岳飛小朝廷把農(nóng)民反抗斗爭看作比金軍入侵還更危險(xiǎn)。在金兵暫時(shí)撤退、宋金形式發(fā)生急劇變化以后，高宗立即把南宋領(lǐng)兵抵御金軍的大將韓世忠、劉光世、張俊、岳飛等從抗金前線調(diào)離，分頭去鎮(zhèn)壓各地的農(nóng)民起義。建炎四年（1130），江南東路信州地區(qū)農(nóng)民不堪王琰潰軍的劫掠騷擾，在王宗石領(lǐng)導(dǎo)下，二十萬農(nóng)民奮起反抗。高宗派遣以畏避金軍聞名的劉光世前去鎮(zhèn)壓，結(jié)果這二十萬起義群眾被這支對(duì)外如綿羊、對(duì)內(nèi)如虎豹的“官軍”殘酷屠戮殆盡。同年七月，福建建州爆發(fā)了以范汝為首的群眾起義，人數(shù)迅速擴(kuò)大到十萬以上。紹興元年，高宗調(diào)遣韓世忠為福建、江西、荊湖南北路宣撫使，前去鎮(zhèn)壓。起義群眾堅(jiān)守建州城，終于不敵擁有精良武器、訓(xùn)練有素的韓世忠軍隊(duì)猛烈進(jìn)攻、最后遭到血腥鎮(zhèn)壓。岳飛歸隸張俊，被調(diào)往鎮(zhèn)壓江西虔（江西贛縣）、吉（江西吉安）農(nóng)民起義。

建炎四年初，南侵金軍窮追逃向虔州的隆佑太后時(shí)，沿路焚燒搶掠，給虔吉一帶造成極大的破壞；而護(hù)送隆佑太后的衛(wèi)軍也沿途明搶暗奪，行同強(qiáng)盜，激起群眾的反抗。陳辛率領(lǐng)數(shù)萬憤怒的群眾向住在景德寺的孟太后申訴。孟太后居然指使衛(wèi)軍殺出景德寺，"縱火肆掠”。虔州城幾乎被焚燒殆盡。官逼民反，從1130年至 1136年江西農(nóng)民起義的烈火一直在延燒。建炎四年十二月十五日，虔化縣原虔州鄉(xiāng)貢進(jìn)士李敦仁與其弟李世雄等招集本縣六鄉(xiāng)數(shù)萬人在羅源起事，攻占石城縣等四縣，又轉(zhuǎn)攻福建汀州寧化縣、清流縣。南宋政府用剿撫兩手予以鎮(zhèn)壓。歷時(shí)一年之久，于紹興元年十二月，為江東路安撫大使司統(tǒng)制官郝政、顏孝恭所“剿戮盡凈 ”。吉州的彭鐵大、李動(dòng)天，虔州陳喁、羅閑十等領(lǐng)導(dǎo)的農(nóng)民起義軍擁兵十余萬結(jié)寨五百余處，互相連結(jié)，互為呼應(yīng)，聲威擴(kuò)及江西、福建、廣東叁省。

紹興叁年暮春叁月，神武副軍都統(tǒng)制岳飛奉詔前去鎮(zhèn)壓，但軍事費(fèi)用尚無著落。堅(jiān)持“不打擄”的岳飛不得不向朝廷請求支撥給養(yǎng)裝備。因?yàn)槭瞧蕉ā皟?nèi)亂”，高宗立即下詔，命令諸路漕臣督辦軍馬錢糧、戶部撥給岳飛做春裝的綢一萬五千匹、吉州榷貨務(wù)轉(zhuǎn)賜行軍費(fèi)叁萬緡。當(dāng)時(shí)岳飛軍將士二萬四千余人。彭鐵大聽說承宣使岳飛帶兵來征討，宣言道：“人言岳承宣智勇為天下第一，我今破之。岳承宣且敗，他人若何？”岳飛聽后一笑置之，為爭取避免流血，又先派了兩名“辯士”到彭鐵大營寨去勸降，農(nóng)民領(lǐng)袖彭鐵大回答說：“為我語岳承宣使，吾寧敗不肯降！”這時(shí)岳飛已掌握了起義軍的虛實(shí)情況，遂發(fā)動(dòng)了進(jìn)攻。起義軍經(jīng)過艱苦的抗擊，最后失敗，彭鐵大在馬背上被岳飛生擒；二萬多老弱被俘，后被岳飛放回老家。逃散的起義軍戰(zhàn)士又聚集起來，轉(zhuǎn)移到重要的據(jù)點(diǎn)──固石洞堅(jiān)守。岳飛屯大軍于瑞金縣，

自己率領(lǐng)千余騎趕至固石洞。他又派辯士對(duì)李動(dòng)天勸降說：“汝誠眾且險(xiǎn)，能保不敗耶？”勸降無效，又進(jìn)行脅降：“敗而后降，吾不汝貰！”

但勸誘、威脅都不能使起義軍屈服。岳飛對(duì)起義軍奈何不得，遂率大軍列陣山下，缺乏陣地戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)的農(nóng)民起義軍，又被岳飛用計(jì)打敗了。許多起義者寧死不屈，紛紛投崖壯烈犧牲。官軍攻上山后岳飛傳令軍中：“毋殺一人！”岳飛沒有傷害被包圍的起義群眾。如果是別的將帥，對(duì)這些寧死不屈的農(nóng)民起義軍戰(zhàn)士必會(huì)勃然大怒，毫不猶豫地下令誅殺。而岳飛畢竟是農(nóng)民出身，知道農(nóng)民的痛苦。毅然地說：“此輩雖兇頑，然本愚民耳，殺之何益？”岳飛挑選了其中一部分勇銳精壯的起義軍戰(zhàn)士，編入軍中，其余統(tǒng)放歸田里，并令地方官吏“使各安業(yè)耕種”。

棘手的事還在后頭。高宗傳下密旨給岳飛，要他血洗虔城，為隆佑太后在虔城受“震驚”泄憤。岳飛接到密旨，認(rèn)為無辜之民又有何罪？他拒不執(zhí)行，上書高宗：“請誅首惡，而赦脅從。”高宗惡狠狠地批復(fù)：“不許！”岳飛再次上書，高宗置之不理。岳飛繼續(xù)上書，堅(jiān)持己見，高宗不得已讓岳飛自己裁決。岳飛把彭鐵大、李動(dòng)天等農(nóng)民起義領(lǐng)袖殺害了，但保住了虔城居民不受屠戮。贛州人民為感念岳飛拒旨屠城的恩德，繪岳飛像掛在家中以作紀(jì)念。八年后，岳飛被害，每逢他的忌日，當(dāng)?shù)厝嗣駝t為他施舍錢、飯給寺廟，請和尚為岳飛超度。

七月中旬，平定了吉、虔的農(nóng)民起義后和，岳飛被高宗催促“赴行在”。岳飛同長子岳云從九江出發(fā)，九月九日到達(dá)杭州，十叁日岳飛第一次覲見皇帝。高宗賜給岳飛金線戰(zhàn)袍、金帶手刀、銀纏槍，一匹戰(zhàn)馬外配海皮鞍，還有衣甲、弓箭、馬鎧各一副。還特賜岳飛一面繡著高宗手書“精忠岳飛”四字的旗子，令岳飛在行軍時(shí)務(wù)必樹起。這既是對(duì)岳飛數(shù)年來所立戰(zhàn)功的嘉獎(jiǎng)，也是對(duì)岳飛尚有抗旨行為，未能完全盡忠于高宗的鞭策。岳飛的官銜轉(zhuǎn)為鎮(zhèn)南軍承宣使、江西沿江制置使。不久遷為江南西路舒蘄州制置使，在江州置司，獨(dú)立建置帥府。劃歸岳飛軍事防守的范圍擴(kuò)大了，跨越長江北岸，自舒州至蘄州，直聯(lián)中原腹地，方圓數(shù)百里。而地位升高、職權(quán)擴(kuò)大的岳飛從杭州返回九江的路上卻悶悶不樂。對(duì)他來說，安定為了攘外，他所念念不忘的是收復(fù)失地、滅金虜。途徑新淦時(shí)，岳飛于蕭寺壁奮筆提詩道：

雄氣堂堂貫斗牛，誓將直節(jié)報(bào)君仇。

斬除頑惡還車駕，不問登壇萬戶侯。

這才是岳飛內(nèi)心的底蘊(yùn)。

即使對(duì)待洞庭湖楊么領(lǐng)導(dǎo)的農(nóng)民起義軍，岳飛也是采取盡量招安、少流血原則的策略。當(dāng)時(shí)參政席益就對(duì)岳飛的做法產(chǎn)生了嚴(yán)重懷疑，并對(duì)張浚說：“岳侯得無有他意，故玩此寇？”張浚了解岳飛的用心，故而笑答說：“岳侯忠孝人也，足下何獨(dú)不知用兵有深機(jī)，胡可易測？”這次被俘的農(nóng)民起義軍近二十萬人。魯莽的牛皋主張“略行洗蕩，使后人知所怕懼”。岳飛堅(jiān)決不同意，他說：楊么之徒，本是村民，先被鐘相以妖怪誑惑，次又緣程吏部（昌宇）懷鼎江劫虜之辱，不復(fù)存恤，須要?dú)⒈M，以雪前恥，致養(yǎng)得賊勢張大。其實(shí)只是茍全性命，聚眾逃生。今既諸寨出降，又渠魁楊么已被顯誅，其余徒黨，并是國家赤子，殺之豈不傷恩，有何利益？況不戰(zhàn)屈人之兵，而全軍為上，自是兵家所貴。若屠戮斬馘，不是好事。但得大事已了，仰副朝廷好生之意，上寬圣君賢相之憂，則自家門不負(fù)重責(zé)，于職事亦自無慚也！岳飛說罷，連聲喊道：“不得殺！不得殺！” 牛皋心悅誠服。

岳飛挑選了好幾萬精壯的起義軍戰(zhàn)士編入軍隊(duì)中，大大增強(qiáng)了部隊(duì)的戰(zhàn)斗力，加強(qiáng)了抗金的力量。十幾萬老弱，按照他們自己的意愿，“給米糧”，歸田就業(yè)。