朱元璋死后，給后人留下了兩個謎團，其一是朱元璋準確的死亡時間，其二是死后到底葬在了何處，這兩個問題至今仍沒有定論。

有關朱元璋的死亡準確時間，有各種說法，一是洪武三十一年(1398年)閏五月初九，一說是閏五月初五，還有說是閏五月初七。就連《明史·惠帝本紀》也是這樣記載：“三十一年閏五月太祖崩。”只是說朱元璋是閏五月死的，而哪一天沒說。

至于朱元璋是哪一天死的倒顯得不是那么重要，即便不知哪一天，至少還能鎖定在閏五月的那幾天里面。而朱元璋的下葬地卻也撲朔迷離，這讓人大為不解。

在南京的民間，廣為流傳著這樣的傳說，朱元璋下葬那天出現了“迷魂陣”，就是南京的十三個城門同時出殯。此說法史書有記載，朱國楨的《皇明大政記》稱，朱元璋下葬那天“而發引，各門下葬”。

在民間，有錢的大戶人家，為了干擾視聽，防止有人盜墓，有意隱藏先人埋葬地點，而一個皇帝如此這般，實在令人不解。在元朝，帝王無陵寢，搞搞迷魂陣倒也合乎情理，既然朱元璋生前都為自己找好了地方，選擇紫金山陽的地塊筑陵，誰不知道他葬在那里，有必要擺迷魂陣，大造假象嗎？

原來，在朱元璋下葬后不久，便傳出朱元璋不是葬在孝陵，而是獨葬在朝天宮，就是今天南京王府大街向南千米右手旁邊的朝天宮，具體地點是“世傳三清殿下為明祖真葬處”。

在前人的文字中同樣可以找出這方面的記載，清代浙東學派代表人物全祖望的《從朝天宮謁孝陵》稱：“終阜衣冠是與非，朝天弓箭更傳疑。難尋玉匣珠襦地，但見神功圣德碑。開國諒無慚漢祖，嗣孫底是學曹丕。當年可笑山陵使，亂命何人為弼違。”這里說的很清楚了，明孝陵僅是朱元璋的衣冠冢，而真正陰間“睡覺”的地方在“宮”(朝天宮)。

民間還有一個說法，來驗證這個觀點。據說當年孝陵內每到夜里就傳出一個婦人的哭聲，原來這是馬皇后的哭聲，后來搞了法事才平靜下來。馬皇后為什么要哭？據說是一人空守一座孤墳，悲傷所致，“后來孝陵傳夜哭，應緣馬后悲孤獨”，即是這個說法。

清代文人甘熙就不認可這個說法，其所著的《白下瑣言》稱，朱元璋花了幾百萬的銀子，造了十幾年，總不應該為馬皇后一個人造的吧。而且朱允炆是很講孝道的一個仁義皇帝，也不忍心把朱元璋葬在陵外的地方啊。

后來又傳出，朱元璋不是葬在孝陵，也非朝天宮，而是離開了南京城，選葬在北京的萬歲山。后經考證，這是以訛傳訛，不可信。

但朱元璋到底是否真的葬在孝陵內，現在并沒有學者能說“一定”二字。在明孝陵“申遺”之前，中山陵園管理局曾專門請南京大學等相關的技術、史學家，經數年科學探測、考古，證明明孝陵未曾被盜，完好無損。

1998年開始，江蘇省地震局地震工程研究院的專家在寶城內，采用無損磁測法(GpM技術)，已經明確發現在寶頂地下深處有一個面積達數千平方米的建筑空間，而且還找到了進入這個空間長達百米的通道走向和入口，無疑寶頂下存在的這個巨大建筑空間只能是明孝陵的地宮，而地宮的入口就在明樓東側十幾米處的寶城城墻下面。

但這并不能證明朱元璋的尸骨就在地宮中，真相恐怕只有等到開挖明孝陵的那一天才能最終揭開。也就是說，朱元璋到底葬在那里，在相當長一段時間內，仍將是一個謎。