蔡元培參與組建了“軍國民教育會暗殺團”，將愛國女校作為聯(lián)絡(luò)革命黨人的據(jù)點、組織暗殺敵人和革命暴動的機關(guān)，向高年級學(xué)生講授法、俄近代史和一些暗殺知識，并與陳獨秀、章士釗等革命者在密室中學(xué)習(xí)制造炸藥等武器，準(zhǔn)備暗殺清廷大員。

1868年1月11日，蔡元培出生在浙江省紹興府山陰縣(今紹興市越城區(qū)蕭山街筆飛弄13號)一個比較富裕的家庭。1892年，25歲的蔡元培經(jīng)殿試進士及第，被點為翰林院庶吉士，殿試策論成績?yōu)槎兹拿饩w帝師翁同龢稱贊他是“年少通經(jīng)、文極古藻”。1894年春，蔡元培應(yīng)散官試，被授職翰林院編修。

受維新思想影響，蔡元培屢屢向朝廷提出革新圖強的建議，卻絲毫沒有被采納。“百日維新”后，維新派人物遭到頑固派鎮(zhèn)壓。殘酷的現(xiàn)實使蔡元培感覺到，需要培養(yǎng)一批年輕人，形成一個組織或團體，才有力量與清政府作斗爭。基于此種理念，他棄官回鄉(xiāng)，從事教育工作，先后出任紹興中西學(xué)堂監(jiān)督、嵊縣剡山書院院長。

1900年夏天，蔡元培離開故鄉(xiāng)前往上海，成為上海南洋公學(xué)特班總教習(xí)。1902年4月，蔡元培與蔣觀云、章太炎等創(chuàng)辦了中國教育會，他擔(dān)任了會長。同年11月下旬，上海南洋公學(xué)因壓制學(xué)生思想言論自由，發(fā)生了200多名學(xué)生的退學(xué)風(fēng)波，學(xué)校當(dāng)局將學(xué)潮的責(zé)任推到蔡元培的頭上，說與他平時在學(xué)生中提倡民權(quán)有關(guān)。

出于對當(dāng)局的不滿，蔡元培憤然退出了南洋公學(xué)，著手創(chuàng)辦愛國學(xué)社、愛國女校。由于辦學(xué)經(jīng)費不足，他不顧兒子病重，外出籌款。他剛到碼頭，家人就來報信說兒子剛剛?cè)ナ馈椴坏⒄`時間，蔡元培委托中國教育會的同事辦理兒子的后事，揮淚登上了開往南京的輪船。經(jīng)過他的努力，幾天后便帶著借來的6000元辦學(xué)經(jīng)費回到上海。他在愛國女學(xué)校開學(xué)典禮演說中闡述辦學(xué)的宗旨時強調(diào)：“本校初辦時，在滿清季年，含有革命性質(zhì)。革命精神所在，無論其為男為女，均應(yīng)提倡，而以教育為根本。”

1903年初，杭州求是學(xué)堂(浙江大學(xué)的前身)、南京江南陸師學(xué)堂等校學(xué)潮風(fēng)起云涌，蔡元培給予聲援和多方支持。他與蔣觀云、章太炎等創(chuàng)辦的中國教育會、愛國學(xué)社、愛國女校等，積極開展愛國、反帝革命活動，師生平時高談革命，言論極其自由。中國教育會還在江蘇創(chuàng)辦分會、學(xué)堂等，與愛國女校相互配合，共同反清，發(fā)展勢頭良好。

為反對沙俄入侵東三省，蔡元培還在章太炎等創(chuàng)辦的《蘇報》上撰寫文章，揭露清政府的腐敗專制。他指出：“中國人現(xiàn)在有家無國，應(yīng)該造就一個強大的新中國。”他還與上海反清人士以對俄同志會的名義，創(chuàng)辦了《俄事警聞》(后改《警鐘日報》)，聲討俄、日霸占東三省的罪行。與此同時，愛國學(xué)社還組建了抗俄義勇隊，蔡元培剪了頭發(fā)，身穿制服，天天與學(xué)生們在一起進行軍事操練。這些活動很快引起了清政府的警覺，當(dāng)局下令對其偵訊，蔡元培只好輾轉(zhuǎn)青島、紹興、上海等地，甚至出走日本，其間仍繼續(xù)從事教育和革命活動。

得知章太炎和愛國學(xué)社成員鄒容被捕的消息，蔡元培義憤填膺。他認(rèn)為：改良主義在中國行不通，必須采取暴力行動，才能推翻清政府。他參與組建了“軍國民教育會暗殺團”，將愛國女校作為聯(lián)絡(luò)革命黨人的據(jù)點、組織暗殺敵人和革命暴動的機關(guān)，向高年級學(xué)生講授法、俄近代史和一些暗殺知識，并與陳獨秀、章士釗等革命者在密室中學(xué)習(xí)制造炸藥等武器，準(zhǔn)備暗殺清廷大員。

1904年冬天，蔡元培與同鄉(xiāng)陶成章等商定，將原來的“軍國民教育會暗殺團”改組擴大為光復(fù)會，他當(dāng)選了光復(fù)會會長，并吸收徐錫麟、秋瑾為光復(fù)會骨干，此后又吸收朱瑞、呂公望等一批人士為光復(fù)會會員，壯大了光復(fù)會的組織和力量。1905年10月，孫中山接見并委任蔡元培為同盟會上海分會負(fù)責(zé)人。由于他在江浙滬一帶聲望很高，為光復(fù)會、同盟會組織的建設(shè)和開展一系列革命活動發(fā)揮了重要作用。

在多年從事革命活動中，蔡元培逐漸意識到：對知識分子來說，必須用新的思想、新的知識武裝自己。要像孫中山那樣，到國外去學(xué)習(xí)先進的文化知識，用新的觀念、新的方法觀察中國的現(xiàn)象、解決中國的問題。1907年5月，蔡元培前往德國萊比錫大學(xué)留學(xué)，并研究心理學(xué)、美學(xué)、哲學(xué)諸學(xué)科知識。在德4年，他編著了《中國倫理學(xué)史》等一批學(xué)術(shù)書籍，為未來的學(xué)術(shù)生涯奠定了堅實的基礎(chǔ)。

辛亥革命爆發(fā)后，蔡元培從陳其美處得到消息，馬上取道西伯利亞回國。隨著中華民國臨時政府在南京成立，蔡元培就任南京臨時政府教育總長。教育部在蔡元培領(lǐng)導(dǎo)下對公眾征求可能的國歌，后來頒布了由沈恩孚作詞、沈彭年譜曲的國歌擬稿，歌名叫《五旗共和歌》。次年1月19日，蔡元培頒布了《普通教育暫行辦法》，強調(diào)要把中學(xué)和大學(xué)建設(shè)成健全國民的學(xué)校，并主持制定了中國史上最初的《大學(xué)令》和《中學(xué)令》。

1912年7月，蔡元培因不愿與袁世凱政府合作而辭職，再次赴法國從事學(xué)術(shù)研究。在留歐的3年時間里，又編撰了不少哲學(xué)、美學(xué)著作。1915年6月，蔡元培與李石曾、吳玉章等發(fā)起組織華法教育會，倡導(dǎo)勤工儉學(xué)，希望借此依次組織幫助更多華人青年到歐洲求學(xué)，開闊視野。

1916年，北京政府明令恢復(fù)《臨時約法》，孫中山、黃興等革命黨人紛紛回國。這年11月8日，蔡元培與吳玉章一起乘船由馬賽回到上海。同年12月26日，49歲的蔡元培受命擔(dān)任北京大學(xué)校長。次年1月，蔡元培發(fā)表就任北京大學(xué)校長的演說，他對學(xué)生提出三點要求：一是抱定宗旨，二是砥礪德行，三是敬愛師長。上任后，蔡元培即聘請《新青年》主編陳獨秀為文科學(xué)長，并聘請李大釗、胡適、錢玄同等“新派”人物在北大任教，采用“思想自由，兼容并包”的辦學(xué)方針，實行“教授治校”的制度，提倡學(xué)術(shù)民主，支持新文化運動，努力改變北大的混亂局面。

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從1917年1月開始，蔡元培先后三度擔(dān)任了北京大學(xué)校長。隨著1919年巴黎和會上列強將德國在山東的權(quán)益轉(zhuǎn)交給日本的消息傳來，五四運動爆發(fā)，蔡元培領(lǐng)導(dǎo)北大師生同北洋政府的賣國行徑進行了堅決的斗爭。當(dāng)權(quán)者惱羞成怒，揚言要燒北大的房子，并揚言以300萬現(xiàn)金買兇暗殺蔡元培。為防止北大和北大學(xué)生受損失、抗議當(dāng)局的惡劣行徑，5月9日，蔡元培辭去北大校長職務(wù)。1920年11月至1921年8月，蔡元培在歐洲各國考察了25所大學(xué)，在美國訪問了12所大學(xué)。1921年，法國政府授予他“榮光寶星”稱號，里昂大學(xué)授予他文學(xué)博士榮譽學(xué)位，紐約大學(xué)授予他法學(xué)博士榮譽學(xué)位。1927年他回國擔(dān)任南京政府大學(xué)院院長(教育部長)、1928年4月任中國研究院院長，為中國教育和科研事業(yè)做出了卓越貢獻。1932年底，他擔(dān)任了中國民權(quán)保障同盟副主席。1939年7月，他又當(dāng)選國際反侵略大會中國分會主席，為中國和世界的和平而努力。1940年3月5日，蔡元培在香港醫(yī)院病逝，享年73歲。全國各地都為他舉行了隆重悼念活動，中共中央向其家屬發(fā)去唁電表示慰問，毛澤東在延安發(fā)出的唁電中稱他為“學(xué)界泰斗，人世楷模”。