張居正在進(jìn)行政治、經(jīng)濟(jì)等方面的改革時(shí)，積極推行“外示羈縻，內(nèi)修戰(zhàn)備”的方針，重視整飭軍備，加強(qiáng)邊防。張居正曾目睹了嘉靖二十九年(1550年)俺答軍隊(duì)圍困北京時(shí)所暴露出來的國防虛弱，軍備廢弛的種種弊端。 有鑒于此，待他執(zhí)政后，“殫心盡力”，決心對(duì)邊防進(jìn)行一番整頓。

張居正一面精心選任駐邊將領(lǐng)，練兵備戰(zhàn)，修治邊防要塞，同時(shí)訓(xùn)令諸將在邊境屯積錢谷，整頓器械，開墾屯田，務(wù)必做到兵精糧足，戰(zhàn)守有備。

在選任邊將時(shí)，張居正所重用和信賴的一批守邊將領(lǐng)，并為保衛(wèi)邊防做出重大的貢獻(xiàn)。在薊州一帶，他任用戚繼光鎮(zhèn)守，練就守邊的精兵，修筑了沿邊防線的“空心敵臺(tái)”，還因地制宜地練習(xí)車戰(zhàn)戰(zhàn)術(shù)，保衛(wèi)了東起山海關(guān)、西至居庸關(guān)長(zhǎng)城一帶沿線的邊防。歷史家稱贊戚繼光鎮(zhèn)守薊州十六年，“邊備修飭，薊門晏然”，戚繼光也深得人民的擁護(hù)和愛戴。李成梁鎮(zhèn)守遼東的紀(jì)功石坊萬歷十一年(1583年)，當(dāng)戚繼光移鎮(zhèn)廣東時(shí)，陳第賦詩送別，詩云：“誰把旌麾移嶺表，黃童白叟哭天邊。”反映了邊境人民對(duì)戚繼光保境安民功績(jī)的景仰和舍不得讓他離去的深情厚意。

在遼東，張居正重用李成梁。李成梁作戰(zhàn)能力高強(qiáng)，善于指揮御敵，威望甚高。在他鎮(zhèn)守遼東期間，曾多次平息東北少數(shù)民族的進(jìn)犯，保衛(wèi)了東北邊境的安寧。

特別值得一提的是在北部的宣府、大同防線，西至延綏、寧夏一帶，張居正重用王崇古，支持王崇古對(duì)俺答所部采取的安撫睦鄰政策，獲得了重大的成績(jī)，使蒙漢兩族人民和睦相處，通好互市，相安無事。

當(dāng)時(shí)朝廷有一部分官僚反對(duì)和俺答設(shè)市貿(mào)易，說這是媾和示弱。但是張居正力排眾議，堅(jiān)持正確的主張。他據(jù)理力爭(zhēng)，反駁說：“讓俺答入貢通好，開設(shè)邊境市場(chǎng)，使邊民互通有無;限立期限，指定地點(diǎn)，嚴(yán)加管束，這不但沒有壞處，反可使邊境安定，屯田耕牧，阻止塞外其他部落的侵?jǐn)_。這樣每年可以節(jié)省調(diào)援邊塞的大批糧食，有什么不好呢？”

由于張居正的大力支持，協(xié)同籌劃，使王崇古在邊塞得以順利執(zhí)行睦鄰政策，在大同、宣府附近設(shè)市貿(mào)易。當(dāng)時(shí)規(guī)定每年限期一月，蒙族人民可以用金銀、牛馬、皮毛和漢族人民交換綢緞、布匹、鐵鍋、鐵釜等物品。雙方各派軍隊(duì)駐守保護(hù)，從此邊境相安無事。對(duì)此，張居正在《九塞稱臣》一詩中躊躇滿志地寫道：“幕南秋色靜王庭，月滿邊關(guān)夜不扃。北地胡兒能漢語，西陲宛馬盡龍形。屯田督護(hù)休乘障，破虜將軍早勒銘。干羽兩階文德洽，九重端拱萬方寧。”

“月滿邊關(guān)夜不扃……九重端拱萬方寧”，并非張居正的無端夸飾。據(jù)《明史》記載：東起延永，西抵嘉峪關(guān)的邊境千里防線，“軍民樂業(yè)，不用兵革，歲省什七”，從而節(jié)省了龐大的軍費(fèi)開支。

張居正還在東南沿海地區(qū)分段設(shè)寨，修整兵船，嚴(yán)申海禁。在他當(dāng)政的萬歷初年，基本上肅清了多年以來一直困擾明廷的“南倭北虜”的邊患。