公元1673年（康熙十二年）康熙下令撤藩，吳三桂怒起兵反清，后因吳三桂未趁機過江北上再者年老體弱，起兵失敗，康熙終平定三藩。

康熙二十一年（1682年），正月十九，玄燁諭令，將吳三桂骸骨分發各省。這種發泄仇恨的奇特做法，堪稱首創。

對于死了四年之久的吳三桂，康熙竟如此地氣急敗壞、恨之入骨，因為這位皇帝差一點栽倒在吳三桂手下。

吳三桂為中國歷史上最大的漢奸之一，但是，康熙有相當一段時期，被這個吳三桂逼到墻根，康熙說什么也沒想到局促在云南一隅的吳三桂，居然揮師北上，來勢兇猛。廣西、四川、貴州、湖南、福建、廣東諸省響應，江西、陜西、甘肅等省波及；同時，他也沒想到八旗子弟兵“觀望逗留，不思振旅遄進，竟爾營私適己希圖便安，或諉兵甲之不全，或托舟楫之未具，借端引日，坐失時機……不知怎樣應對？”《清通鑒》記載有康熙在永興之戰失利以后“憂心忡忡，現于詞色”。

雖然，康熙最后險勝了。

吳三桂死時已七十四歲，這年玄燁剛二十五歲，兩人相差四十九，康熙有足夠的時間等到吳三桂自然死亡樹倒猢猻散。何必打八年仗，生靈涂炭，滿目瘡痍？然而，年輕氣盛的他，等不及。康熙非常自信：朕八歲登基。十四歲親政。十六歲就不動聲色地拿下輔臣鰲拜，獨掌朝政大權。那么，朕二十歲了，還不撤除三藩，以去心腹之患，更待何時？

然而，康熙高估了自己，他以為能把擁有至高權力，如四輔臣，如鰲拜等統統拿下，吳三桂豈在話下？可他沒有仔細思量，鰲拜之流固然在朝廷里有黨羽，有耳目，可都在陛下的視線之內，掌控之中呀！而吳三桂卻遠在南疆，鞭長莫及，何況那是有地盤，有軍隊的實力派！現在，你一紙諭令，要他和他的部屬，撤出經營了十年之久的云南、貴州，再去駐防山海關，再去拓荒墾邊，分明是激其生變，促其反叛。

結果，這場仗，打了八年，吳三桂差不多打下了長江以南的半壁江山，這其間，雙方進行過六次殊死決戰，吳軍勝四，清軍勝二，吳是占上風的。幾年的仗打下來，吳的總兵力為清軍的兩倍，無論數量和質量上，玄燁都不是吳的對手。因此，如果不是吳三桂病死，戰爭未必很快結束。既然戰爭還要進行下去，那么，他被吳三桂打敗的可能是存在的。所以說，玄燁的贏，贏得有些忐忑。

“幸荷上天眷佑，祖宗福庇，逆賊遂爾蕩平。倘復再延數年，將若之何？”這是發自他內心的話，說明他請得了神，而送不了神的尷尬，曾經使他六神無主過。

在中國歷史上，撤藩，大多得付出代價。公元前154年，漢景帝劉啟用晁錯計，削奪諸侯國部分土地，歸中央直接管理，吳王劉濞、楚王劉戊，與其他五位侯王，以“清君側”的名義起兵反抗中央政府，史稱“七國之亂”。劉啟派太尉周亞夫、大將軍竇嬰率大軍鎮壓，歷時三月，叛亂平定。公元1399年，明惠帝朱允炆納齊泰、黃子澄削藩之策，是年七月，駐北京的燕王朱棣，以誅齊、黃為名，舉兵反。這一仗打了四年，朱棣攻入南京，惠帝自焚，叔叔奪了侄兒的江山。只有公元961年與969年的宋太祖趙匡胤的兩次“杯酒釋兵權”，算是一次成本極低的“削藩”行動。

看來，作為少年天子的康熙，并沒有從中國歷史中汲取教訓，而是一意孤行，非要逼吳三桂就范。結果，他自己也承認這場險勝，與失敗無異。“偽檄一傳，在在響應，八年之間，兵疲民困。”但康熙并不責備自己，卻仍振振有詞地反問大家：“憶爾時惟有莫洛、米思翰、明珠、蘇拜、塞克特等言應遷移，其余并未明言遷移吳三桂必致反叛。議事之人至今尚多，試問當日曾有言吳三桂必反者否？”