1939年10月，西南聯(lián)大新生光遠來到昆明時，新校舍已經(jīng)落成。剛來的時候，學(xué)校沒有裝電燈。寢室里是八人一組，公用一盞油燈。圖書館用汽燈。偌大一個圖書館并沒有幾盞，因此搶座位比在電影院購票還要擁擠。光遠寫道：“天未黑，館外黑壓壓地站滿了人，門一開便向里涌，涌進門便分頭向汽燈下面跑，等跑到坐定，低頭一看，往往便會發(fā)現(xiàn)筆記本擠爛了，洋裝書的硬封面擠脫了，筆記丟了。這還是幸運的。不幸的是出了一身汗還分不到一點燈光的人，于是便只有垂頭喪氣地又踏出了倚斜的館門。”那時，聯(lián)大的學(xué)習(xí)氛圍很濃。從內(nèi)地來的、從淪陷區(qū)集中上海再從海道來的，都集在這里，抱著一種希望，想學(xué)到一些什么。那時昆明的鳳翥街很熱鬧，那是昆明以北數(shù)縣上省的馱馬隊駐足的地方，這些莘莘學(xué)子便與販夫走卒為伍，燃馬糞看書。在聯(lián)大上課，課分散，教室更分散，無時不須“馬拉松”。聯(lián)大學(xué)生記錄道：“一課在新舍東北區(qū)，一課在后來改為女生宿舍的南天一柱，或是乾坤正氣大教室，另一課也許在昆北食堂，再一課也許又得跑出大西門到現(xiàn)在師院去，而又一課或者又須跑進城到現(xiàn)在的云端中學(xué)(那時的昆中)，跑到教室，工作并未完，還得搶椅子，因為座位不夠，到遲一步，便只有立著聽課了。”

雖然條件艱苦而清貧，聯(lián)大的課堂卻是大師云集的地方。后來成為翻譯大家的許淵沖在昆中北院一號教室旁聽陳寅恪講“南北隋朝唐史研究”。許淵沖在他的書《逝水年華》中回憶道：“他閉著眼睛，一只手放在椅背上，另一只手放在膝頭，不時發(fā)出笑聲。”錢鍾書那時才20多歲，戴一副黑邊大眼睛，手拿著線裝書和洋裝書，常穿一套淡咖啡色的西裝，有時換一身藏青色的禮服。他除了給“大一”新生開課，還為外文系高年級學(xué)生開了兩門選修課，“歐洲文藝復(fù)興”和“當代文學(xué)”。他講課只說英語，一口牛津腔，要求學(xué)生們學(xué)習(xí)標準的倫敦音。聯(lián)大的課堂上，清華、北大、南開的名教授八仙過海、各顯神通，非常精彩。有朱自清講《古詩十九首》、聞一多講《詩經(jīng)》、陳夢家講《論語》、許駿齋講《左傳》、劉文典講《文選》、唐蘭講《史通》、羅庸講“唐詩”、浦江清講“宋詞”、魏建功講《狂人日記》、馮友蘭講哲學(xué)等等。聯(lián)大不但校內(nèi)名師云集，校外名人來演講的也不少。茅盾、老舍、范長江都來聯(lián)大作過大報告；孫伏園、曹禺來作過小報告；巴金、沈從文、蕭乾來參加過座談會。聯(lián)大沒有禮堂。一些重要的演講就安排在昆華中學(xué)北院進行，有的就在云南大學(xué)禮堂舉行。

抗戰(zhàn)期間，考古學(xué)家董作賓、科學(xué)社社長任鴻雋、政治學(xué)家羅隆基、甲骨文研究權(quán)威陳夢家和長老會傳教士W.H。克拉克都被學(xué)生自治會邀請來聯(lián)大演講。在學(xué)生自治會的協(xié)助下，錢端升談美國與東亞的關(guān)系，何永佶談英國與東亞的關(guān)系，洪思齊談蘇聯(lián)與東亞的關(guān)系，賀麟談青年與信仰，沈從文、朱自清、羅常培和聞一多則探討各種文藝問題。抗戰(zhàn)時期，聯(lián)大在昆明為大學(xué)生提供了一塊相對遠離戰(zhàn)亂與喧囂的精神家園。據(jù)美國學(xué)者杜易強統(tǒng)計，僅僅是1942年秋，一個學(xué)期下來，“國文學(xué)會和歷史學(xué)會聯(lián)合舉辦的文史論壇就推出了聯(lián)大教授主講的20多場講座，每位演講人在自己的領(lǐng)域都有深湛的造詣”。

1941年初，昆明已屢有空襲。到了8、9月，學(xué)校大遭轟炸，圖書館、飯廳、教室、寢室都有損壞，聯(lián)大同學(xué)當時是“床床雨漏無干處”。跑警報逐漸成了日常課程。費孝通后來寫道：“警報密的時候，天天有；偶然也隔幾天來一次。我在這些日子，把翻譯《人文類型》排成早課。大概說來，十點左右時最可能放警報的。一跑可能有三四個鐘頭，要下午一二點鐘才能回來。所以，一吃過早點，我太太就煮飯，警報來時，飯也熟了，燜在鍋里，跑警報回來，一熱就可以吃。”有一次躲警報回來，“文化巷已經(jīng)炸得不大認識了。……哭聲從隔壁傳來，前院住著一家五口，抽大煙的父親跑不動，三個孩子，一個太太，伴著他，炸彈正落在他們頭上，全死了。親戚們來找他們，剩下一些零碎的尸體。在哭。更壞的一件一件傳來。對面的丫頭被反鎖在門里，炸死了。沒有人哭，是殉葬的奴隸。我鼓著膽子出門去看，幾口棺材擋著去路，血跡滿地。我打了一個惡心，想吐，連忙縮了回來。……城里的轟炸從那時起一直到‘飛虎隊’光臨，足足有兩年，著實兇惡了不少”。在戰(zhàn)爭中，畢生的學(xué)術(shù)成果可能毀于一顆炸彈，也可能消失在一次空襲警報的混亂中。無論什么時候跑警報，金岳霖教授都攜帶著《認識論》的稿子，這部稿子花了他近30年心血的成果。躲在小山坳里避難時，他就坐在那件寶貝上，格外注意防范。一天，空襲警報解除之后，他匆匆忙忙往城里趕。剎那間，他意識到自己把手頭的巨著丟下了，便趕緊返回原地，但書稿已經(jīng)不見蹤影。事隔差不多40年后，他調(diào)侃著回憶，“很可能被別人拿去包花生米了”。他重寫了全部70萬字的書稿。

戰(zhàn)時的研究者是在極其惡劣的條件下工作的。藏有珍稀典籍的圖書館和配有最新科學(xué)設(shè)備的實驗室都擱置在淪陷區(qū)。運出的藏書和儀器要么毀于途中，要么在到達目的地時已七零八散。從化學(xué)用品到書寫用紙，基礎(chǔ)材料的供應(yīng)都很吃緊。中國科技史專家李約瑟在1943年3月訪問云南后，發(fā)現(xiàn)自然科學(xué)的每個學(xué)科都有人在簡陋至極的實驗室里堅持工作。那時，戰(zhàn)時科學(xué)研究最有成果的階段已經(jīng)過去了。戰(zhàn)時在云南開展的大量研究，尤其是理工科的項目，都是在昆明僻遠的鄉(xiāng)村進行的。清華的無線電研究所設(shè)在大普吉，距昆明城有五六公里路。清華的農(nóng)業(yè)研究所病害組也設(shè)在大普吉。沈同教授在泥地瓦屋這樣簡陋的小屋里繼續(xù)開展動物生理學(xué)研究。戰(zhàn)時，數(shù)學(xué)系的華羅庚發(fā)表了20多篇論文，以他的第一部通論性著作《堆壘素數(shù)論》獲得教育部嘉獎。由于設(shè)備極度缺乏，實驗科學(xué)的研究成果削減得最為厲害。聯(lián)大的實驗物理相當薄弱。

北大的吳大猷認識到，除非中國最重要的學(xué)者在一定程度上繼續(xù)保持研究的技能和精神，否則戰(zhàn)后不可能開展學(xué)術(shù)建設(shè)。為了維持科研水平，他開始自行設(shè)計器材，利用搶救出的分光儀的光學(xué)部分，加上一具同事從美國帶回來的低壓汞弧燈，在崗頭村一個小泥屋里的臨時木架上拼湊成一個簡陋的分光儀，研究拉曼效應(yīng)。曾經(jīng)留學(xué)劍橋的趙忠堯和張文裕則繼續(xù)做實驗研究宇宙射線。后來獲得諾貝爾物理學(xué)獎的楊振寧曾回憶，他后來的工作，包括他獲得諾貝爾獎的研究，都可以追溯到他在聯(lián)大時期在吳大猷指導(dǎo)下寫的學(xué)士論文；而他的碩士導(dǎo)師、畢業(yè)于劍橋的王竹溪，是昆明“最熱情最淵博的教授之一”。1945年，楊振寧進入芝加哥大學(xué)深造，師從著名學(xué)者費米(Enrico Fermi)和泰勒(Edward Teller)，卻驚奇地發(fā)現(xiàn)，“在芝加哥課堂上的收獲并不比我在中國所學(xué)到的多”，因為中國的老師在教學(xué)上“更認真，準備更充分，內(nèi)容也更深”。

1941年初，“皖南事變”爆發(fā)。年底，美國加入反法西斯的陣營。“皖南事變”發(fā)生后，壓抑的氣氛迫使學(xué)生退出政治行動，回到課本，滿足于茶館和電影院的小樂趣；“左派”被迫轉(zhuǎn)入地下活動，宣告了聯(lián)大三年來活躍政治氛圍的終結(jié)。陳納德及其“飛虎隊”來到中國，幫助擊退了日機，基本上消除了空襲的威脅。而就在這一年，通貨膨脹開始加劇，不停地蠶食著聯(lián)大沉潛研究的極其有限的資金保障。“皖南事變”以來，三青團和群社一度熱火朝天的政治辯論漸漸沉寂。聯(lián)大學(xué)生要么埋頭苦讀，要么泡茶館、打橋牌、跳舞打發(fā)時間；剛開始的激情四溢，而今意興闌珊，暮氣橫生。

對教授們來說，在通貨膨脹的形勢下憑著薪水養(yǎng)家糊口，戰(zhàn)爭歲月里在云南的生活一點也不浪漫，相反，是沮喪失意的。1943年，蔣夢麟校長在給當時在華盛頓任駐美大使的胡適的一封信中寫道：“聯(lián)大苦撐五載，一切緣軌而行，吾輩自覺不滿，而國中青年仍視為學(xué)府北辰，盛名之下，難副其實。圖書缺乏，生活困苦(物價較戰(zhàn)前漲百倍以上)，在此情形之下，其退步非人力所可阻止。弟則欲求聯(lián)大之成功，故不惜犧牲一切，但精神上之不痛快總覺難免，有時不免痛責(zé)兄與雪艇、孟真之創(chuàng)聯(lián)大之議。”北大語言學(xué)家羅常培描繪了一幅更加慘淡的畫面：“在昆明住了六年，頗有沉悶孤寂之感！……絕對的同行……偶爾寫一點東西，錯處沒人修正，好處沒人欣賞……我漸漸失去了學(xué)術(shù)重心，專以文科而論，如錫予、如覺明，都是想做些事的，一則限于經(jīng)費，一則限于領(lǐng)導(dǎo)者的精力，處處都使工作者灰心短氣。”1943年5月，費正清訪問昆明時發(fā)現(xiàn)，營養(yǎng)不良的“聯(lián)大教授坐在太陽下喝茶，什么事都不想做”。

希望維系一個寧靜學(xué)術(shù)和精神家園的聯(lián)大，最終無法抗拒卷入抗戰(zhàn)與政治的浪潮中。1943至1944年冬天，西南地區(qū)的城市開始正式招募學(xué)生參加軍事服務(wù)，駐華美軍及美國人在印度訓(xùn)練的遠征軍，人數(shù)越來越多，他們特別需要譯員與中方溝通。就在“珍珠港事件”爆發(fā)前，美國志愿軍(即“飛虎隊”，后來的第14航空隊)抵達昆明時，有些聯(lián)大學(xué)生響應(yīng)號召參加雙語志愿團。1944年4月，聯(lián)大教授會表決要求，畢業(yè)班所有身強體壯的男生投筆從戎當譯員。激進的革命力量也在醞釀著。1943年10月的一天，有個學(xué)生經(jīng)過新校舍一間教室，聽見聞一多高亢的聲音，他朗誦了《呈在大風(fēng)沙里奔走的崗衛(wèi)們》之后，放言高論：“我們沉醉在軟弱的弦調(diào)里太久了，我們需要鼓的音樂！鼓的敲擊使我們想到戰(zhàn)斗。什么是鼓的時代？戰(zhàn)爭的時代！”