14世紀(jì)開(kāi)始的歐洲宗教改革到16世紀(jì)路德和加爾文時(shí)期達(dá)到頂峰，基督教內(nèi)部由此發(fā)生了巨大震蕩，失去了歐洲北部轄區(qū)的羅馬教皇損失慘重。但一部分知識(shí)分子出生的基督徒徒站在了教皇一邊，決定以自己的努力挽回頹勢(shì)，赴東方傳教和擴(kuò)大影響力，將在歐洲的損失從別的地方挽回來(lái)，由此建立了不少組織，其中耶穌會(huì)是最大的男修會(huì)。該會(huì)1534年由西班牙貴族羅耀拉在巴黎大學(xué)創(chuàng)立，1540年得到教皇保羅三世批準(zhǔn)。羅耀拉先后在巴塞羅那阿爾卡拉和薩拉曼加等大學(xué)、巴黎大學(xué)攻讀，創(chuàng)辦了羅馬學(xué)院和德國(guó)學(xué)院。他的經(jīng)歷決定了其宗教活動(dòng)具有尊重科學(xué)知識(shí)的眼光和條件。

經(jīng)受了宗教改革猛烈沖擊的天主教也在反思自己的過(guò)失，從內(nèi)部完善和改革。

比如羅耀拉不滿羅馬教會(huì)僧團(tuán)的腐朽無(wú)能，他按軍事組織原則建立自己的僧團(tuán)。耶穌會(huì)不再奉行中世紀(jì)宗教生活的許多規(guī)矩，如必須苦修和齋戒、穿統(tǒng)一制服、過(guò)隱修生活，而可以滲入社會(huì)各個(gè)階層，參與各種活動(dòng)。如開(kāi)辦學(xué)校、醫(yī)院、投資工商業(yè)、進(jìn)行科學(xué)研究，等等。還可以出入宮廷，擔(dān)任懺悔師，以此推進(jìn)海外傳教。到東方的傳教士最早的有圣方濟(jì)各·沙勿略，1556年圣羅耀拉去世后，其會(huì)士已遍布全世界。到中國(guó)的傳教士中影響最大的有利瑪竇、湯若望、南懷仁等。

不論耶穌會(huì)對(duì)教皇的愚忠達(dá)到了什么程度，但從其可以跟政商學(xué)各界往來(lái)這一點(diǎn)，就足以說(shuō)明耶穌會(huì)的傳教完全可以歸為文化交流，而不能以文化侵略一言蔽之。尤其在西方對(duì)中國(guó)大規(guī)模武力活動(dòng)尚未開(kāi)始、歐洲教會(huì)和王權(quán)對(duì)立的時(shí)代，將其認(rèn)定為政治軍事侵略先鋒之類更是妄談。他們通過(guò)獨(dú)立的文化活動(dòng)搭建起了東西方文明交通的橋梁。雖然后來(lái)由于雙方各自的失誤，兩種文明失去了繼續(xù)交流的寶貴機(jī)會(huì)，最終以鴉片和打炮代替和平交流，但留給人們很多思考空間。尤其沙勿略對(duì)文化交流的思考，極有參考意義。

1540年，沙勿略作為耶穌會(huì)的首批傳教士前往印度、日本等地傳教。他在印度傳教時(shí)得出的經(jīng)驗(yàn)是必須有品德高潔學(xué)識(shí)淵博的傳教士才能完成使命；在日本的經(jīng)驗(yàn)是要想傳教必須學(xué)會(huì)本地文字；要想在東方增加基督教的魅力，必須利用西方已經(jīng)發(fā)展起來(lái)的自然科學(xué)為工具。沙勿略46歲因瘧疾病故，未能踏上中國(guó)大陸。但他的努力激勵(lì)了耶穌會(huì)的后人；他的傳教經(jīng)驗(yàn)通過(guò)書(shū)信傳到歐洲，成為后繼者傳教的寶貴經(jīng)驗(yàn)和敲門磚。1582年利瑪竇得以成功地將基督教傳入古老的中國(guó)，從他的行為中足見(jiàn)他對(duì)沙勿略經(jīng)驗(yàn)的利用及作用。比如他本人取中文名字，學(xué)漢語(yǔ)并以中文版本傳教、穿中國(guó)服裝、精心傳播科學(xué)知識(shí)，等等。他還將中國(guó)文化中敬天的元素用于宗教命名，將基督教翻譯為天主教；改革天主教葬禮，比如將全身涂橄欖油改變?yōu)轭~頭涂油，以就中國(guó)男女禮節(jié)和風(fēng)俗。這些入鄉(xiāng)隨俗的文化活動(dòng)極大地減輕了傳教阻力。

目的和手段有時(shí)會(huì)倒置，耶穌會(huì)的傳教和從事科學(xué)活動(dòng)，一定程度上就發(fā)生了如此錯(cuò)位。

利瑪竇解釋來(lái)中國(guó)的原因時(shí)說(shuō)：“我們是從遙遠(yuǎn)的西方而來(lái)的教士，因?yàn)檠瞿街袊?guó)，希望可以留下，至死在這里侍奉天主。”但當(dāng)他以科技活動(dòng)在中國(guó)上層圈子里活動(dòng)順利時(shí)，不知不覺(jué)將主要注意力轉(zhuǎn)移到了這個(gè)方面。利瑪竇的后繼者湯若望、南懷仁、白晉、衛(wèi)匡國(guó)、柏應(yīng)理，等等，都因?yàn)閭鞑タ萍加泄Γ谥袊?guó)上層有非常廣泛的人脈。傳教士還用奎寧治好了康熙皇帝的瘧疾，西醫(yī)也得到康熙皇帝及上層社會(huì)的贊譽(yù)。南懷仁還是康熙皇帝的科學(xué)啟蒙老師，精通天文歷法、擅長(zhǎng)鑄炮，是當(dāng)時(shí)國(guó)家天文臺(tái)（欽天監(jiān)）業(yè)務(wù)上的最高負(fù)責(zé)人，官至工部侍郎，正二品。

羅馬教廷不可能徹底忘了這批傳教士。

當(dāng)差使將他們?cè)谥袊?guó)承認(rèn)和容忍教徒拜天祭祖等消息帶到西方后，引起了教會(huì)和宗教裁判所的憤慨，他們指斥傳教士失職，批評(píng)中國(guó)人拜天祭祖是迷信，要求傳教士回西方參加辯論。耶穌會(huì)士們寫了關(guān)于中國(guó)信仰和文化的文字預(yù)備到歐洲應(yīng)對(duì)答辯，說(shuō)明中國(guó)人的祭祖拜天地都不是迷信，而是禮儀。他們將此文件讓康熙皇帝過(guò)目。康熙不僅站在他們一邊支持，還對(duì)文書(shū)進(jìn)行了高度評(píng)價(jià)：“書(shū)甚善，諧于天道。敬天事主，法祖尊師，孝父母，乃吾天下臣民習(xí)俗。此書(shū)固善，無(wú)需勘改。欽此！”御筆很少如此不吝，康熙的誠(chéng)懇態(tài)度由此可見(jiàn)。

但羅馬教會(huì)毫不讓步，雙方的對(duì)立不可避免地發(fā)生了，這批傳教士的教籍與身份甚至人身安全都成了問(wèn)題，如果他們回去的話。

在這種情況下，康熙皇帝對(duì)在華耶穌會(huì)教士們說(shuō)：你們別回去了，就在中國(guó)傳教，我可以給你們發(fā)綠卡（當(dāng)時(shí)是一個(gè)紅本本）。那批耶穌會(huì)士中的不少最后就是死在了中國(guó)。北京車公莊的外國(guó)傳教士墓葬群中，長(zhǎng)眠著包括湯若望、南懷仁等人的一批外國(guó)傳教士，其中就有拿到中國(guó)綠卡的。