段祺瑞原本向袁世凱請了兩個月的病假，期滿后又續了兩個月，日子久了，也就跟被革了職一樣。直到1915年8月29日，他才被正式解除陸軍總長一職，由王士珍接任。

9月間，在帝制派的策動下，各地出現了勸進熱潮，就連很多反對帝制的人，或者為保身家性命，或者不舍名利地位，都違心地加入了這股熱潮。

在袁氏幕府中，梁士詒是一個頗有見識也相對比較清醒的人，據說段祺瑞曾與之相約，說：“我一文一武，萬不可贊成帝制，誤袁氏。”現在一看若再不跟風操作就可能出局，梁士詒也趕緊跟上，親自出面拼湊了一個帝制請愿團。

就連段祺瑞本人都無法免俗。雖然他已脫離陸軍部，但身上還有袁世凱所賞的“管理將軍府事務”，在幕僚們的勸說下，他只好以此名義列名勸進。不過此后就一直保持沉默，不再多言。

因為段祺瑞表現出的消極態度，以袁克定為首的極端帝制派對段祺瑞進行了威脅。段祺瑞曾收到一封匿名信，上面揚言段祺瑞若不識時務，將對他采取不利行動。段祺瑞當即昂然表示：“武人不怕死！”

段祺瑞鐵了心不愿為袁世凱的帝制站臺，他對謀士曾毓雋說：“你再見項城(袁世凱)，不必多費口舌，只聽其發付就是。我生死且不計，何計較得失！”

曾毓雋將段祺瑞的話回復袁世凱，但袁世凱仍想讓段祺瑞出山相助。這讓曾毓雋感到非常為難，不得不求助于“小諸葛”徐樹錚。

按照徐樹錚之計，曾毓雋第二天去見袁世凱，說段祺瑞病情稍好后就會親自前來拜見。如徐樹錚所預料的那樣，袁世凱聽后很高興，袁這邊就算暫時先搪塞過去了。

段祺瑞已抱定決心，在袁世凱取消帝制之前，不管對他怎么威脅利誘，也不管授予多大官職，都不會替袁世凱出力，要他主動去拜見袁世凱更是不可能。對此，徐樹錚也想好了辦法，那就是在梁士詒等人面前散布謠言，說只要段祺瑞愿見袁世凱，袁世凱便會答應段祺瑞的一切要求，包括人事調整。

由于復辟帝制操作不力，梁士詒等人已有砸飯碗之憂，謠言一出，更怕段祺瑞出山后換了他們，所以忙不迭地向袁世凱進言，希望別召見段祺瑞。

袁世凱聽進去了，很多天都沒有再提召見段祺瑞之事，直到云南戰事吃緊，他又想請段祺瑞出面維持，但仍被左右所阻。

1916年2月，袁世凱的北洋軍在西南戰場上屢戰屢敗，那些尚未獨立的省份又消極抵制，不肯調兵相援。段祺瑞不但沒有主動前來拜見袁世凱，而且公開提出，南北雙方應當立即停戰，維持共和，甚至另組新政府。在袁世凱看來，這一主張分明隱含著排斥袁世凱，逼其下臺的意味，氣得他大罵段祺瑞落井下石。

段祺瑞只是要緩解危局，真正落井下石的是沒能在“二十一條”中得償所愿的日本人。3月中旬，駐日公使向國內傳來消息，說日本首相正在與大臣、元老們舉行御前會議，計劃以保護東亞為由，乘機出兵中國。聽到這個消息后，袁世凱當晚就病倒了。

袁世凱的身體本來很好，載灃說他“現患足疾”，不過是要讓他滾蛋的借口。二次出山后，袁世凱的健康和精神狀況不是好，而是好得很，辦公會客從無倦容，但自此之后，他開始憂危成疾，神情恍惚。直到臨終之前，他還特地在案上留下遺書一封，上書：“為日本去一大敵！”