東林黨爭的背景：為何東林黨會大規模清除異己
萬歷二十一年(1593年)三月由吏部尚書孫鑨、左都御史李世達和考功司郎中趙南星主持的癸巳京察，臣僚乘機徇私毀譽，結援同黨，有大批的大臣被罷免，吏部文選郎呂胤昌、給事中王三余，均被斥黜，引起軒然大波。事后言官又劾論吏部稽勛司員外郎虞淳熙、兵部職方郎中楊于庭、主事袁黃。萬歷三十三年(1605年)東林黨人楊時喬與左都御史溫純主持乙巳京察，距癸巳已十二年，期間爆發了“偽楚王案”，形成沈一貫與沈鯉兩大集團的斗爭，沈鯉借機貶謫浙黨官員給事中錢夢皋、鐘兆斗及御史張似渠、于永清，沈一貫則稱病閉門家居，最后內閣只剩朱賡一人，葉向高曾說“廊廟空虛一也;上下否隔二也;士大夫好勝喜爭，三也;多藏厚積必有悖出之釁四也;鳳聲氣習日趨日下莫可挽回，五也”。
萬歷三十九年(1611年)辛亥京察，由年屆八十的吏部尚書孫丕揚主持，徐紹吉、周永春等策劃傾覆東林，被吏部右御郎王圖制止。這時期朝廷的黨爭形成南黨和北黨之爭，互相攻擊，京畿道御史徐兆魁說：“東林所至，傾動一時，能使南北交攻，角勝黨附”。
日后閣部大臣，長久缺員，萬歷帝亦置之不理，《資治通鑒三編發明》說：“楚宗事至是幾十年矣，而廷臣猶以世卿右王之故，相繼論劾，借端攻擊，報復相尋，朝事已不可問”。葉向高先后上疏百余次，力陳：“今自閣臣至九卿臺省，曹署皆空，南都九卿亦只存其二”，“陛下萬事不理，以為天下長如此，臣恐禍端一發不可收也”。吏部尚書孫丕揚曾推薦沈鯉、郭正域、顧憲成、趙南星、高攀龍等，神宗一概不理。萬歷四十五年(1617年)浙黨吏部尚書鄭繼之主持丁巳京察，是神宗朝最后一次京察，齊(亓詩教、周永春)、楚(官應震、吳亮嗣)、浙(姚允文、劉廷元)三黨大肆斥逐東林黨人。至此朋黨之爭，愈演愈烈。泰昌元年(1620年)的移宮案中，楊漣、左光斗等東林黨人擁立太子朱由校繼位有功，趙南星、高攀龍、顧大章、夏嘉遇、周宗建等重新啟用。1623年(天啟三年)東林黨人主京察，又逐齊楚浙黨，明末考核京官的制度成為黨爭的工具。明末國子祭酒倪元璐說：“其始天子靜攝，聽臣工群類之自戰而不為之理，所謂鼠斗穴中，將勇者勝耳。故其時其血玄黃，時勝時敗”
天啟三年(1623年)京察，趙南星掌吏部，力斥浙黨、齊黨、宣黨等三黨官員亓詩教、趙興邦、官應震、吳亮嗣等“先朝結黨亂政”，議當罷黜。
