外南番21寨，即今夏河縣全部和合作市大部分地區(qū)。卓尼楊土司管內(nèi)轄12掌尕(城區(qū))、外四掌尕(郊區(qū))，全境48旗。洮州、清沿明制。至雍正二年(1724年)改屬鞏昌府。乾隆十三年(1748年)戴衛(wèi)，改為洮州廳。在西固(今舟曲縣)境內(nèi)，順治十二年(1655年)置階州西固分州。雍正七年(1729年)階州改為直隸州。其時(shí)今舟曲境內(nèi)尚有多納趙土司和黑峪寺黃土司轄地。

清王朝正式將青海等地控制以后。進(jìn)一步加強(qiáng)了對(duì)蒙、藏各族人民的統(tǒng)治，規(guī)定青海諸王爺臺(tái)吉等論功罪，定賞罰。定期推選盟長(zhǎng)，按期朝貢。還規(guī)定每年四月，在指定地點(diǎn)，由官軍監(jiān)督進(jìn)行貿(mào)易。雍正九年(1731年)，清政府劃定藏區(qū)各部落牧地。次年，在牧區(qū)派專人普遍征收賦稅，每戶每年征收貢馬，折銀八分。

清初。在洮州、河州等5個(gè)茶馬司所在地，茶馬交易沿襲明代舊制，其中洮馬居其七、岷馬居其三，洮州納馬番人66族，由陜西茶馬御史管轄。招商轉(zhuǎn)運(yùn)川、陜茶葉，交換藏、蒙馬匹。當(dāng)時(shí)、以上馬給茶12篦(每篦10斤)，中馬給茶9篦，下馬給茶6篦。茶入藏區(qū)關(guān)口，均有駐軍巡查，私茶過境，拿官治罪。與藏民交易只準(zhǔn)在集市上進(jìn)行。不準(zhǔn)毆民進(jìn)入內(nèi)地交換。

鴉片戰(zhàn)爭(zhēng)后，以太平天國(guó)革命為標(biāo)志，在全國(guó)各地廣泛掀起了一個(gè)反對(duì)帝國(guó)主義列強(qiáng)、反封建、反民族壓迫的革命高潮。甘南各族人民遙相呼應(yīng)，積極參與了這場(chǎng)斗爭(zhēng)。道光二十六年(1846年)四月。陜甘總督布彥泰派兵置過黃河，進(jìn)軍循化所屬的黑錯(cuò)(今合作市)四溝，搜索前藏族首領(lǐng)昏卜剛究、索努脫巴等人。黑錯(cuò)地區(qū)的藏族人民為免遭清兵屠戮，進(jìn)行了英勇頑強(qiáng)的武裝抵抗。在清兵優(yōu)勢(shì)兵力和大炮的進(jìn)攻下，抵抗斗爭(zhēng)慘遭失敗，但起義軍不畏強(qiáng)暴的精神卻永載史冊(cè)。