鄭成功收復(fù)臺灣后，以臺灣作為東都，將荷蘭殖民者修筑的赤嵌樓改名為承天府，改熱蘭遮城堡為安平鎮(zhèn)，北部設(shè)天興縣，南部設(shè)萬年縣，并在澎湖島設(shè)安撫司，戍以重兵，完成一府二縣一安撫司的行政規(guī)劃。很快，鄭成功在整個臺灣建立了同祖國大陸一樣的郡縣制度，建立了行政機(jī)構(gòu)。

鄭成功以臺灣為明王朝的復(fù)興基地，并未僭越稱帝，僅停留于“藩主”的地位。荷蘭統(tǒng)治即將結(jié)束時，臺灣的人口包括土著居民與移民共約10萬有余，其中移民據(jù)推測有2萬余人。鄭成功的大軍及其家屬約3萬，可以說是內(nèi)地向臺灣的最集中的一次集體移民。

鄭成功沒有閑情欣賞“喬木倚山望流泉”，相反由于人口激增，軍隊(duì)面臨缺糧無米下鍋的窘境，為此，一向治軍嚴(yán)厲的鄭成功處死玩忽職守的管糧官員，以維持軍心。另一方面設(shè)法在本島解決缺糧的燃眉之急。鄭成功將荷蘭東印度公司所有的“王田”沒收，移作新政權(quán)所有的“官田”。此外，對承天府與安平鎮(zhèn)以及天興縣與萬年縣的文武官員，除了配給建官舍及兵舍所需之用地外，并按家屬的多寡準(zhǔn)許其取得必要的土地，稱為“私田”或“文武官田”。

至于駐在各地的部隊(duì)，在不侵犯少數(shù)民族與移民所有土地的條件下，準(zhǔn)予開墾土地，稱之為“營盤田”(屯田)。因而以南部為中心的農(nóng)地開墾迅速擴(kuò)大起來，糧食生產(chǎn)也因此而激增。這些農(nóng)地開發(fā)與土地制度，因開啟臺灣的土地私有制度而引人注目。土地的私有制在當(dāng)時的中國代表著先進(jìn)的生產(chǎn)關(guān)系。

當(dāng)時，臺灣的少數(shù)民族在荷蘭殖民者奴役下，生活十分貧困，生產(chǎn)極端落后。鄭成功在那里推廣了大陸先進(jìn)的農(nóng)業(yè)生產(chǎn)技術(shù)，從此，少數(shù)民族也同大陸漢民一樣，使用牛耕和鐵犁種田。1662年6月，鄭成功病中第二次派人去金、廈，命令當(dāng)?shù)貙⒐贇⑺类嵔?jīng)等家人，眾將為難，最終再次抗命。此前世子鄭經(jīng)無行，種下亂倫的淫果。

據(jù)清人《閩海紀(jì)要》記載：他又外感風(fēng)寒，病勢日重，但他仍強(qiáng)振余威，登上將臺，手持望遠(yuǎn)鏡，遠(yuǎn)望澎湖，是否有船只到來。文武百官入謁時，他依舊端坐床上，談?wù)搰隆Ｒ虼?，許多官員不知其病。及至他病危時，都督洪秉誠調(diào)藥送至床前，他將藥投地，嘆曰：自國家飄零以來，枕戈泣血，十有七年，進(jìn)退無據(jù)，罪案日增，今又屏跡遐荒，遽捐人世，忠孝兩虧，死不瞑目，天乎天乎！何使孤臣至于此極也！吾有何面目見先帝于地下。

復(fù)頓足捶胸，雙手抓面，大呼而逝。

就這樣，鄭成功反清復(fù)明的壯志未酬，結(jié)束了充滿波折的生涯，享年38歲。他的死因有多種說法，最可信也是最籠統(tǒng)的說法是：鄭成功在短短的3個月之內(nèi)經(jīng)歷了許多讓其氣塞胸膛、怒不可遏的大事：供奉的旗號和精神支柱——南明永歷帝在云南被吳三桂殺害;降清的父親、叔叔及幾位弟弟等族人被清廷斬殺，祖墳被掘;鄭經(jīng)無行，眾將抗命……

這些負(fù)面因素引爆他易怒的個性，加重了他因水土不服所致的病情，最終急怒攻心，含恨而逝。需要特別指出的一個細(xì)節(jié)，鄭成功收復(fù)臺灣后，曾派人出使呂宋(今馬尼拉)，致函西班牙總督，要求其承認(rèn)大肆屠殺華人的過錯，并要求對方納貢、通行貿(mào)易。信函中的言詞很強(qiáng)硬，理解成戰(zhàn)爭檄文也不為過。

此前西班牙總督恐懼當(dāng)?shù)厝A僑與鄭成功里應(yīng)外合，開始故伎重演，對華僑進(jìn)行大規(guī)模殺戮。從逃回來的華僑處得知此事之后，鄭成功大怒，決定出兵馬尼拉，替華僑清算這數(shù)十年來西班牙欠下的三筆血債，但還沒出兵，便聞知兒子鄭經(jīng)的糗事，他自己也未料到，盛怒和瘧疾的夾擊，會讓他一病而歿，壯志難酬。

鄭成功的不幸去世，使臺灣失去了最具威懾力的庇護(hù)和最穩(wěn)定的人心基礎(chǔ)，也使在呂宋翹首以待的華僑悲痛萬分：倘若國姓爺再活上20年，不，哪怕15年，反清復(fù)明的事業(yè)一定會出現(xiàn)新的格局呀！再不濟(jì)，也能劍指呂宋，救華僑于西班牙統(tǒng)治的水火之中。

鄭成功少年得志又國恨家仇聚一身，難免治軍嚴(yán)苛、剛愎果敢。一方面成就了他這一民族大英難，但負(fù)面的離心力又讓他含怒早逝，遺憾地放下他遠(yuǎn)遠(yuǎn)未竟的政治抱負(fù)，套用那句古詩：出師半捷身先死，更使英雄淚沾衫。英雄已逝，英名長留。因贊許鄭成功趕走荷蘭人及開拓臺灣的功績，移民崇奉他為“開山王”。