早在晚清時代，中國政府就曾向全世界宣示過中國對南海的漁業主權，并對中國漁民進行有效保護。

1895年，中國在甲午戰爭中失敗，被迫割讓臺灣島和澎湖列島，南海的東北大門洞開，日本成為清末中國在南海的最大威脅。日本打出“殖產興業”的旗號，想攫取南海的資源。1901年夏，日本商人西澤吉次遇風漂到東沙群島中最大島嶼——東沙島，發現東沙島上存在豐富的磷礦資源。次年，西澤吉次率人竄入東沙島，竊取磷肥回臺灣出售，引起清政府的注意。同年，清政府派官員到東沙島巡查，并豎紀念碑作為主權標志。

侵略者焚毀島上中國居民遺骸

1906年以后，日本政府推動所謂“水產南進”，日本船只“長風”號和“四國”號先后侵入東沙海域，驅趕中國漁民，搗毀中國的主權碑，拆毀東沙島上的廟宇。喪心病狂的日本侵略者竟將島上百余座中國居民的陵墓用鐵器掘開，挖出遺骸，焚化后推入水中。在銷毀中國人居住的痕跡之后，西澤吉次在島上懸掛日本旗，宣稱占據“無主土地”，并擅自將島嶼命名為“西澤島”。同年，日本漁船大舉南下，一直竄到南沙群島，掠奪中國漁業資源。日本海軍也蠢蠢欲動，試圖為日本商人和漁民的侵略活動“保駕護航”。據史料記載，1907年冬，“日本突由從臺灣方面開來軍艦一艘、商輪一艘，滿載軍火及日民，圖謀占我東西沙島”，遭到中國漁民的堅決抵抗。

確鑿證據日本人被迫撤離

清朝外務部責令兩廣總督張人駿查明東沙情況，對日交涉，同時命令南洋大臣派出軍艦巡查。張人駿約見日本駐廣東領事賴川淺之進，該領事自以為島上寺廟陵墓已毀，狡辯稱中國需拿出管轄的確切證據。

清政府在短期內找到了證明東沙群島屬于中國的歷史文獻，如王之春著《國朝柔遠記》、英國海軍海圖官局編《中國江海險要圖志》等和中文、英文的地圖。在外交斗爭的同時，廣東水師提督兼南北洋海軍統領薩鎮冰派出飛鷹號兵艦和海關的艦只兩次巡查東沙群島。飛鷹號是19世紀90年代從德國購進的，時速達30海里，是甲午戰爭之后中國海軍的主力艦艇之一。最終，日本方面在確鑿的人證物證前啞口無言，1909年被迫承認東沙島為中國固有領土，侵占該島的日本人撤離，并賠償中國漁民的損失，補交侵占期間中國損失的稅款。

在反抗日本侵占東沙的斗爭中，中國漁民堅持在第一線，清朝中央外交機構、地方政府和海軍密切配合，進行了有勇有謀、有理有節的斗爭，取得了晚清反侵略史上罕見的勝利。

此后，水師提督李準率兵分乘“伏波”、“深航”諸艦，巡視西沙和南沙群島并于永興島升旗鳴炮，公告中外，重申南海諸島為中國領土。清政府本來打算在南海諸島進一步加強守備，建立無線電臺，后由于辛亥革命爆發未能實現。