南京民間現在還流傳著“十三個城門同時出棺材”的傳說，說朱元璋發引那一天，大開十三個城門，同樣的儀仗，同樣的棺材，同時抬出城外，誰也不知這十三口棺材最后抬到哪兒，也不知道朱元璋到底在哪一個棺材里面，從哪個城門抬出去的，這樣故布疑陣就是為了讓人們搞不清朱元璋到底葬在何處。有人說這是朱元璋的意思，因為他自知殺戮太重，生怕仇人報復，破壞他的陵寢，所以想出這個辦法。

中國歷史上帝王陵墓被人掘開或盜發的例子并不鮮見。先秦時宋國還沒有滅亡，宋文公的墳墓便被人掘開了，齊莊公的陵墓也遭人盜竊了。漢人高誘說宋文公、齊莊公都是厚葬，所以陵墓才會被盜，所以后世帝王往往在遺詔中囑咐要薄葬，朱元璋遺詔中也囑托“喪祭儀物，毋用金玉”。戰國時伍子胥為報復楚王殺害自己父兄，率吳軍攻破楚國后居然掘開楚平王的墳墓，鞭打楚平王的尸骨。西漢11位皇帝加上呂后共有12座陵墓，其中10座在渭河北岸，唯有霸陵、杜陵在渭河南岸。結果赤眉軍攻入關中抵達渭河之北后，把那里的西漢帝陵盜掘一空，霸陵、杜陵因為隔著渭河才幸免于難。

三國時，曹操為了補充軍餉居然設立“發邱中郎將”、“摸金校尉”專職盜墓，前代陵墓掃蕩殆盡。后來傳說生性多疑的曹操為防止自己墳墓被人發掘，便在河北臨漳縣西原依山為陵，不建陵寢，不設園邑，不設神道。還有傳說曹操布下72座疑冢，以免仇家掘墳，故宋人俞符有詩云：“生前欺天絕漢統，死后欺人設疑冢。人生用智死即休，何用余機倒立壟。人言疑冢我不疑，我有一法君未知。直須掘盡疑冢七十二，必有一冢葬君尸。”

不光是帝王，有些官吏也制造“疑冢”，以防人報復。據《新唐書·張琇傳》載，張琇的父親受人誣陷被官府處死后，張琇和哥哥張瑝被流放到了嶺南。

他們后來逃回家鄉殺掉了陷害父親的仇人，被朝廷判了死刑。行刑之前，他們吩咐家人在大道旁豎一篆書誄文的標牌，葬埋則在北邙山中，山中墳冢也造作疑冢，使人不知真墳所在。

從朱元璋的性格分析，他為妨報復而在下葬時故弄玄虛是有可能的。再看明末天下大亂，周圍的百姓爭相盜伐明孝陵樹木，打到南京的清軍甚至砍掉了孝陵殿的金絲楠木巨柱，鄭成功的軍隊又接踵而來，明孝陵岌岌可危。后來太平天國時期，明十大功臣廟全部被摧毀，若非洪秀全等人認為明孝陵在政治上還有利用價值，明孝陵的命運不難想象。也有人認為十三個城門同時出殯并非是朱元璋的本意，而是朱允炆冒稱朱元璋之意而行。

因為大舉治喪必定遷延時日，而朱允炆還要早日登基，于是借口朱元璋遺旨搞個十三個城門同時出殯的儀式，場面隆重而又省去了繁縟的禮節耗費的時間。

但是否十三個城門同時出殯后就將靈柩葬在一個秘密的地點呢，有人認為那只不過是做個樣子，朱元璋真正的靈柩則秘密地葬進了明孝陵。