一去就是整整一年零四個月，待到1938年他回到中樞，重新出掌政務(wù)處長，依然我行我素。包括老好人翁文灝在內(nèi)，經(jīng)常會遭到蔣廷黻的責(zé)難。朋友們只能連連搖頭：“廷黻的湖南脾氣又發(fā)作了！”然而等待蔣廷黻的，是一次又一次的失望。

蔣廷黻發(fā)現(xiàn)一般人普遍抱怨征兵。經(jīng)過調(diào)查，蔣認(rèn)為現(xiàn)行的征兵制度存在極大的弊端，雖然鄉(xiāng)村損失了100名生產(chǎn)者，但是平均能到前線的士兵最多只有25名，大部分人都利用機(jī)會從營房或行軍途中逃亡。然而當(dāng)蔣廷黻去詢問負(fù)責(zé)兵役的主管時，得到的解釋卻是另一番粉飾太平的說法。于是回到重慶后，蔣主張把征兵的數(shù)目減少一半，將薪餉增加一倍，以加強(qiáng)軍隊(duì)?wèi)?zhàn)斗力。然而他的一片苦心從軍政部長何應(yīng)欽那里換來的答復(fù)卻是：“蔣廷黻神經(jīng)不正常！”

薛岳在湖南任省主席的時候，時常慫恿部下在省內(nèi)大肆搜刮，挪用公款。蔣廷黻在湖南省考察報告中，曾指出省府用于公共衛(wèi)生方面的錢還不到預(yù)算的百分之一。薛岳立即拍電報予以還擊，譴責(zé)蔣廷黻歪曲事實(shí)。聲言自己已在七月份增加了25萬元的公共衛(wèi)生經(jīng)費(fèi)，證明自己對人民福利的重視。蔣廷黻向蔣介石說明實(shí)情：自己提交的報告是根據(jù)五月份的情況編擬的，即使薛岳增撥款項(xiàng)，其數(shù)目對于湖南百姓的保健而言，仍是杯水車薪，無濟(jì)于事的。蔣介石卻出于息事寧人的打算，笑著對蔣廷黻說：“你該知道，你們的報告正在發(fā)生效果中。”

珍珠港事件后，翁文灝請求特別撥款7000萬元在重慶建設(shè)一座新煉鋼廠，蔣廷黻表示贊成。為了確定計(jì)劃的可行性，蔣廷黻特意拜訪俞大維將軍，經(jīng)過俞的解釋，才明白由于工人和燃料所限，實(shí)無再開設(shè)新廠的必要。于是在行政院辯論此提案時，蔣廷黻主張放棄該計(jì)劃。然而，財(cái)政部長孔祥熙卻要充當(dāng)和事佬，采用中國傳統(tǒng)社會里那套慣用手法，先對翁文灝的忠于職守大加贊賞，接著又說明財(cái)政部的困難。然后，轉(zhuǎn)過來又夸了蔣廷黻幾句，如同拉架勸和一般。最后孔做出一個幾乎令蔣廷黻氣炸肺的決定：“因?yàn)槟銈円环揭獡芷咔f，另一方認(rèn)為一分錢都不能撥，我不偏袒你們?nèi)魏我环健Ｎ覜Q定撥四千萬。”

蔣介石

對此決定，蔣廷黻于后來的《回憶錄》中發(fā)出了這樣的慨嘆：

對大多數(shù)類似的事，孔先生的決定是聰明的。但對我說，我卻希望他：要干就撥給翁七千萬，要不干就采納我的意見一文不撥。因?yàn)槠咔f還可以生產(chǎn)一些鋼材，四千萬就等于白白浪費(fèi)。抗戰(zhàn)時期中國的妥協(xié)精神往往就導(dǎo)致上述的結(jié)果。實(shí)際上，這都是因?yàn)橹袊巳狈υ谝粋€時期內(nèi)集中力量從事一件事的習(xí)性所造成的結(jié)果。雖然人們口頭上叫“軍事第一”，但他們心里卻想從事許多與戰(zhàn)爭毫無關(guān)系的事。

我們常聽說委員長喜歡那些唯唯諾諾的人。我知道：委員長左右的人，的確有些本身根本就沒有定見，有些即使有，又深恐委員長對某事事先已經(jīng)有了腹案，一旦自己的意見說出來不合于委員長的腹案，豈不尷尬？因此干脆就不發(fā)表意見。

這些官僚們都是在官場這個“江湖”中摸爬滾打多年的老手，而對蔣廷黻這頭嫩犢子，當(dāng)面打著“太極拳”，背后便露出“黑砂掌”，極力擠對他。而生性天真耿直的蔣還抱著公事公辦、無愧于心的信念橫沖直撞。殊不知，他所面對的官僚集團(tuán)，是十個、一百個甚至一千個蔣廷黻們也無法扳倒的！

當(dāng)然，蔣廷黻也有偶露崢嶸的時候。1942年的一天，政府高層在蔣介石府邸共同討論印度問題。當(dāng)時的觀點(diǎn)分為兩派，一派主張譴責(zé)英國帝國主義，聲援印度，而另一派認(rèn)為幫助印度的做法代價太大，得不償失，雙方互不相讓，一時間搞得房間內(nèi)的氣氛異常緊張。蔣廷黻此時要求發(fā)言，得到蔣介石允許后，他說：“首先我請全體出席人注意一個事實(shí)：盡管大家說了很多，但沒有一個人提出可行的辦法。我認(rèn)為我們實(shí)際能夠做到的，才是真正能夠幫助印度的。我們僅僅能充當(dāng)一個中間人。要充當(dāng)中間人，中國就不能得罪英印任何一方。任何譴責(zé)都或多或少的對于居間調(diào)停有損害。我建議宣傳部應(yīng)該讓報界自由討論，但要請他們注意：盡量避免趨于極端。”聽過蔣的此番主張，有些人認(rèn)為蔣廷黻是重慶政界最大的傻瓜。最后蔣介石綜合各方議論，說：“我們照廷黻的意見做。”事后證明，國際反響尚可。不過，在更多的時候，蔣的主張往往不管對錯，都成為眾矢之的，遭受到眾人圍攻，每每胎死腹中。

十余年京官生涯，蔣廷黻究竟開罪了多少官僚政客？沒有人能夠知曉，因?yàn)閷?shí)在是多得數(shù)不過來。1946年10月，蔣廷黻被迫辭去善后救濟(jì)總署署長職務(wù)的原因即在此。應(yīng)行政當(dāng)局之要求，蔣提出辭呈，并于10月5日偕同新署長舉行交替儀式。蔣廷黻曾致簡短之別辭：

今日舉行儀式之主要目的，乃在使各位有機(jī)會與新署長見面，而在新署長未致詞之前，本人愿略致數(shù)言，藉表寸心。年來總署及各分署同仁均曾為行總工作之推行而盡最大之努力，并有不少犧牲，余謹(jǐn)此致謝。行總乃一規(guī)模宏大之服務(wù)機(jī)構(gòu)，故參加行總工作者必以服務(wù)精神為本旨，深盼各位去除黨派政見之偏見，而繼續(xù)為人類服務(wù)，若新署長歡迎各位繼續(xù)參加行總工作，則余深盼各位仍本服務(wù)精神，安心工作。李副署長曾與余共同計(jì)劃行總之工作，今渠既受政府任命，自應(yīng)繼續(xù)行總之工作。以余個人而言，政府曾賜予以一為人類服務(wù)之機(jī)會，今日各位既有為人類服務(wù)之機(jī)，自應(yīng)不斷努力，新署長工作經(jīng)驗(yàn)較余為多，對行總工作自可勝任，而其成績定較余為良好。